一种与草鱼耐糖性能相关的SNP标记及其应用的制作方法
本发明属于分子标记领域，具体涉及一种与草鱼耐糖性能相关的snp标记及其应用。
背景技术：
1、草鱼(ctenopharyngodon idella)是我国淡水养殖鱼类中年产量最大的养殖鱼类。草鱼对糖类的利用能力在鱼类中相对较高，饲料中糖类物质的适宜添加量为20～33％，受鱼粉原料紧缺而导致的饲料成本上涨影响较小，但草鱼养殖的利润也较低，饲料成本持续上涨也将限制草鱼产业的健康发展，需要通过适当提高糖类物质的添加量以降低成本。但商业饲料中糖类物质添加量过高会导致草鱼出现生长迟缓和脂肪肝等问题，提高草鱼对糖类物质的利用能力，能够改善饲喂高糖饲料造成的亚健康问题，有利于提高产业的可持续发展。在良种培育方面，草鱼繁育所用苗种多为未经人工选育的野生种，缺少定向选育，导致草鱼出现种质退化现象，严重制约着草鱼产业的健康持续发展，因此草鱼的良种选育是产业可持续发展的核心课题之一。由于草鱼性成熟一般需要4～5年，这意味着使用传统的选育方法来培育良种需要耗费大量时间，无法满足市场对草鱼良种的迫切需求。
2、分子辅助育种技术是一种新兴的育种技术，从分子层面对多种表型进行选择，具有稳定遗传、选育效率高等优点，应用分子辅助育种能同时聚合包括生长、耐糖、抗病害等多种优良性状，有助于加快草鱼良种选育。已用于草鱼分子辅助育种采用的分子标记主要有rflp、rapd、ssr、snp等。其中，snp是指基因组dna序列中由于单个核苷酸变异而产生的多态性，位于基因编码区的非同义snp可导致氨基酸的变化，从而影响蛋白质的功能，特别是发生在结构功能区域的snp尤其重要，最终引起生物表型的变化。
3、糖原合成途径是动物体内葡萄糖代谢的重要途经之一。哺乳动物已发现两种糖原合酶(glycogen synthase，gys)的异构体，分别为主要在肌肉中发挥作用的gys1和主要在肝脏中的gys2。其中，gys2已被充分证实存在于鱼类肝脏中并催化肝脏糖原合成。因此，综合考虑gys2在糖代谢过程中重要功能，有必要开展草鱼gys2基因多态性的研究，发掘具有育种价值的分子标记。
技术实现思路
1、为了克服现有技术的缺点与不足，本发明的目的在于提供一种与草鱼耐糖性能相关、能够有效用于鉴定或选育耐糖性能强的草鱼的snp分子标记。
2、本发明第一方面的目的，在于提供一种snp分子标记。
3、本发明第二方面的目的，在于提供一种应用。
4、本发明第三方面地目的，在于提供一种产品。
5、本发明第四方面的目的，在于提供一种试剂或试剂盒。
6、本发明第五方面的目的，在于提供一种方法。
7、为了实现本发明上述的目的，本发明采取的技术方案是：
8、本发明的第一个方面，提供一种用于鉴别、选育耐高糖草鱼品种的snp分子标记，所述snp分子标记的序列如seq id no.1所示，snp位点位于5’端起第207位，多态性为aa/gg/ag。
9、本发明的第二个方面，提供检测权利要求1所述的snp标记的物质在制备鉴别或选育耐高糖草鱼品种产品中的应用。
10、优选地，所述物质包含用于选自下组的一种或多种检测技术或方法中的物质：northern印迹法、pcr、基因芯片法、核酸测序法。
11、优选地，所述ag基因型个体耐糖性能高于gg基因型和aa基因型个体。
12、本发明的第三个方面，提供一种产品，包含检测本发明第一个方面的snp分子标记的物质。
13、优选地，所述物质包含用于选自下组的一种或多种检测技术或方法中的物质：northern印迹法、pcr、基因芯片法、核酸测序法。
14、优选地，所述产品包含试剂、试剂盒、试纸、芯片、系统中的至少一种。
15、优选地，所述产品包含用于扩增本发明第一个方面的snp分子标记的引物对。
16、优选地，所述引物对的上游引物核苷酸序列如gacaggataacatttacctactcag(seqid no.2)所示。
17、优选地，所述引物对的下游引物核苷酸序列如ggcaccaatctaccaaatttagtg(seqid no.3)所示。
18、本发明的第四个方面，提供一种试剂或试剂盒，其特征在于：包含本发明第三个方面的引物对。
19、优选地，所述试剂盒还包含dna聚合酶、dntp、pcr缓冲液、mg2+中的至少一种。
20、本发明的第五个方面，提供一种鉴定、选育草鱼耐高糖品种的方法，包括以下步骤：
21、提取基因组dna，使用本发明第四个方面的试剂或试剂盒进行检测，获得扩增产物，分析结果。
22、pcr扩增产物进行测序的方法不受特别限制，只要能够有效获得pcr扩增产物即snp标记所在的片段的序列即可。其可以采用选自第一代基因测序、第二代高通量基因测序或第三代高通量基因测序或其他任何可行的用于确定其基因型的至少一种对上述pcr扩增产物进行检测。由此，能够快速、高效、准确地获得其基因型结果。
23、优选地，选择所述扩增产物在突变位点处的基因型为ag的个体。
24、本发明的有益效果是：
25、本发明获得的与草鱼耐糖性能相关的snp标记，依据糖原合酶gys2基因内部产生的碱基突变，因此不存在遗传的交换，也不需要表型的进一步验证。利用本发明的标记可以简单快速的鉴定耐高糖草鱼，同时也可以利用该标记辅助选育耐糖草鱼新品系。
技术特征：
1.草鱼耐糖相关的snp分子标记，其特征在于：
2.检测权利要求1所述的snp分子标记的物质在制备鉴别或选育耐糖草鱼品种产品中的应用。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：
4.一种产品，包含检测权利要求1所述的snp标记的物质。
5.根据权利要求4所述的产品，其特征在于：
6.根据权利要求5所述的产品，其特征在于：
7.根据权利要求6所述的产品，其特征在于：
8.一种试剂或试剂盒，其特征在于：包含权利要求7中所述的引物对；
9.一种鉴定、选育草鱼耐高糖品种的方法，包括以下步骤：
10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于：
技术总结
本发明属于分子标记领域，具体涉及一种与草鱼耐糖性能相关的SNP标记及其应用。本发明获得的与草鱼耐糖性能相关的SNP标记，位于如SEQ ID NO.1所示序列的5’端第207位核苷酸处，依据糖原合酶Gys2基因内部产生的碱基突变，因此不存在遗传的交换，也不需要表型的进一步验证。利用本发明的标记可以简单快速的鉴定耐高糖草鱼，同时也可以利用该标记辅助选育耐糖草鱼新品系。
技术研发人员：李胜杰,杜金星,陈志钊,宋红梅,朱涛,雷彩霞
受保护的技术使用者：中国水产科学研究院珠江水产研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/9/23