一种与甘蓝抗根肿病QTL连锁的InDel分子标记及其应用

本发明属于育种，具体涉及一种与甘蓝抗根肿病qtl连锁的indel分子标记及其应用。

背景技术：

1、根肿病是一种由芸苔根肿菌(plasmodiophorabrassicae.woronin)引起的十字花科植物土传病害，感病植物有甘蓝、白菜、芥菜等。植物根部受根肿菌侵染后，在根部形成大小不一、光滑或龟裂粗糙的肿瘤，导致植株地上部分生长迟缓、缺水蔫萎。近年来，由于种植面积的扩大、不合理栽培方式(如高密度、连作等)与世界范围内的引种，导致根肿病在世界各地传播，严重威胁着甘蓝及其他十字花科蔬菜作物的生产。

2、由于根肿菌的孢子囊能在土壤中休眠越冬，休眠孢子囊抗逆性较强，且该真菌在土壤中能存活10年以上，因此仅通过物理防治和化学防治很难有效解决根肿菌的危害。抗病品种的选育和应用是解决根肿病危害的重要途径，而实现该育种目标的前提是对甘蓝材料的根肿病抗性的有效鉴定和筛选。

3、相较于其他十字花科芸苔属作物，由于抗病资源相对匮乏及病原菌生理小种复杂等原因，使得甘蓝在抗性基因克隆、抗病机理等方面研究进展缓慢。

技术实现思路

1、针对现有技术的不足，本发明旨在提供一种与甘蓝抗根肿病qtl连锁的indel分子标记及其应用。

2、本发明的第一个目的是提供一种与甘蓝抗根肿病qtl连锁的indel分子标记，所述的indel分子标记位于2号染色体上，用于扩增所述的indel分子标记的正向引物的序列如seq id no.1所示，用于扩增所述的indel分子标记的反向引物如seq id no.2所示。

3、本发明的第二个目的是提供一种用于甘蓝抗根肿病鉴定的indel分子标记引物，其正向引物的序列如seq id no.1，其反向引物的序列如seq id no.2所示。

4、本发明的第三个目的是提供一种鉴别抗根肿病甘蓝的方法，包括以下步骤：

5、s1.提取待鉴别甘蓝的基因组dna；

6、s2.以序列如seq id no.1所示的引物为正向引物，以序列如seq id no.2所示的引物为反向引物，进行pcr扩增；

7、s3.对pcr扩增所得的产物进行凝胶电泳，根据条带大小确定待鉴别甘蓝是否为抗根肿病甘蓝；如果条带大小为136bp，则判断待鉴别甘蓝为抗根肿病甘蓝；如果条带大小为101bp或同时出现大小为136bp和大小为101bp的条带，则判断待鉴别甘蓝为非抗根肿病甘蓝。

8、优选，所述的步骤s2中的pcr扩增，其扩增体系为：50ng/μl dna 1.0μl、2×phantaflash master mix 10.0μl、10μmol/l的正向引物1.0μl、10μmol/l的反向引物1.0μl，加ddh2o补足至体系为20μl。

9、优选，所述的步骤s2中的pcr扩增，其扩增程序为：98℃预变性30s；98℃变性10s、55℃退火5s、72℃延伸2s，30个循环；72℃延伸1min。

10、本发明的第四个目的是提供一种鉴别抗根肿病甘蓝的试剂盒，包括所述的用于甘蓝抗根肿病鉴定的indel分子标记引物。

11、本发明的有益效果：

12、1.采用qtl-seq技术可以发掘大量的snp标记，进行重要基因的定位，本发明通过对甘蓝根肿病的抗感和易感亲本及由其杂交产生f2群体进行基因测序得到了2266个bin，并构建了甘蓝高密度遗传图谱。

13、2.利用r/qtl定位分析软件分析甘蓝抗根肿病qtl，定位到了2个与根肿病相关的qtl位点。

14、3.根据qtl的定位区间，开发设计了一系列indel分子标记，并逐级筛选，最终获得与抗病性能紧密连锁的indel分子标记。

15、4.本发明开发的分子标记可为甘蓝抗根肿病辅助选择育种提供有效的技术手段，可利用分子标记在苗期进行筛选，大大缩小田间鉴定的工作量，加快育种进程。

技术特征：

1.一种与甘蓝抗根肿病qtl连锁的indel分子标记，其特征在于，所述的indel分子标记位于2号染色体上，用于扩增所述的indel分子标记的正向引物的序列如seq id no.1所示，用于扩增所述的indel分子标记的反向引物如seq id no.2所示。

2.一种用于甘蓝抗根肿病鉴定的indel分子标记引物，其特征在于，其正向引物的序列如seq id no.1，其反向引物的序列如seq id no.2所示。

3.一种鉴别抗根肿病甘蓝的方法，其特征在于，包括以下步骤：

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述的步骤s2中的pcr扩增，其扩增体系为：50ng/μl dna 1.0μl、2×phanta flash master mix 10.0μl、10μmol/l的正向引物1.0μl、10μmol/l的反向引物1.0μl，加ddh2o补足至体系为20μl。

5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述的步骤s2中的pcr扩增，其扩增程序为：98℃预变性30s；98℃变性10s、55℃退火5s、72℃延伸2s，30个循环；72℃延伸1min。

6.一种鉴别抗根肿病甘蓝的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2所述的用于甘蓝抗根肿病鉴定的indel分子标记引物。

技术总结
本发明公开了一种与甘蓝抗根肿病QTL连锁的InDel分子标记及其应用。本发明通过QTL‑seq测序、甘蓝高密度SNP遗传图谱的构建、甘蓝F<subgt;2：3</subgt;家系抗根肿病表型鉴定、甘蓝抗根肿病QTL分析、InDel分子标记的开发及筛选，筛选出BoCr2中的InDel标记BoCr2.15，利用该标记及其引物能够准确区分抗病与感病的甘蓝材料。本发明提供的分子标记及其引物可用于根肿病抗性品种/材料的辅助筛选以及转育根肿病抗性材料的鉴定，为甘蓝育种提供技术支持。

技术研发人员：潘晓雪,周娜,马杰,苟蓝明,胡燕,曾志红
受保护的技术使用者：重庆市农业科学院
技术研发日：
技术公布日：2024/9/23