抗乙型肝炎病毒的疫苗的制作方法
抗乙型肝炎病毒的疫苗的制作方法
【技术领域】
[0001] 本发明涉及免疫原性HBV肽组合物以及使用该组合物来治疗HBV。
【背景技术】
[0002] 乙型肝炎病毒（HBV)感染是欧洲和全世界的肝脏相关的发病率和死亡率的一个 主因。估计每年有650000个个体死于肝功能衰竭或肝细胞癌。尽管疫苗接种计划已经在 许多国家使得HBV感染开始减少，但是由于来自流行地区的HBV携带者的移民，慢性乙型肝 炎（CHB)在欧洲是一个迅速增长的问题。
[0003] 从概念的观点来看，慢性HBV感染可分为三个阶段（或免疫应答类型）：免疫耐 受、免疫活性和非活性慢性携带者。这些不同的慢性感染的阶段对应于特性血清学图案并 且与患者对HBV的免疫应答相关。通常，患有持续免疫活性慢性HBV感染的患者接受HBV 治疗。
[0004] 有限的治疗方案可用于慢性乙型肝炎（CHB)。利用抗病毒药物（诸如，a-干扰素 和核苷/核苷酸类似物（NUC))来抑制病毒复制是降低慢性HBV感染的发病率和死亡率的 唯一途径，其终极目标是改善生存。然而，血清HBsAg的损失和抗HBs抗体的发展（血清转 化）是对HBV感染的成功免疫应答的标志和临床治愈的最接近结果。仅a-干扰素已经能 够诱导显著的HBsAg损失，但只对于相对较低比例（〈10%)的患者是这样的。干扰素具有 高成本、低耐受性，并且一些HBV基因型仍然很差地应答治疗。
[0005] 因此，NUC仍然是主要的治疗策略，其中在欧洲五个NUC被批准治疗CHB。最有效 的和优选的药物（替诺福韦和恩替卡韦）具有非常有利的副作用分布并且能够在几乎所有 的患者中诱导HBVDNA抑制。然而，在大多数国家和国际准则下，对于大多数患者需要终生 治疗。即使在NUC治疗的几年之后，只有极少数的HBeAg阳性患者，并且没有HBeAg阴性患 者，能够清除HBsAg。NUC治疗的长期安全性目前是未知的。因此，迫切需要能够及时停止 NUC疗法的概念。
[0006] 治疗性疫苗接种是对于乙肝的一种有前途的干预，以此来诱导对于疾病的免疫控 制。T细胞应答已被证明对于急性HBV感染的清除是至关重要的。然而，即使是在有效的抗 病毒治疗下，基于HBsAg的治疗性HBV疫苗尚未能示出出益处，这是因为来自高水平的循环 HBsAg的被诱导的免疫耐受性。
【发明内容】
[0007] 本发明人已经识别出HBV蛋白质组的一些区域，这些区域在不同的HBV基因型之 间具有高度保守性，并且与HBV蛋白的其它类似保守区域相比，具有预料不到的更好的免 疫原性性质。特别地，发明人使用体外测定出乎意料地表明，HBV聚合酶和HBV核心蛋白的 特定结构域内的肽序列能够在来自感染了不同HBV基因型的慢性感染HBV的患者和/或来 自不同种族的慢性感染HBV患者的PBMC中引发应答。特别地，本发明人已经令人惊讶地识 别了HBV聚合酶的末端结构域中的免疫显性区。
[0008] 因此，本发明提供了一种包含长度为15至60个氨基酸的至少两种肽的药物组合 物，所述肽选自包括SEQIDNOs. 1-4中所示的序列之一或与SEQIDNOs. 1-4中所示的序列 之一具有至少80%同一性的序列的至少15个连续氨基酸的序列的肽（或者所述肽选自包 括SEQIDNOs. 1-4中所示的序列之一的至少15个连续氨基酸的序列或与SEQIDNOs. 1-4 中所示的序列之一具有至少80%同一性的序列的肽），其中，每个肽包含至少一个⑶8+T细 胞表位和/或至少一个CD4+T细胞表位，并且其中，每个肽在体外测定中在来自至少一种慢 性感染HBV个体的外周血单核细胞（PBMC)中引发应答。
[0009] 所述组合物可以包括包含SEQIDNOs. 1-3中所示的序列之一的至少15个氨基酸 的至少一个肽以及包含在SEQIDN0 :4中所示序列的至少15个氨基酸的至少一个肽。
[0010] 所述肽中的至少一个可以包括SEQIDNOs. 24-33之一中所示的序列，或与SEQID NOs. 24-33中所示序列之一具有至少80%同一性的序列。所述肽中的一个或多个可以包括 位于N-末端和/或C-末端的一个或多个氨基酸以增加净正电荷和/或减少肽的疏水性。 因此，该组合物可以包括包含SEQIDNOs:34至38之一中所示的序列的肽。
[0011] 该组合物可以进一步包含衍生自表面蛋白的至少一个肽。衍生自HBV表面蛋 白的肽的长度可以是15至60个氨基酸，并且包括SEQIDN0 :55中所示的序列的至少15个 连续氨基酸的序列或与SEQIDN0 :55中所示序列的至少15个连续氨基酸具有至少80%同 一性的序列，其中，所述肽包含至少一个⑶8+T细胞表位和/或至少一个⑶4+T细胞表位， 并且在体外测定中在来自至少一个慢性感染HBV的个体的外周血单核细胞（PBMC)中引起 应答。
[0012] 组合物，其中所述组合物能够在来自不同种族的至少两个个体以及来自感染有不 同HBV基因型的两个个体的PBMC中引发免疫应答。
[0013] 该组合物能够在以下中引发免疫应答：(a)在来自感染HBV基因型A的个体、感染 HBV基因型B的个体、感染HBV基因型C的个体、和感染HBV基因型D的个体中的两个、三 个或全部的PBMC中；和/或在来自感染HBV的东方或印度个体、感染HBV的高加索人（白 人）个体、和感染HBV的非洲或阿拉伯个体中的两个、三个或全部的PBMC中。
[0014] 在本发明的组合物中的肽可以连接至碳氟化合物载体。该组合物可以进一步包括 HBc、HBe或HBs抗原和/或佐剂。
[0015] 本发明提供了本发明的用于HBV感染的治疗或预防的组合物，特别是用于HBeAg 阴性患者或HBeAg阳性患者的治疗。本发明的组合物可与以下组合使用：（i)a干扰素和 /或核苷/核苷酸类似物（NUC);和/或（ii)抗PD1阻断抗体、抗CTLA4阻断抗体、抗TOIL 阻断抗体、抗LAG3阻断抗体、抗TM3阻断抗体和/或环磷酰胺。利用该组合物的治疗可导 致HBsAg损失或HBsAg血清转换。
[0016] 本发明还提供了本发明的用于终末期肝病或肝细胞癌的治疗或预防或用于丁型 肝炎病毒（HDV)感染的治疗或预防的组合物。
[0017] 一种治疗或预防HBV感染的方法，该方法包括给予需要其的受试者治疗有效量的 根据本发明的组合物，并且还提供了根据本发明的组合物在制备用于治疗或预防HBV的药 物中的应用。
[0018] 此外，本发明提供了长度为15到60个氨基酸的肽，包含SEDIDNOs:1-4中任一 个中所示的序列，或与在SEDIDNOs:1-4中所示序列之一具有至少80%同一性的序列的 至少15个连续氨基酸，所述肽包含至少一个⑶8+T细胞表位和/或至少一个⑶4+T细胞表 位，并且能够在体外测定中在来自至少一个慢性感染HBV的个体的外周血单核细胞（PBMC) 中引发应答。该肽可以包含SEDIDNO:5、6、14或15所示的序列的至少15个连续氨基酸。
[0019] 本发明还提供了包含SEQIDNOs:24至38中所示的序列之一或与SEQIDNOs: 24至38所示的序列之一具有至少80%同一性的序列。
