一个与鸡多个屠体性状相关的遗传标记及其应用

本发明涉及分子遗传学领域，具体说是一个与鸡多个屠体性状相关的遗传标记及其应用。

背景技术：

1、

2、snp(single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性)是遗传学中常见的遗传变异形式之一。snp具有量大、高频率、低突变率等优点，在遗传研究和分子选择育种中发挥着重要的作用。但目前肉鸡分子育种实践中仍然缺少功能明确、效应显著的分子标记。因此，挖掘效应大的、准确的分子标记是当前的研究重点。进一步，如果能够找到与鸡目标性状相关的snp分子标记，并最终解析该位点的分子机制，将极大促进鸡的遗传改良，为家禽育种领域带来突破性进展。

技术实现思路

1、针对现有技术中存在的缺陷，本发明的目的在于提供一个与鸡多个屠体性状相关的遗传标记及其应用。本发明公开了一个与鸡屠体重，总胃重和肝脏重相关的snp位点，该位点位于setdb2基因上游，基因组位置为grcg6a版本基因组1号染色体170526425核苷酸。该snp标记存在3种基因型，t/t、c/c和t/c，其中t/t对应较高的鸡屠体重，总胃重和肝脏重等屠体性状。在高体重鸡中，t为优势等位基因，而在低体重鸡中，c为优势等位基因，通过优选该snp位点的t/t基因型，对鸡屠体性状进行早期选择，可以加快鸡的遗传育种。

2、本发明记载技术方案的研究开发由以下项目提供资助：

3、高产新基因挖掘与育种价值评价，项目编号：2023zd0406805。

4、为达到以上目的，本发明采取的技术方案是：

5、一种与鸡多个屠体性状相关的snp分子标记，其特征在于，该snp分子标记位于基因组版本grcg6a 104的chr1：170526425bp处，所述snp分子标记的等位基因为t和c。

6、该snp分子标记获得的具体过程如下：

7、测定并记录鸡杂交群体的体重性状，利用重测序技术对1174只鸡杂交群体个体进行测序，并对鉴定到的snp进行质控过滤，过滤后剩余7,901,521个snp进行gwas，得到了一个与屠体重，总胃重和肝脏重显著相关的snp位点，该snp是位于基因组版本grcg6a 104的rs316394840(chr1:170526425)，该分子标记的多态性为t和c。

8、在上述方案的基础上，所述的snp分子标记的优势等位基因为t。该结果通过统计该snp在重测序的其他低体重鸡种和高体重鸡种中的snp频率得到，发现其在低体重鸡种和高体重鸡种中存在显著差异，高体重鸡中t为优势等位基因，低体重鸡中c为优势等位基因，在屠体重，总胃重和肝脏重较低的群体中，通过选择等位基因t的个体，可以提高鸡的屠体重。

9、在上述方案的基础上，所述snp分子标记位于seq id no.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。seq id no.1所示序列为基因组版本grcg6a 104的chr1中第170526325bp–170526525bp的片段。

10、一种与鸡多个屠体性状相关的snp分子标记在鸡的标记辅助选择育种中的应用。

11、在上述方案的基础上，所述鸡的标记辅助选择育种具体为：通过snp位点辅助选择具有屠体重高的鸡进行育种。

12、在上述方案的基础上，所述与鸡多个屠体性状相关的snp分子标记在鸡的标记辅助选择育种中的应用包括如下步骤：

13、步骤1，检测样品鸡在所述snp分子标记的基因型；

14、步骤2，选择基因型为t/t的鸡种进行选育。

15、在上述方案的基础上，所述步骤1采用直接测序，或者先扩增含所述snp分子标记的片段再测序的方式进行。

16、用于扩增含上述snp分子标记的片段的引物对，其特征在于，所述引物对的核苷酸序列如seq id no.2和seq id no.3所示；

17、f:cctctgccaacccacaccac(seq id no.2)

18、r:gaaggcggtgtgtccgcca(seq id no.3)

19、所述引物对用于从seq id no.1所示的序列中扩增到含有所述snp分子标记的片段。

20、本发明所述的一个与鸡多个屠体性状相关的遗传标记及其应用，其有益效果为：

21、对1174只鸡chr1：170526425的snp位点进行基因分型，并对该snp位点与屠体重，总胃重和肝脏重进行关联分析，发现该位点与屠体重重显著相关，对这个位点在低体重鸡种及高体重鸡种中进行snp频率分析，发现其snp频率分布在低体重鸡种和高体重鸡种中存在显著差异，高体重鸡中t为优势等位基因，低体重鸡中c为优势等位基因。高体重鸡比低体重鸡体重高，说明这个snp位点可作为分子标记应用于优良鸡种的选育。在屠体重较低的群体中，通过选择等位基因t的个体，可以提高群体的屠体重，具有很大的经济应用价值。

技术特征：

1.一种与鸡多个屠体性状相关的snp分子标记，其特征在于，该snp分子标记位于基因组版本grcg6a 104的chr1：170526425bp处，所述snp分子标记的等位基因为t和c。

2.如权利要求1所述的一种与鸡多个屠体性状相关的snp分子标记，其特征在于：所述的snp分子标记的优势等位基因为t。

3.如权利要求1所述的一种与鸡多个屠体性状相关的snp分子标记，其特征在于：所述snp分子标记位于seq id no.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。

4.如权利要求1-3任一项所述的与鸡多个屠体性状相关的snp分子标记在鸡的标记辅助选择育种中的应用。

5.如权利要求4所述的应用，其特征在于：

6.如权利要求5所述的应用，其特征在于，包括如下步骤：

7.如权利要求6所述的应用，其特征在于，

8.用于扩增含权利要求1所述的snp分子标记的片段的引物对，其特征在于，所述引物对的核苷酸序列如seq id no.2和seq id no.3所示；

技术总结
本发明涉及一种与鸡多个屠体性状相关的遗传标记及其应用。本发明公开了一个与鸡屠体重，总胃重和肝脏重相关的SNP位点，该位点位于SETDB2基因上游，基因组位置为GRCg6a版本基因组1号染色体170526425核苷酸。该SNP标记存在3种基因型，T/T、C/C和T/C，其中T/T对应较高的鸡屠体重，总胃重和肝脏重等屠体性状。在高体重鸡中，T为优势等位基因，而在低体重鸡中，C为优势等位基因，通过优选该SNP位点的T/T基因型，对鸡屠体性状进行早期选择，可以加快鸡的遗传育种。

技术研发人员：胡晓湘,朱晓宁,罗成龙,舒鼎铭,王宇哲,瞿浩
受保护的技术使用者：中国农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/9/23