一种与鸡屠体重性状相关的SNP分子标记及其应用

本发明涉及分子生物学领域，尤其涉及一种与鸡屠体重性状相关的snp分子标记及其应用，具体涉及与鸡屠体重，左胸肌重和左腿肌重相关的snp分子标记及其应用。

背景技术：

1、近年来，我国鸡肉产量持续增长，仅次于美国，提高肌肉产量、改善鸡肉品质，成为育种科学家长期以来不断探索的工作。经典育种方法为农业动物生产性状改良做出了很大贡献，随着基因组工作的不断推进和遗传标记的广泛开发，育种科学家可以根据特定的遗传标记，选择具有良好产量和质量特征的鸡进行繁殖，从而逐步提高整个鸡群的产量和质量水平。

2、snp(single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性)是遗传学中常见的遗传变异形式之一。snp具有量大、高频率、低突变率等优点，在遗传研究和分子选择育种中发挥着重要的作用。但目前肉鸡分子育种实践中仍然缺少功能明确、效应显著的分子标记。因此，挖掘效应大的、准确的分子标记是当前的研究重点。如果能够找到与鸡目标性状相关的snp分子标记，并最终解析该位点的分子机制，将极大促进鸡的遗传改良，为家禽育种领域带来突破性进展。

技术实现思路

1、针对现有技术中存在的不足，本发明目的是提供一种与鸡屠体重性状相关的snp分子标记及其应用,利用重测序技术对1174只鸡杂交群体个体进行测序，进行gwas分析，得到了一个与鸡屠体，左胸肌重和左腿肌重显著相关的snp位点，该snp是位于基因组版本grcg6a 104的rs313374140(chr1:171223058)，该snp分子标记的多态性为a和c，包含aa、cc和ac三种基因型，统计该snp在重测序的其他低体重鸡种和高体重鸡种中的snp频率，发现其在低体重鸡种和高体重鸡种中存在显著差异，高体重鸡中c为优势等位基因，低体重鸡中a为优势等位基因，在体增重较低的群体中，通过选择等位基因c的个体，可以提高鸡的体增重。

2、本发明记载技术方案的研究开发由以下项目提供资助：高产新基因挖掘与育种价值评价，项目编号2023zd0406805。

3、为解决上述技术问题，本发明提供的技术方案是：

4、一种与鸡屠体重性状相关的snp分子标记，

5、所述snp分子标记位于基因组grcg6a 104的chr1：171223058，所述snp位点的等位基因为c和a；包含aa、cc和ac三种基因型；

6、经济性状为鸡屠体重，左胸肌重和左腿肌重，高体重鸡中c为优势等位基因，低体重鸡中a为优势等位基因。

7、优选的，

8、所述snp分子标记位于seq id no.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。seq idno.1(chr1：171222958-171223158)

9、gactgctgaaatgaaataaatgtaatggtttttgttgttgttttaacaattgacacttgtctatcactttttagagttacgtatttctga

10、gctgtgaaaaaggtataagtggcaagtttaccttgcaggaagaagaaggacatgttctaatgctatgcaagaagctccaaaa

11、gttttctcacaataaagcctctttccaag

12、上述的snp分子标记在鸡的屠体重，左胸肌重和左腿肌重性状检测中的应用。

13、上述应用，包括以下步骤：

14、(1)检测样品鸡在所述snp位点的基因型；

15、(2)选择c/c基因型的样品鸡进行优势品系的选育。

16、优选的，

17、所述步骤(1)可采用直接测序，或先扩增含所述snp分子标记的基因片段再检测。

18、扩增的具体步骤为：取杂交群体样本的血液组织使用北京天根生物科技有限公司总dna提取试剂盒进行dna的提取，提取完成的dna用nanodrop 2000分光光度计检测提取的dna的od值即od260/od280和od260/od230比值确定dna的浓度和纯度，并用琼脂糖凝胶电泳检测dna的完整性。以杂交群体样本的基因组为模板，使用oligo7软件对其序列的设计相应的引物，使用诺唯赞2×taq master mix进行序列扩增，反应体系如下：95℃，预变型3min；95℃，变型15s，60℃，退火15s，72℃，延伸15s，30个循环；72℃，彻底延伸5min。最后使用琼脂糖凝胶电泳检测产物片段大小。

19、扩增含权利要求1所述snp位点片段的引物对，所述引物对序列如seq id no.2和seq id no.3所示。

20、引物对序列为

21、f:gactgctgaaatgaaataa(seq id no.2)

22、r:cttggaaagaggctttatt(seq id no.3)上述的snp分子标记在标记辅助选择育种中的应用，选择基因型为c/c的鸡种进行选育。

23、本发明的有益效果是：

24、本发明提供一种与鸡屠体重性状相关的snp分子标记及其应用，通过对1174只鸡的snp位点chr1:170522957进行基因分型，对该位点在低体重鸡种及高体重鸡种中进行snp频率分析，发现高体重鸡中c为优势等位基因，低体重鸡中a为优势等位基因,在体重较低的群体中，通过选择等位基因c的个体，可以提高群体的体重，该位点作为snp分子标记应用于优良鸡种的选育，能够早期、快速、低成本、有效的预测体重高低与否，在鸡种改良方面具有广阔的应用前景，并能够取得优异的经济价值。

技术特征：

1.一种与鸡屠体重性状相关的snp分子标记，其特征在于，

2.根据权利要求1所述的与鸡屠体重性状相关的snp分子标记，其特征在于，

3.权利要求1所述的snp分子标记在鸡的屠体重，左胸肌重和左腿肌重性状检测中的应用。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：

5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，

6.扩增含权利要求1所述snp位点片段的引物对，其特征在于，

7.权利要求1所述的snp分子标记在标记辅助选择育种中的应用，其特征在于，

技术总结
本发明公开了一种与鸡屠体重性状相关的SNP分子标记及其应用，该分子标记位点位于RNASEH2B基因内含子区，GRCg6a版本基因组chr1:171223058，利用重测序技术对1174只鸡杂交群体个体进行测序，并进行全基因组关联分析，发现了一个与屠体表型显著相关的SNP位点，该SNP标记存在3种基因型，AA、CC和AC，其中CC对应较高的屠体重，胸肌重，腿肌重，对该SNP位点在低体重鸡种及高体重鸡种中进行SNP频率分析，发现该SNP频率分布在低体重鸡种和高体重鸡种中存在显著差异，在高体重鸡中，C为优势等位基因，而在低体重鸡中，A为优势等位基因，通过优选该SNP位点的C/C基因型，对鸡屠体性状进行早期选择，可以加快鸡的遗传育种。

技术研发人员：胡晓湘,朱晓宁,赵毅强,王宇哲,吴寒宇
受保护的技术使用者：中国农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/9/23