[0020] 本发明的肽可以被共价连接至碳氟化合物载体。
【附图说明】
[0021] 图1是处于免疫控制阶段或正在进行积极治疗的慢性HBV感染的受试者的IFNY 应答的比较。在利用HBV衍生的重叠短肽池库（0.1yg/肽/mL)进行10天培养之后，在 18h的IFNyELISpot(酶联免疫斑点）测定法中，对PBMC进行再刺激（5yg/肽/毫升）， 其中重叠肽的池1至23之一代表HBV蛋白质组的特异性区域。
[0022] 图2示出了对于在通过感染HBV基因型分组的HBV感染受试者中的HBV衍生的短 肽池的IFNy应答的特异性。在利用HBV衍生的重叠短肽池库（0. 1yg/肽/mL)的10天 培养之后，在18h的IFNyELISpot测定法中，对PBMC进行再刺激（5yg/肽/毫升），其中 重叠肽的池1至23之一代表HBV蛋白质组的特异性区域。
[0023] 图3示出了对于在通过种族背景分组的慢性HBV感染受试者中的HBV衍生短肽池 的IFNy应答。在利用HBV衍生的重叠短肽池库（0. 1yg/肽/mL)的10天培养之后，在 18h的IFN丫ELISpot测定法中，对PBMC进行再刺激（5yg/肽/毫升），其中重叠肽的池1 至23之一代表HBV蛋白质组的特异性区域。
[0024] 图4示出了在利用HBV聚合酶-和核心衍生的短肽池进行刺激之后，在来自慢性 HBV和健康对照受试者的PBMC中的⑶4和⑶8T细胞的IFNy生产的代表性点图。利用短 肽池库（0. 1Ug/肽/mL)对来自受试者的PBMC刺激10天，随后利用HBV衍生的短肽池2或 14进行过夜刺激（5yg/肽/mL)，分别代表HBV聚合酶和核心的区域。结果表示为IFNY 产生细胞，作为亲本⑶3/⑶4或⑶3/⑶8T细胞群的百分比。培养基或PMA/伊屋诺霉素中 的刺激分别被用作阴性和阳性对照，并且门控策略是基于阴性对照IFNY生产。
[0025] 图5是在来自健康受试者和免疫控制期或经受积极治疗的慢性HBV感染的HBeAg 阴性患者的PBMC中对于HBV衍生的短肽池的IFNy应答的比较，该短肽池代表35-40mer 肽。在利用HBV衍生的重叠短肽池库（0. 1yg/肽/mL)的10天培养之后，在18h的 IFN丫ELISpot测定法中，对PBMC进行再刺激（5yg/肽/毫升），其中重叠肽的池24至46 之一各自代表HBV蛋白质组的35-40mer区域。
[0026] 图6示出了对于在通过感染HBV基因型分组的HBV感染受试者中的表示35-40mer 肽的HBV衍生的短肽池的IFNy应答的特异性。在利用HBV衍生的重叠短肽池库（0. 1yg/ 肽/mL)的10天培养之后，在18h的IFNyELISpot测定法中，对PBMC进行再刺激，其中重 叠肽的池24至46之一各自代表HBV蛋白质组的特定区域。
[0027] 图7示出了对于在通过种族背景分组的慢性HBeAg阴性HBV感染的受试者中的 表示35-40mer肽的HBV衍生的短肽池的IFNy应答。在利用HBV衍生的重叠短肽池库 (〇? 1yg/肽/mL)的10天培养之后，在18h的IFN丫ELISpot测定法中，对PBMC进行再刺激 (5yg/肽/mL)，其中重叠肽的池24至46之一各自代表HBV蛋白质组的35-40mer区域。
[0028] 图8是由来自HBV感染的受试者的PBMC进行的对于代表35-40mer肽的各个短肽 池的的细胞因子应答的总结。在利用HBV衍生的短肽池库进行10天短期培养之后，来自 慢性eAg阴性HBV感染的受试者（n= 7-14)的PBMC被进行培养过夜，其中利用最终浓度 为 5yg/ 肽/mL的HBV肽池 25、38、26、39、42、43、28 和 31 (代表肽P113、P753、P151、P797、 P856、P877、P277和P376)之一。细胞被染色，用于⑶3、⑶4和⑶8的细胞外表达，接着是 IFNy、IL_2和TNFa的细胞内表达。通过流式细胞仪对细胞进行评估。细胞因子的表达 针对每个受试者被标准化为媒介阴性对照。数据表示针对每个被评价因子的平均表达。应 答的广度示出为在每个堆叠柱状图上。
[0029] 图9示出了IFNy斑点形成细胞的数量（平均值），其在来自慢性HBV感染（HBeAg 阴性无活性携带者（无活性载体）或HBeAg阴性治疗患者）的PBMC中测量。在利用九个未 共轭（未轭合）的 肽（NP113、NP151、NP277(K)、NP376、NP753(K)、NP797(K)、NP856(K)、 NP877和NP1266(K)) (0? 1yg/肽/毫升）进行10天培养之后，在18h的IFNyELISpot测 定法中，对PBMC进行再刺激，其中各个肽的浓度为5yg/ml。
[0030] 图10示出了响应于在来自慢性HBV感染（HBeAg阴性无活性携带者或HBeAg阴性 治疗受试者）的PBMC中测量的HBV肽的对于IFNyELISpot测定法的应答的频率。在利 用九个未共轭的 肽（NP113、NP151、NP277 (K)、NP376、NP753 (K)、NP797 (K)、NP856 (K)、 NP877和NP1266(K)) (0? 1yg/肽/毫升）进行10天培养之后，在18h的IFNyELISpot测 定法中，对PBMC进行再刺激，其中各个肽的浓度为5yg/ml。
[0031] 图11示出了IFNY斑点形成细胞的数量（平均值），其是在来自通过感染HBV基 因型分组的慢性HBV感染受试者的PBMC中测量的。在利用九个未共轭的HBV肽（NP113、 NP151、NP277(K)、NP376、NP753(K)、NP797(K)、NP856(K)、NP877 和NP1266(K))(0? 1yg/ 肽 /毫升）进行10天培养之后，在18h的IFN丫ELISpot测定法中，对PBMC进行再刺激，其中 各个肽的浓度为5yg/ml。
[0032] 图12示出了IFNy斑点形成细胞的数量（平均值），其是在来自通过种族背景分 组的慢性HBV感染受试者的PBMC中测量的。在利用九个未共轭的HBV肽（NP113、NP151、 NP277 (K)、NP376、NP753 (K)、NP797 (K)、NP856 (K)、NP877 和NP1266 (K)) (0? 1yg/ 肽 / 毫升） 进行10天培养之后，在18h的IFN丫ELISpot测定法中，对PBMC进行再刺激，其中各个肽的 浓度为5yg/ml。
[0033] 图13示出了在利用HBV衍生的肽进行刺激之后在来自慢性HBV的PBMC中的产 生细胞因子的⑶4+和⑶8+T细胞的频率。图13A、13B、13C、13D和13E对应于针对通过 HBV基因型A、B、C、D和非A/B/C/D感染的个体的群获得的结果。在利用九个未共轭的HBV 肽（NP113、NP151、NP277(K)、NP376、NP753(K)、NP797(K)、NP856(K)、NP877 和NP1266(K)) (0. 1yg/肽/毫升）进行10天培养之后，在18h的IFNyELISpot测定法中，对PBMC进行 再刺激，其中各个肽的浓度为5yg/ml。结果表示为产生细胞因子的细胞，作为亲本CD3/ CD4或CD3/CD8+T细胞群的百分比。在培养基或PMA/伊屋诺霉素中的刺激分别被用作阴性 和阳性对照，并且门控策略是基于阴性对照IFNy生产。
