一种基于MGI平台的兼容不同接头文库测序方法与流程

本发明涉及测序，具体涉及一种基于mgi平台的兼容不同接头文库测序方法。

背景技术：

1、随着高通量测序技术的发展，各种生物科学领域的研究和临床机构的检测都涉及到测序文库的构建及高通量测序服务。临床应用的推广带动了高通量测序市场的发展，也对文库构建和测序效率产生了更高要求，文库制备环节的时间和成本已成为广泛推广高通量测序应用的关键因素。高通量dna文库样本的制备，是将待测序的dna片段两端连接上与测序平台相匹配的接头序列，即将待测dna装到一个特定测序载体中的过程。

2、常规的测序文库制备只能在待测序的dna片段两端连接一个特定测序平台接头，所得文库也只能在特定匹配的测序平台上进行上机检测。比如连接了iontorrent接头的测序文库只能在iontorrent高通量测序仪上运行，而无法在illumina测序平台或其他测序平台上展开检测。同样，基于illumina接头构建的测序文库只能在illumina测序平台上运行而无法在iontorrent测序平台或其他测序平台上展开测试。因此，目前科研机构或临床单位在进行高通量测序时，必须针对所用测序平台，谨慎选择合适的测序方法或匹配的试剂盒。当遇到需要在多个不同测序平台上展开试验时，则需要针对同一样本构建多个适用于不同测序平台的文库，造成了时间和人力物力成本的浪费。当遇到样本稀缺无法满足多次建库时，极大阻碍了进一步的深入检测研究。

3、基因测序相关技术持续革新，行业竞争格局也在不断扩大，在众多第二代测序平台中，对于跨平台文库制备需求增加，华大智造mgi平台使用了dnbseq技术，该技术的关键是形成单链环状dna分子再进行链置换的滚环扩增，其后制成dna纳米球(dna nanoball,dnb)并进行测序。该方法每个扩增循环都以原始的单链环状dna文库为模板，保持每个拷贝的独立性，可提高测序的准确性，避免扩增错误的累积。

4、联合探针锚定聚合技术(cpas)，通过将dna分子锚和荧光探针在dna纳米球(dnb)上进行聚合，并利用高分辨率成像系统对光信号进行采集，光信号经过数字化处理后获得高质量高准确度的样本序列信息，具有通量高、检测速度快、灵活多用、成本低等优点。此技术应用于mgi测序平台，该平台要求被测序文库的建库接头为mgi ad153接头，方可直接使用配套测序试剂进行测序。针对其他平台建库的样本，目前无法直接进行测序，需要设计并更换所有测序引物方可测序，且针对已使用不同接头建库的样本的测序需求，目前只能分别进行单一测序。

5、因此，亟需开发一种能够满足不同接头类型文库同时在mgi平台混合测序的方法。

技术实现思路

1、本发明旨在至少在一定程度上解决相关技术中的技术问题之一。

2、为此，本发明第一方面提供一种基于mgi平台的兼容不同接头文库类型的测序方法，所述不同接头文库类型包括第一接头文库和第二接头文库，所述方法包括：

3、(a)、分别针对所述第一接头文库和第二接头文库设计引物，

4、其中，所述第一接头文库和第二接头文库为单链环状接头文库，若所述第一接头文库和/或所述第二接头文库为链状接头文库，则通过环化获得单链环状接头文库；

5、(b)、分别基于所述第一接头文库和第二接头文库制备第一dnb体系和第二dnb体系；

6、(c)、将所述第一dnb体系和第二dnb体系混合，获得待测样本；

7、(d)、利用步骤(a)获得的引物基于mgi平台对所述待测样本进行测序。

8、本发明可以解决不同接头样本在mgi平台混合测序的问题，并且互不干扰，避免因引物不兼容而进行多轮测序，节约时间及测序成本。

9、根据本发明的一些实施方案，所述不同测序平台包括选自illumina平台、iontorrent平台、mgi平台。

10、根据本发明的一些实施方案，所述第一接头文库或第二接头文库是针对illumina平台设计的接头文库。

11、根据本发明的一些实施方案，所述针对illumina平台设计的接头文库类型包括选自truseq接头、nextera接头、smallrna接头中的至少之一。

12、根据本发明的一些实施方案，所述第一接头文库或第二接头文库是针对iontorrent平台设计的接头文库。

13、根据本发明的一些实施方案，所述针对ion torrent平台设计的接头文库类型包括ampliseq接头。

14、根据本发明的一些实施方案，所述第一接头文库或第二接头文库是针对mgi平台设计的接头文库。

15、根据本发明的一些实施方案，所述针对mgi平台设计的接头文库类型包括ad153接头。

16、根据本发明的一些实施方案，所述第一接头文库为针对illumina平台设计的接头文库，所述第二接头文库是针对mgi平台设计的接头文库。

17、根据本发明的一些实施方案，所述第一接头文库包括truseq接头单链环状文库、nextera接头单链环状文库、ampliseq接头单链环状文库、smallrna接头单链环状文库中的至少之一。

18、根据本发明的一些实施方案，所述第二接头文库包括mgi ad153接头单链环状文库。

19、根据本发明的一些实施方案，针对所述第一接头文库和第二接头文库设计的引物包括rca引物、一链测序引物、mda引物、二链测序引物、二链条形码引物、二链双barcode条形码引物。

20、根据本发明的一些实施方案，针对所述第一接头文库和第二接头文库设计的每一条测序引物的tm为60-65℃。

21、根据本发明的一些实施方案，针对所述第一接头文库和第二接头文库设计的每一条测序引物的tm为62℃。

22、本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本发明的实践了解到。

技术特征：

1.一种基于mgi平台的兼容不同接头文库类型的测序方法，所述不同接头文库类型包括第一接头文库和第二接头文库，其特征在于，所述方法包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述不同测序平台包括选自illumina平台、ion torrent平台、mgi平台。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一接头文库或第二接头文库是针对illumina平台设计的接头文库；

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一接头文库或第二接头文库是针对iontorrent平台设计的接头文库；

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一接头文库或第二接头文库是针对mgi平台设计的接头文库；

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一接头文库为针对illumina平台设计的接头文库，所述第二接头文库是针对mgi平台设计的接头文库。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一接头文库包括truseq接头单链环状文库、nextera接头单链环状文库、ampliseq接头单链环状文库、small rna接头单链环状文库中至少之一；

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，针对所述第一接头文库和第二接头文库设计的引物包括rca引物、一链测序引物、mda引物、二链测序引物、二链条形码引物、二链双barcode条形码引物。

9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，针对所述第一接头文库和第二接头文库设计的每一条测序引物的tm为60-65℃；

技术总结
本发明涉及测序技术领域，具体涉及一种基于MGI平台的兼容不同接头文库测序方法，所述方法包括将带有不同接头序列的文库环化处理，分别得到单链环状DNA文库后，进行滚换扩增，获得带不同接头序列的DNB，将获得的DNB分别进行单一测序和混合测序，比较测序后的质量，发现混合测序的质量较单一测序而言并没有下降。本发明提供的方法可以实现跨平台的测序，能够将其他非MGI平台构建的文库用于MGI平台测序，且可以满足同时对多种不同接头文库测序，解决因构建的文库的接头不同，而导致需要分别进行单一测序的高成本、高人力的现状，且没有下降。

技术研发人员：孙敬,马可心,李计广,龚梅花,王静静,刘璟仪,林羽珊
受保护的技术使用者：深圳华大智造科技股份有限公司
技术研发日：
技术公布日：2024/9/23