本发明属于水产生物育种领域，具体涉及草鱼tlr5与草鱼出血病抗性相关的snp位点、位点组合及其应用。
背景技术：
1、草鱼(ctenopharyngodon idella)，属鲤形目，鲤科，雅罗鱼亚科，草鱼属，别名草鲩。
2、在草鱼养殖过程中由草鱼呼肠孤病毒引起的草鱼出血病危害严重。发病早期，鱼的摄食减少，体色加深，随着病程加深，各个部位出现不同程度的出血，体表可见多处出血，包括口腔、上下颌、眼部周围、鳃盖等，严重时解剖可见肌肉出血，肠充血且无内容物，多器官可见出血点，包括鱼鳔、肝、胆、脾、肾以及肠系膜等。病理组织学检查可见毛细血管内皮细胞受损，呈玻璃样病变，血管壁通透性增加，毛细血管和小血管广泛性出血，血管内可见血栓形成。全身性出血是草鱼出血病的重要特征。草鱼出血病爆发季节性很强，当夏季养殖水温在25-30℃时发病率和致死率最高。当养殖水体的温度在20℃以下时，宿主中病毒的增殖很大程度上会减弱，甚至传染性丧失。而一旦当养殖水体温度高于24℃，宿主中的病毒会加速增殖引起鱼类死亡。截止目前，草鱼出血病可以分为红鳍红鳃盖型、肠炎型和红肌肉型。
3、目前对于草鱼出血病无有效的治疗方法。因此，开展草鱼抗病品种的培育是一种较为经济有效的方式。
4、snp是指基因组中单个核苷酸的变异，是遗传变异的最常见形式之一。snp位点的研究可以揭示不同个体之间的遗传差异，为遗传性状的研究提供重要的基础。在草鱼中，研究snp位点与草鱼出血病抗性的相关性，可以为草鱼的抗病育种提供重要的理论依据。因此，挖掘草鱼出血病抗性相关snp位点，对于草鱼的养殖和疾病防控具有重要意义。目前，研究者已经鉴定出一些草鱼出血病抗性相关的snp位点。
技术实现思路
1、本发明的目的在于提供检测草鱼20号染色体的第30969284位碱基的试剂在草鱼抗草鱼出血病育种中的应用。
2、本发明的另一个目的在于提供检测草鱼20号染色体的第30969284位碱基和第30958638位碱基的试剂在草鱼抗草鱼出血病育种中的应用。
3、为了达到上述目的，本发明采取以下技术措施：
4、申请人从重庆草鱼养殖基地的池塘中采集，人工感染草鱼呼肠孤病毒而爆发草鱼出血病的濒死个体47尾作为易感组，渡过发病期后，采集52尾稳定后存活的个体作为抗病组，共99个草鱼样品，经过对tlr5a/b扩增后送至北京擎科生物科技股份有限公司进行测序，使用软件dnastar进行测序拼接，并使用snapgene对测序结果进行分析。对不同表型进行记录，结合测序结果，使用graphpad软件将snp基因型和表型数据结合起来进行全基因组关联分析。最终筛选出与草鱼出血病抗性相关的2个snp，snp位点chr20-30969284位于表1序列中的第149位，其中第149位的碱基y是c(胞嘧啶)或t(胸腺嘧啶)；snp位点chr20-30958638位于表1展示序列的第386位，其中第386位的碱基m是a(腺嘌呤)或c(胞嘧啶)。
5、本发明的保护范围包括：
6、检测草鱼20号染色体的第30969284位碱基的试剂在草鱼抗草鱼出血病育种中的应用。
7、检测草鱼20号染色体的第30958638位碱基的试剂在草鱼抗草鱼出血病育种中的应用。
8、以上所述的应用，优选的所述的试剂为引物，本申请通过常规pcr引物即可检测到该snp，因此本领域技术人员通过常规引物设计，都能对该snp位点实现检测。
9、优选的引物为：
10、chr20-30969284：上游引物f:5’tcagcactcaaattgtgaaatgc 3’、下游引物r:5’ctcattcatgtcttgcagtgtcact 3’；
11、chr20-30958638：上游引物f:5’acgctgtaattttttgtaaacaaatt 3’、下游引物r:5’gtttatctttctcattgtttgctcaa 3’。
12、与现有技术相比，本发明的有益成果在于：
13、本发明筛选出2个与草鱼出血病抗性显著相关snp分子标记，相关snp分子标记可用于草鱼分子标记辅助育种，加快选育抗病草鱼品种，为草鱼或其他养殖鱼类的抗病选育工作提供参考依据。
1.检测草鱼20号染色体的第30969284位碱基的试剂在草鱼抗草鱼出血病育种中的应用。
2.检测草鱼20号染色体的第30969284位碱基和第30958638位碱基的试剂在草鱼抗草鱼出血病育种中的应用。
3.根据权利要求1或2所述的应用，所述的试剂为引物。
4.根据权利要求1所述的应用，所述的试剂为引物，为：
5.根据权利要求2所述的应用，所述的试剂为引物，为：