[0034] 图14示出了通过来自利用FP-02. 1或NP02. 1免疫的BALB/c小鼠（n= 7)的脾 细胞进行的IFNy生产。视图表示了每106个脾细胞IFNy斑点形成细胞的数量，其是在 疫苗的9个肽组分的应答中测量的。采用配对t检验（ns=不显著）来进行统计分析。
[0035] 图15示出了通过来自利用FP-02. 1或NP02. 1免疫的BALB/c小鼠（n= 7)的脾 细胞进行的IFNy生产。视图表示了每106个脾细胞IFNy斑点形成细胞的数量，其是在 疫苗的9个肽组分的应答中测量的。柱代表每个单独的肽的累积中位应答。
[0036] 图16示出，FP02. 1在单次免疫后促进了对于由MHCI类分子限制的CTL表位的T 细胞应答。
[0037] 图17示出了通过利用FP-02. 1或NP02. 1免疫的BALB/c小鼠进行的IFNy生产。 在对于九个肽的混合物的应答中产生IFNySFC/106脾细胞的数量，针对每个脾细胞种群。
[0038] 序列表的简要描述
[0039]SEQIDNOs:1至38和40至72是HBV聚合酶的SEQIDN0 :39中所示的参考HBV 序列的区域的氨基酸序列，如下面的表1中所示。
[0040]
[0041]
[0042]
[0043] SEQIDNO:39是通过聚合酶的末端结构域（位置1至181)、聚合酶的逆转录酶结 构域（位置182至549)、聚合酶的RNA酶结构域H(位置550至702)、核心蛋白（位置703 至914)、X蛋白（位置915至1068)和表面蛋白（位置1069至1468)的线性共组装建立的 虚拟HBV蛋白质序列。从由基因型A、B、C和D共有序列生成的共有序列的共有获得蛋白质 组序列。
[0044] SEQIDNOs:73至219是池1至46中的每一个内的短肽的氨基酸序列。SEQID NO: 220是池5的氨基酸序列。
【具体实施方式】
[0045] 肽组合物
[0046] 本发明提供了广泛包含免疫原性肽序列的组合物，该免疫原性肽序列能够引发多 表位⑶4+和⑶8+T细胞免疫应答，在人口覆盖和HBV基因型覆盖方面具有广泛应用。本发 明提供了一种药物组合物，包括：来自长度为15到60个氨基酸的至少一种肽，其中，所述肽 包含HBV聚合酶的末端结构域的至少15个连续氨基酸的片段、HBV聚合酶的逆转录酶结构 域、HBV聚合酶或HBV核心蛋白的RNA酶H结构域序列。所述肽的长度为15至60个氨基 酸，并选自包含在SEQIDNOs:1至4中所示的序列之一的至少15个连续氨基酸的序列的 肽。该肽包含至少一个CD8+T细胞表位和/或至少一个CD4+T细胞表位。该肽在体外测定 方法中在来自至少一个慢性感染的HBV个体的外周血单核细胞（PBMC)中引发应答。
[0047] 该组合物可包含具有上文定义的性质的多个肽。该组合物能够在来自不同种族的 至少两个个体和/或来自感染了不同HBV基因型的至少两个个体的外周血单核细胞（PBMC) 中引发免疫应答。
[0048] 肽序列
[0049] 本发明 的组合物可以包含一种或多种肽，其包含至少15个连续氨基酸，诸如，至 少 20、25、29、30、31、32、33、34或35个来自5￡〇10勵8:1到4之一的氨基酸。5￡〇10勵8: 1、2和3是HBV聚合酶序列。SEQIDN0:4是HBV核心蛋白序列。
[0050] 这些区域可被进一步细分，使得存在于本发明的组合物中的肽可包含来自SEQID NOs:5至13之一的至少15、20、25、30、32、33、34或35个氨基酸。优选地，来自这些子区域 内的肽包含SEQIDNOs: 14至23之一中的序列。
[0051]SEQIDNOs:1至4中的示例性短肽示出在SEQIDNOs:80至117和142至184 中。优选的示例性短肽示出在3￡〇10勵8:80至83、86至89、98至101、105到112、146至 150、163至166、169至181中。本发明的组合物可以包含肽，所述肽含有这些短序列中的一 个或多个。
[0052] 来自这些HBV聚合酶序列的特别优选的肽包括在SEQIDNOs:24至29中所示的序 列中的一个。SEQIDN0:24 是SEQIDN0s:l、5 和 14 的优选区域。SEQIDN0:25 是SEQ IDNOs:1、6 和 15 的优选区域。SEQIDNO:26 是SEQIDNOs:2、7 和 16 的优选区域。SEQ IDNO:27 是SEQIDNOs:2、8 和 17 的优选区域。SEQIDNO:28 是SEQIDNOs:2、9 和 18 的优选区域。SEQIDNO:29是SEQIDNOs:3和19的优选区域。
[0053] 来自上面的HBV核心蛋白序列（SEQIDN0:4)的特别优选的肽包含在SEQID NOs:30-33中所示的序列中的一个。SEQIDNO:30是SEQIDNOs:10和20的优选区域。 SEQIDN0 :31 是SEQIDNOs:11 和 22 的优选区域。SEQIDN0 :32 是SEQIDNOs:12 和 22的优选区域。SEQIDN0 :33是SEQIDNOs:13和23的优选区域。
[0054] 其它优选的肽包括在SEQIDNOs:24至33中所示的序列内，并且包括这样的肽， 该肽包含来自这些序列之一中的至少20个（诸如25、29、30、31、32、33或34个）连续氨基 酸。
[0055] 该组合物可以进一步包括长度为15至60个氨基酸的至少一个肽，其中，所述肽包 含HBV表面蛋白的至少15个连续氨基酸的片段。HBV表面蛋白肽典型地是15到60个氨基 酸的长度，并且选自包含SEQIDN0 :55中所示序列的至少15个连续氨基酸的序列的肽。
[0056]HBV表面蛋白肽可以包含来自SEQIDN0 :55之一，优选来自SEQIDN0 :71的至 少 15、20、25、30、32、33、34 或 35 个氨基酸。
[0057]SEQIDNOs:55和71中的示例性短肽分别示出在SEQIDNOs:204至210以及 205至209中。本发明的组合物可以包含肽，该肽含有这些短序列中的一个或多个。
[0058] 来自这些HBV表面蛋白序列的特别优选的肽包括在SEQIDN0 :221中所示的序列 中的一个。SEQIDN0 :221是SEQIDNOs:55和71的优选区域。
[0059] 可以包括在本发明的组合物中的更进一步的肽是包含这样的序列的肽，该序列含 有一个或多个（诸如两个、三个或四个）氨基酸取代、添加或缺失（优选取代）（在SEQID NOs:1至33、55、71和221之一中所示的序列中的一个中）。连续序列中的一个、两个、三个 或更多个氨基酸可以被取代。指定序列中的取代包括突变以去除半胱氨酸残基。例如，半 胱氨酸残基可被丝氨酸残基取代。
[0060] 典型地，这样的肽将与SEQIDNOs:1至33、55、71和221之一中的至少15或 20,诸如，25、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个连续氨基酸或与5￡01〇勵8: 24至33和221中所示的序列之一的整个长度具有至少80 %，诸如，至少85 %、90 %、95 % 或98%的序列同一性（例如，如使用可在国家生物技术信息中心（NationalCenterfor BiotechnologyInformation) (blast,ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)上获得的BLAST所 确定的）。这样的肽包括匹配HBV聚合酶或核心蛋白的等效区域中的HBV基因型A、B、C、 D、E或F的氨基酸序列的序列。
[0061] 所述肽可以包括另外的序列，条件是它们的总长度不超过60个氨基酸。例如，所 述肽可以包含至少20,诸如，25、29、30、31、32、33、34或35个连续氨基酸，其来自3￡0 1〇NOs:1至33、55、71和221之一所示的序列中的一个，优选SEQIDNOs:24至33和221，并 且可以具有的长度为15、20或25个氨基酸至可达30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、 45、50、55或60个氨基酸。
[0062] 因此，所述肽通常具有的长度为15或20至60个氨基酸，诸如，25至50个氨基酸， 优选30至40个氨基酸，例如31，32, 33, 34, 35, 36, 37, 38或39个氨基酸。
[0063] 所述肽可以包括额外的序列。所述额外的序列可有利于肽的制造或配制或增强肽 的稳定性。例如，所述肽可以包括一个或多个额外的氨基酸，通常在N末端和/或C-末端， 以增强肽的净正电荷和/或减少该肽的疏水性。净正电荷可以被增加，使得该肽具有大于 或等于7的等电点。
[0064] 在本发明的一个方面，将一个或多个（诸如，两个或三个）带正电荷的氨基酸（精 氨酸和/或赖氨酸）加入到组合物中的所述肽中的一个或多个的N末端和/或C末端。例 如，三个赖氨酸残基可被加入到肽中的一个或多个的N末端和/或C末端。阳性氨基酸通 常在肽的一个或多个末端处加入，其具有超过65%的总疏水性、小于零的净电荷和/或包 括疏水性氨基酸簇。
[0065]SEQIDNOs:34至38和222中示出了包括N-和/或C-末端赖氨酸残基的肽的 具体实例。
[0066] 所述肽可以包括一个或多个表位，其不存在于共有HBV序列中。一个这样的实 例是融合肽的使用，其中，混杂的T辅助表位被共价地连接（可选地，通过多肽接头或间 隔物）至共有序列。作为一个实例，混杂的T辅助表位可以是PADRE肽、破伤风类毒素肽 (830-843)、或流感血细胞凝集素，HA(307-319)。
[0067]在所述肽被连接至碳氟化合物的情况下，肽的末端（诸如，未共轭至或通过其它 附接方式附接至碳氟化合物的末端）可以被改变，例如，以通过形成胶束而促进碳氟化合 物肽构建物的溶解度。为了便于大规模合成构建物，所述肽的N-或C-末端氨基酸残基可 以被改性。当期望的肽对于肽酶裂解特别敏感时，正常肽键可被不可切割的肽模拟物所代 替。这样的键以及合成方法在现有技术中是众所周知的。
[0068] 所述肽可以是天然肽。该肽可被修饰以增加寿命，诸如，体内的肽的半衰期或在给 药部位的存留，或将肽引导至抗原呈递细胞。例如，所述免疫原性肽可以包含一个或多个非 天然存在的氨基酸和/或非天然存在的共价键，以便共价地连接相邻的氨基酸。在某些实 施方式中，非标准的、非天然存在的氨基酸也可掺入到免疫原性肽中，条件是它们并不干扰 肽与MHC分子相互作用并保持与识别天然序列的T细胞的交叉反应的能力。非天然氨基酸 可被用于改进针对蛋白酶或化学稳定性的肽抗性。非天然氨基酸的实例包括D-氨基酸和 半胱氨酸修饰。
[0069] 所述肽可以结合至载体，诸如，蛋白质载体或递送载体。合适的递送载体包括脂 肽，例如，脂肪酰基链，诸如单棕榈链、病毒颗粒、脂质体和细胞穿透肽，诸如穿膜和转录的 反式激活物（TAT)。
[0070] 在本发明的组合物中的HBV肽中的一个或多个（优选全部）优选共价连接至碳氟 化合物载体。
[0071]肽的组合
[0072] 本发明的组合物可以包含多种肽。因此，该组合物可包含至少两个，诸如，至少 三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个肽，每一个包含如上所述的SEQID NOs:1至4之一的至少15个连续氨基酸的序列。该组合物可另外包含这样的肽，该肽包括 如上所述的SEQIDN0 :55的至少15个连续氨基酸的序列。
[0073] 在一个方面，所述组合物可以包含至少一种肽，其包含在SEQIDNOs:1至3所示 的序列之一的至少15个氨基酸和在SEQIDN0 :4所示的序列的至少15个氨基酸，以及可 选地包含在SEQIDN0 :55中所示的序列之一的至少15个氨基酸的至少一种肽。例如，该 组合物可以包含至少一种肽，所述至少一种肽包含在SEQIDNOs:24, 25, 26, 27, 28、29和 34中所示的序列之一的至少15个氨基酸以及在SEQIDNOs:30至33和35至38中所示 的序列之一的至少15个氨基酸。
[0074] 在另一个方面，所述组合物可以包括如上所述的包含SEQIDNOs:1和/或2的 至少15个连续氨基酸的序列的至少一种肽以及如上所述的包含SEQIDN0 :3或4的至少 15个连续氨基酸的序列的至少一种肽。例如，所述组合物可以包括如上所述的包含SEQID NO:1或2的至少15个连续氨基酸的序列的肽（或包含SEQIDNOs:5和6两者的序列的 肽）以及如上所述的包含SEQIDNOs: 10-13中的任一个的至少15个连续氨基酸的肽。本 发明可以包括如上所述的包含SEQIDNOs:5、6、7、8和9中的任何两个、三个、四个、五个、 或全部的至少15个连续氨基酸的序列的肽，和/或可以包括如上所述的包含SEQIDNOs: 10至13中的任何两个、三个、或全部的至少15个连续氨基酸的序列的肽。
[0075] 存在于本发明的组合物中的肽可以由或基本上由SEQIDNOs:24至38中所示的 序列之一组成。存在于本发明的组合物中的HBV表面蛋白肽可以由或者基本上由在SEQID NOs:221和222中所示的序列中的一个组成。因此，本发明提供了一种药物组合物，所述药 物组合物包含至少一种肽，诸如，两种或更多种肽，其由或基本上由SEQIDNOs:24至38之 一中所示的氨基酸序列组成，或者包括所述氨基酸序列；以及可选地至少一种肽，其由或基 本上由SEQIDNOs:221或222中所示的氨基酸序列组成，或者包括所述氨基酸序列。所述 组合物可以包含至少两种，诸如，三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种或十种肽，其包含 SEQIDNOs:24至33和221中所示的序列。在一个实施方式中，包含SEQIDNOs:24至33 和221之一的肽中的一种或多种可以包括N-或C-末端赖氨酸残基。更具体地，包含SEQ IDNOs:26、29、30、31、32和221的肽可以分别具有在SEQIDNOs:34到38和222中所示 的序列。
[0076] 例如，组合物可以包括至少两种，诸如三种，四种，五种，六种，七种，八种，九种或 十种肽，其包含SEQIDNOs:24、25、27、28、33、34、35、36、37和38中所示的序列，由所述序 列组成或者基本上由所述序列组成，或者至少两个，诸如三个、四个、五个、六个、七个或八 个肽，其包含SEQID勵8:24、25、28、33、34、36、37和38，由其组成或基本上由其组成。这 些肽的任何可能的组合可以存在于本发明的组合物。优选的组合包括SEQIDNOs:24、25、 28、33和31/37中的一个或多个，诸如，任意两个、任意三个、任何四个或所有，优选地SEQ IDNO: 24和/或25。例如，SEQIDNO: 24和33的组合产生了包含结合至7个I类等位基 因和7个II类等位基因的表位的组合物。该组合物可进一步包括这样的肽，其包含SEQID NO:221或222,由其组成或者基本上由其组成。
[0077] 例如，所述组合物可以包含8个肽，其包含以下序列：SEQIDNOs:24、25、26、28、 30、31、32和33,以及可选的第九个肽，其包含SEQIDN0:222。
[0078] 这些肽中的一个，诸如，包含SEQIDNO:28的肽，可以由包含SEQIDNO:27的肽 所取代；和/或一种肽可以由包含SEQIDNO:29的肽所取代。如上所述，可以用较短的肽 (例如，一种具有取代肽的至少20个连续氨基酸的肽），或者用与取代肽的氨基酸序列在其 整个长度上具有至少80%同一性的肽来取代这些肽中的一个或多个。
[0079] 优选地，如上所述，该组合物包含来自HBV聚合酶，更优选地来自HBV聚合酶的末 端结构域的至少一种肽。在一个特别优选的实施方式中，HBV聚合酶肽包含SEQIDN0 :1内 的至少一个氨基酸序列，诸如，SEQIDN0:5、6、14、15、24或25中的至少一个序列。例如， 这样的肽可以包含在SEQID勵8:80、81、82、83、86、87、88、89、24或25之一中所示的氨基 酸序列。
[0080]HBV基因型
[0081] 组合物中的肽序列的组合提供了表位，优选CD8+和CD4+表位两者，其存在于多种 HBV基因型中。HBV基因型包括基因型A、B、C、D、E和F。例如，长肽可以包含来自至少两个 HBV基因型的表位，该HBV基因型诸如A和D(在欧洲最流行的基因型）或B和C(在亚洲最 流行的基因型）。更优选地，所述组合物包含来自至少三个HBV基因型的表位，诸如，例如， A、B和C，A、B和D，A、C和D或B、C和D。最优选地，该组合物包含来自至少HBV基因型A， B，C和D的表位。除了包括来自基因型A、B、C和D中的一个或多个的任意组合的表位的任 何组合，该组合物还可以包含基因型E、F和/或G的表位。例如，这可以通过任何合适的手 段，通过使用体外PBMC测定法来确定，如本文描述的。
[0082] 因此，本发明提供了一种组合物，其能够在来自感染HBV基因型A的个体、感染HBV 基因型B的个体、感染HBV基因型C的个体、感染HBV基因型D的个体和感染另外的HBV基 因型的个体中的两个、三个、四个或所有的PBMC中引发免疫应答。
[0083] 能够在感染HBV基因型A的个体、感染HBV基因型B的个体、感染HBV基因型C的 个体和感染HBV基因型D的个体中的两个、三个或所有中引发免疫应答的本发明的组合物 可以包括选自下列组中的至少两个，优选三个或所有的至少一种肽：
[0084] (1)包含5￡〇10勵：14、15、20、21、67、22或23的至少15个连续氨基酸的肽；
[0085] (ii)包含SEQIDN0 :14、17、18、21或67的至少15个连续氨基酸的肽；
[0086] (iii)包含SEQIDN0:14、16、60、19、20或22的至少15个连续氨基酸的肽；
[0087] (^)包含5￡〇10勵：14、15、20、21、67、22或23的至少15个连续氨基酸的肽 ；
[0088] 该组合物可进一步包括这样的肽，其包含SEQIDN0 :55或SEQIDN0 :71的至少 15个连续氨基酸。
[0089] 例如，这样的组合物可以包含选自下列组中的至少两个，优选三个或所有的肽：
[0090] ⑴包含SEQIDN0 :20、21、67、22或23的至少15个连续氨基酸的肽；
[0091] (ii)包含SEQIDN0:17或18的至少15个连续氨基酸的肽；
[0092] (iii)包含SEQIDN0 :16、60或19的至少15个连续氨基酸的肽；
[0093] (iv)包含SEQIDN0:14或15的至少15个连续氨基酸的肽；
[0094] 该组合物可以进一步包括包含SEQIDN0 :55或SEQIDN0 :71的至少15个连续 氨基酸的肽。
[0095] 包括指定序列的至少15个氨基酸的合适的肽在本文中更详细地描述，并且特别 是包括表4中提到的SEQIDNOs:24至38的肽以及SEQIDNOs:221和222的肽。
[0096] 在一个方面，本发明的组合物在来自慢性感染HBV基因型的至少一个个体、慢性 感染HBV基因型B的一个个体、慢性感染HBV基因型C的一个个体和慢性感染HBV基因型D 的一个个体的外周血液单核细胞（PBMC)中引起体外应答。这可以通过任何合适的方法来 确定，如在本文实施例中所描述的方法。所述个体可以是相同或不同种族的，优选地来自至 少两个不同的种族。所述个体可以是相同或不同的HLA亚型，优选地至少两个不同的HLA 亚型。
[0097] 种族
[0098] 本发明提供了一种能够引发至少两种，诸如三种或更多种不同种族的个体中的免 疫应答的组合物。这可以使用如在实施例中所描述的体外PBMC测定进行评估。本发明的 组合物能够在来自以下的两种、三种或所有的PBMC中引发免疫应答：感染HBV的东方或印 度人个体、感染HBV的高加索人个体、以及感染HBV的非洲或阿拉伯人个体。
[0099] 能够在感染HBV的东方或印度人个体、感染HBV的高加索人个体以及感染HBV的 非洲或阿拉伯人个体中的两种、三种或所有中引发免疫应答的本发明的组合物可以包含选 自以下组中的至少两个，优选三个或所有中的至少一个肽：
[0100] (i)包括SEQIDN0:14、16、60、17、18、20、21、67 或 22 的至少 15 个连续氨基酸的 肽；
[0101] (ii)包括SEQIDN0:14、15、19、20、22或23的至少15个连续氨基酸的肽；以及
[0102] (iii)包括SEQIDN0:14、15、20、21、67、22 或23的至少15个连续氨基酸的肽。
[0103] 该组合物可以进一步包含包括SEQIDN0:55或SEQIDN0:71的至少15个连续 氨基酸的肽。
[0104] 例如，这样的组合物可以包含选自以下组中的至少两个，优选三个或所有的肽：
[0105] ⑴包括SEQIDNO: 16、60、17、18的至少15个连续氨基酸的肽；
[0106] (ii)包括SEQIDN0:14、15或19的至少15个连续氨基酸的肽；以及
[0107] (iii)包括SEQIDN0:14、15、20、21、22或23的至少15个连续氨基酸的肽。
[0108] 该组合物可以进一步包含包括SEQIDN0:55或SEQIDN0:71的至少15个连续 氨基酸的肽。
[0109] 在本文中更详细地描述了包括指定序列的至少15个氨基酸的合适的肽，并且特 别是包括在表4中提到的SEQIDN0s:24至38的肽和SEQIDN0s:221和222的肽。
[0110] 表位
[0111]HLAI类和II类分子是多态性的且它们的频率在族群之间变化。大多数多态性位 于肽结合区，并且作为结果，每个变异体被认为结合于肽配体的唯一库（r印ertoire)。HLA 多态性为疫苗设计师提出了一大挑战，因为HLA多态性是差异肽结合的基础。此外，特异性 HLA等位基因在不同种族中以显著不同的频率表达。
[0112] 尽管这样的多态性，但是HLA分子结合重叠组的肽，因此，可以相应地分组为超类 型（Lund等人（2004)Immunogenetics55(12) : 797-810,Sette等人（1999)Immunogenetics 50(3-4) :201-212)。超类型被定义为具有相似的肽结合库从而分享重叠组的肽的不同HLA 分子的家族。换句话说，与属于给定超类型的HLA等位基因结合的肽很可能对其他超类型 成员呈现结合活性。
[0113] 对于不同HLAII类等位基因的肽的结合能力可以利用用于每个HLAII类等位基 因的特定生物素化示踪肽使用异源竞争试验来确定，如在Texier等人的（2000)JImmunol 164:3177-3184,Texier等人的（2001)EurJImmunol31:1837-1846 和Castelli等人的 (2002)JImmunol169:6928-6934 中所描述的。
[0114] 以下9个HLA II类等位基因代表主要超类型或基于序列分析和结合基序特异性 的HLA集群，如在Lund等人的（2004) Immunogenetics 55 (12) : 797-810和Greenbaum等人的（2011) Immunogenetics 63(6) : 325-35 中所描述的：HLA-DR1( a 1*01:01 1*01:01)、 HLA-DR3 (a 1*01:01 ; 0 1*01:01)、HLA_DR4( a 1*01:01 ; 0 1*04:01)、HLA_DR7( a 1*01:01 ; 0 1*07:01)、HLA_DRll(a 1*01:01 1*11:01)、HLA_DR13(a 1*01:01 1*13:01)、 HLA - DR15(a 1*01:01 1*15:01)、HLA - DR51(a 1*01:01 ;05*O1:O1)和 HLA_DP4(a 1*01:03 ;M*04:01)。这些等位基因在不同的种族具有较高的发病率（参见Wilson等人的（2001) J Virol. 75 (9): 4195-4207)。
[0115] 存在于本发明的组合物中的肽典型地结合至所述九个主要HLAII类等位基因中 的至少两个，优选至少三个，如结合至在实施例10中所描述的七个HLAII类等位基因中的 至少两个，优选至少三个。存在于该组合物中的一个或多个肽可以结合至所述九个主要HLA II类等位基因中的至少四个、五个、六个、七个、八个或所有或者结合至在实施例10中所描 述的七个HLAII类等位基因中的至少四个、五个、六个或所有。本发明的组合物优选包含 可以结合至上述主要HLAII类等位基因中的至少七个、至少八个或所有九个的肽，如结合 至在实施例10中所描述的七个HLAII类等位基因中的所有。
[0116] 包含在每个肽中的HLAI类结合记录（bindingregister)的数量可以通过 确定肽结合至一系列频繁出现的HLAI类分子的能力来确定。HLAI类结合可以利用 ProlmmuneREVEAL?〗MHC_肽结合试验（英国牛津Prolmmune有限公司）来测定。对于代 表主要HLAI类超类型的HLA-A*0101、HLA-A*0201、HLA-A*0301、HLA-A*2402、HLA-B*0702、HLA-B*0801、HLA-B*3501，REVEAL?MHC肽-结合试验测定每个肽稳定三元MHC-肽复合物 的能力。给出每个测试肽相对于通过/未通过对照肽的分数，并且还与阳性对照肽进行比 较。
[0117]HLAI类分子结合具有从8至11个氨基酸变化的长度的短肽。理论上，102个短 肽（27X8-聚体、26X9-聚体、25X10-聚体和24X11-聚体），可以衍生自35-聚体肽序 列。为了限制待测试肽的数量，可以基于公开的可用算法仅使用具有良好预测分数的九聚 肽（对于HLAI类结合肽的最频繁长度）进行结合试验。
[0118] 以下HLAI类等位基因在人群中被高度表示且（2)它们属于良好定义的HLA超 类型(http: //bioinformatics,nmdp.org/) :HLA_A*0101、HLA_A*0201、HLA_A*0301、 HLA-A*2402、HLA-B*0702、HLA-B*0801、HLA-B*3501 和HLA-A*1101。
[0119] 存在于本发明的组合物中的肽典型地包括与这些HLAI类等位基因中的至少一 个，优选至少两个或至少三个结合的短肽，如与以上所列出的前七个I类等位基因结合，且 优选地与实施例9中提到的7个HLAI类等位基因结合。存在于该组合物中的一个或多个 肽可以包括与7个HLAI类等位基因中的至少四个、五个、六个或所有结合的短肽。本发明 的组合物优选地包含包括可以与上述HLAI类等位基因中的至少五个、至少六个或所有七 个结合的短肽的肽。
[0120] 本发明的药物组合物典型地包含一个或多个肽，所述肽包括与不同的MHC等位基 因结合以得到广泛群体覆盖率的一种或多种T细胞表位。所述组合物可以包含已知或预测 到包含与特定族群中或跨多个族群的高频率MHC等位基因相关的一个或多个MHC结合基 序的肽。该组合物可包含与多于一个的等位基因变异体结合的一种或多种混杂的CD4+和 CD8+T细胞表位。组合物中的肽序列的结合提供了与不同HLA亚型结合的T细胞表位。
[0121] 在一个方面，本发明的组合物在来自具有不同HLA亚型的至少两个个体的外周血 单核细胞（PBMC)中引发体外应答。该组合物可以在各自具有不同HLA基因型的至少三个、 四个、五个、六个或七个个体中引发免疫应答，这些个体可以是不同种族的个体。
[0122] 碳氟化合物
[0123] 碳氟化合物可以包括从全氟烃或混合的碳氟化合物/碳氢化合物基衍生的一个 或多个链，并且可以是饱和的或不饱和的，每个链具有3至30个碳原子。因此，碳氟化合物 连接（结合物，连接物，attachment)中的链通常是饱和的或不饱和的，优选是饱和的。碳氟 化合物连接中的链可以是直链或支链，但优选是直链。每个链通常具有3至30个碳原子， 5至25个碳原子，或8至20个碳原子。为了将碳氟化合物载体共价连接至肽，在载体中包 括反应性基团，或配体（例如-CO-、-NH-、S、0)，或任何其它合适的基团。用于实现共价连 接（连接物，键合，linkage)的这种配体的使用在本领域中是公知的。反应性基团可以位 于碳氟化合物载体上的任何位置。
[0124] 碳氟化合物载体与肽的偶联可以通过天然存在的或引入到肽的任何位点的官能 团（如-0H、-SH、-C00H和-NH2)实现。这种连接的实例包括酰胺、腙、二硫化物、硫醚和肟 键合。
[0125] 可选地，可以包含间隔物元素（间隔物元件，spacerelement)(肽或非肽），以允 许从用于在抗原呈递细胞内进行处理的碳氟化合物元素裂解肽，并优化肽的立体呈现。可 以包含间隔物，以协助分子的合成并改善其稳定性和/或溶解性。间隔物的实例包括聚乙 二醇（PEG)或氨基酸，如可被蛋白水解酶裂解的赖氨酸或精氨酸。
[0126] 在一个实施方式中，碳氟化合物连接的肽可以具有化学结构CmFn-CyHx-(Sp)_R或 其衍生物，其中，m= 3 至 30,n< 2m+l，y= 0 至 15,x< 2y，（m+y) = 3 至 30,并且Sp为 可选的化学间隔物部分，且R是免疫原性肽。通常，m和n满足关系2m-l彡n彡2m+l，且优 选地n= 2m+l。通常，x和y满足关系2y-2 <x< 2y，且优选地x= 2y。优选地，CmFn-CyHx 部分是直链。
[0127] 优选的是，m为5至15,更优选地为8至12。还优选的是，y为0至8,更优选地为 0至6或0至4。优选的是，CmFn-CyHx部分是饱和的（即n= 2m+l且x= 2y)和直链的，且 m= 8至12和y= 0至6或0至4。
[0128] 在一个具体实施例中，碳氟化合物载体衍生自具有下式的2H，2H，3H，3H-全氟 十一烷酸：
[0129]
[0130] 因此，优选的碳氟化合物连接是衍生自C8F17(CH2) 2C00H的直链饱和部分 c8f17(ch2)2_。
[0131] 碳氟化合物连接的其他实例具有下式：分别衍生自c6f13(ch2)2cooh、c7f15(ch2)2cooh,c9f19(ch2)2cooh,c10f21(ch2)2cooh,c5fu(ch2)3cooh,c6f13(ch2)3cooh, c7f15 (ch2) 3cooh,c8f17 (ch2) 3cooh^pc9f19 (ch2)3cooh^c6f13 (ch2) 2->c7f15 (ch2) 2->c9f19 (ch2) 2-, C10F21 (ch2) 2-、C5Fn (ch2) 3-、C6F13 (ch2) 3-、C7F15 (ch2) 3-、C8F17 (CH2) 3和c9F19 (ch2) 3-。
[0132] 对于碳氟化合物载体-抗原构建物的合适结构的优选实例具有下式：
[0133]
[0134] 其中，Sp和R如上所定义。在某些实施方式中，Sp衍生自赖氨酸残基并且具有 式-C0NH- (CH2)4-CH(NH2) -C0-。优选地，R是SEQIDNOs: 1至14中的任一个，优选地R是 SEQIDN0s:l至6中的任一个。每种肽（例如，SEQIDN0:l、2、3、4、5或6)的N末端氨基 酸的氨基形成具有式-conh-(ch2)4-ch(nh2)-co-的间隔物的C-末端羧基的酰胺键。
[0135] 在本发明的上下文中，碳氟化合物连接可以被修饰，使得所得化合物仍然能够将 所述肽递送至抗原呈递细胞。因此，例如，可以用其他卤族原子，如氯、溴或碘来替换多个氟 原子。另外，也可以用甲基代替多个氟原子，并且仍保留本文所描述的分子的性质。
[0136] 所述肽可以经由间隔物部分连接至碳氟化合物载体。间隔物部分优选是赖氨酸残 基。除了如上所述的任何末端赖氨酸残基，还可以存在这种间隔物残基，使得所述肽可以例 如具有总共四个N-末端赖氨酸残基。因此，本发明的优选制剂可以包含碳氟化合物连接的 肽，其中所述肽具有c-末端或N-末端赖氨酸残基，优选N-末端赖氨酸残基。肽中的末端 赖氨酸优选连接至具有式C8F17 (CH2) 2COOH的碳氟化合物。碳氟化合物优选地耦联到N-末 端赖氨酸残基的e链。
[0137] 可以设想，本文所描述的药物组合物包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个或更多 个免疫原性肽，可选地每个肽共价连接至其自身的碳氟化合物载体。
[0138]肽
[0139] 本发明还提供了一种在本发明的组合物中有用的肽。所述肽可以是上述肽中的任 何一个。特别地，本发明提供了一种长度可达40、50或60个氨基酸且包含在SEQIDN0s:24 至33和221中所示序列中的一个或与SEQIDNOs: 24至33和221中所示序列中的一个至 少80 %相同，如至少85 %、90 %、95 %或98 %相同的肽。所述肽可以包括如上所述的附加的 氨基酸。在一个具体的实施方式中，本发明提供了具有在SEQIDNOs: 34至38和222之一 中所示的序列的肽。本发明的特别优选的肽包括在SEQIDN0s:24、25、28、30、31、32、33、 34、36、37和38中所示的序列，基本上由或由以上序列构成。
[0140] 本发明还提供了来自HBV聚合酶的末端结构域的高度保守的免疫原性肽。这些肽 可以是以上参考本发明的组合物所描述的任何HBV聚合酶肽。这种肽的长度通常为15到 60个氨基酸，包括SEQIDNO: 1或2的至少15个连续氨基酸，并且在来自慢性感染HBV的 至少一个个体的PBMC中引发体外免疫应答。
[0141] 所述肽可以耦联到载体，如上所述。在一个优选的方面，本发明的肽共价键连接至 碳氟化合物载体。碳氟化合物载体可以是如上所描述的。
[0142] 其他组分
[0143] 本发明的组合物可以包含附加的免疫原。免疫原可以是B细胞抗原。B细胞抗原 可以用来刺激对HBV的抗体应答。本发明的药物组合物可以例如包括一个或多个碳氟化合 物连接的肽，其可以刺激T细胞应答，和B细胞抗原。
[0144] 充当B细胞抗原的合适的免疫原包括蛋白抗原，诸如B型肝炎表面抗原（HBsAg) 或B型肝炎核心抗原（HBcAg或HBeAg)。
[0145] 在一个方面，本发明提供了一种包含两种或更多种肽（例如碳氟化合物连接的 肽）的组合物，还包含佐剂和/或可选的药学上可接受的载体或赋形剂。所述赋形剂可以 是高效冷冻干燥所必需的稳定剂或填充剂（bulkingagent)。实例包括山梨糖醇、甘露糖 醇、聚乙烯吡咯烷酮和它们的混合物，优选甘露糖醇。可能存在的其他赋形剂包括本领域中 公知的防腐剂（如抗氧化剂）、润滑剂、冷冻保护剂（cryopreservatives)和粘合剂。
[0146] 佐剂是一种能够调节针对共同给药的抗原的免疫应答同时在单独给药时几乎没 有直接影响的药剂。这样的佐剂能够增强在大小和/或细胞因子分布方面的免疫应答。佐 剂的实例包括：细菌的天然组分的天然或合成的衍生精炼剂（改良剂，refinement)，诸如 弗氏佐剂及其衍生物、胞壁酰二肽（MDP)衍生物、CpG、单磷酰脂质A;其他已知的佐剂或增 强剂，诸如皂苷、铝盐和细胞因子；水包油佐剂、油包水佐剂、免疫刺激复合物（ISC0M)、月旨 质体、配制的纳米和微米颗粒；细菌毒素和类毒素；菊粉，尤其是y菊粉；以及TLR激动剂。
[0147] 优选地，所述佐剂可以选自由以下组成的组：肽聚糖（诸如TDM、MDP、胞壁酰二肽、 莫拉丁酯）；明矾溶液（诸如氢氧化铝、ADJUMER?(聚磷腈）或磷酸铝凝胶）；葡聚糖；阿尔 加穆林（algammulin);表面活性剂（诸如角鲨烷、吐温80、普朗尼克或角鲨烯）；磷酸钙凝 胶；细菌毒素或类毒素（诸如霍乱全毒素、霍乱-毒素-A1-蛋白-A-D片段融合蛋白、霍乱 毒素的亚单位B或嵌段共聚物）；含细胞因子的脂质体；油包水佐剂（诸如弗氏完全佐剂、 弗氏不完全佐剂或Montanide(如ISA51或ISA720));水包油佐剂（诸如MF-59);菊粉类 佐剂；细胞因子（诸如干扰素-y;白细胞介素-10 ;白细胞介素-2;白细胞介素_7或白细 胞介素-12) ;ISC0M(诸如，细胞和体液免疫应答的有效诱导剂ISCOMATRIX);任何组合物的 微球体和微粒；以及Toll样受体激动剂（诸如CpG、人TLR1-10的配体、小鼠TLR1-13的 配体、ISS-1018、IC31、咪唑喹啉、聚（1:〇、单磷酰脂质A、Ribi529、霍乱毒素、不耐热毒素、 Pam3Cys或鞭毛蛋白）。
[0148] 药物组合物的制备
[0149] 本发明的药物组合物可以通过在乙酸或其它溶剂中溶解至少一种肽（诸如碳氟 化合物连接的肽）作为配制药物产品中的第一步骤来制备。可以用来将一种或多种碳氟化 合物连接的肽分散在共混物中的其他溶剂的实例包括磷酸盐缓冲盐水（PBS)、丙-2-醇、叔 丁醇、丙酮和其他有机溶剂。在W02012/090002中描述了用于溶解碳氟化合物载体-肽偶 联物（结合物，conjugate)的方法。
[0150]用作起始材料的肽或碳氟化合物连接的肽通常被脱水。肽和包含短于20个氨基 酸和/或具有少于50%的疏水性残基的肽的碳氟化合物连接的肽可溶解在除乙酸以外的 溶剂中。通常使用乙酸，其中所述肽具有多于20个氨基酸和/或具有大于50%的疏水性残 基。
[0151] 碳氟化合物连接的肽在溶液中的浓度通常为约0.ImM至约10mM，例如约0. 5mM， ImM，2mM，2. 5mM或5mM。合适的浓度的实例为约10mg/mL。
[0152] 输入组分（引入组分）可以与任何聚集体一起均匀混合成所希望的比例，分散，使 其无菌，并以用于给药的合适的形式呈现。这样的实例可以包括引入涡旋和/或超声后混 合或后稀释阶段，以促进溶解。制造工艺流的其他排列可以包括在工艺的早期阶段进行的 无菌过滤或省去冻干，以允许液体最终呈现。
[0153] 在不同的肽或碳氟化合物连接的肽分别溶解在例如不同的溶剂或不同浓度的乙 酸中的情况下，使溶解 的肽或碳氟化合物连接的肽混合，以形成肽或碳氟化合物连接肽的 混合物。
[0154] 可选的佐剂和/或一种或多种药学上可接受的赋形剂也可以被添加到溶解的肽/ 碳氟化合物连接的肽或肽/碳氟化合物连接的肽的混合物中。通常，使溶解的碳氟化合物 连接的肽与赋形剂和/或佐剂混合。
[0155] 在溶解和混合之后，一种或多种碳氟化合物连接的肽的溶液可以被稀释。例如，混 合物可稀释于水中。
[0156] 含有肽或碳氟化合物连接的肽的溶液优选是灭菌的。当制剂用于全身使用时，灭 菌是特别优选的。可以使用灭菌的任何合适的方式（装置），诸如UV灭菌或过滤灭菌。优 选地，使用过滤灭菌。无菌过滤可以包括0. 45ym的过滤器，接着是0. 22ym的除菌级过滤 车。
[0157] 可以在加入任何赋形剂和/或佐剂之前或之后进行灭菌。
[0158] 本发明的组合物可以是干燥形式的，如冷冻干燥。本发明的组合物可以是水性溶 液，例如通过在水性介质中溶解冻干产物或其它干燥制剂而形成的水性溶液。该水性溶液 通常是pH中性的。
[0159] 干燥所述制剂有助于长期储存。可以使用任何合适的干燥方法。冻干是优选的，但 也可使用其它合适的干燥方法，诸如真空干燥、喷雾干燥、喷雾冷冻干燥或流化床干燥。干 燥过程可导致其内结合有肽或碳氟化合物连接的肽的非晶形块状物的形成。
[0160] 对于长期储存，无菌组合物可被冻干。冻干可以通过冷冻干燥来实现。冷冻干燥 通常包括冷冻，然后干燥。例如，碳氟化合物连接的肽混合物可以在_80°C下冷冻2小时，并 在冷冻干燥机中冷冻干燥24小时。
[0161] 本发明的药学上可接受的组合物可以是固体组合物。碳氟化合物连接的肽组合物 可以以干粉形式获得。从冻干产生的块状物可被碾磨成粉末形式。根据本发明的固体组合 物因此可以采取自由流动颗粒的形式。固体组合物通常在密封的小瓶、安瓿或注射器中以 粉末提供。如果是吸入剂，则可以在干燥粉末吸入器中提供粉末。固体基质可替换地可以 作为贴剂（小块，patch)提供。粉末可被压缩成片剂形式。
[0162] 干燥（例如，冻干）的肽或碳氟化合物连接的肽组合物可以在给药之前重组。如 本文中所使用的，术语"重组"被理解为是指干燥疫苗产品在使用前的溶解。在干燥（如冻 干）后，免疫原性肽（例如，碳氟化合物连接的肽产品）优选地被重组以形成等渗、pH值中 性的均匀悬浮液。该制剂通常例如通过添加注射用水、组氨酸缓冲溶液（如28mM的L-组 氨酸缓冲液）、碳酸氢钠、Tris-HCl或磷酸缓冲盐水（PBS)而以水相重组。重组的制剂通常 被分散到无菌容器中，例如小瓶、注射器或用于储存或给药的任何其他合适的形式。
[0163] 该组合物在使用前可以储存在容器（诸如无菌小瓶或注射器）中。
[0164] 医疗用途
[0165] 本发明提供了本发明的组合物用于人或动物体疗法的治疗中。具体地，本发明的 组合物被提供在治疗或预防HBV感染的方法中使用。本发明的组合物引发免疫应答，这在 HBV的预防中也可能是有用的。本发明的组合物优选地用作治疗性疫苗，以治疗感染HBV的 个体。本发明的组合物在治疗患有持续性慢性HBV感染的患者中是特别有用的，但也可用 于治疗免疫耐受患者或无活性的慢性携带者。
[0166] 本发明提供了一种治疗性疫苗，作为一种用于慢性HBV(CHB)的治疗的颠覆性技 术。本发明的组合物增强了抗病毒T细胞应答，导致HBV感染的自发免疫控制。这使得抗 病毒NUC治疗的停止，并且有可能还导致HBV感染的血清学治愈。HBsAg的下降被用作长期 改善临床结果的预测。HBsAg水平可以与HBV感染的肝细胞的数量关联，并且通过由各种细 胞因子控制的肝内cccDNA的转录活性来确定。使用本发明的组合物的治疗会导致HBsAg 消失或HBsAg血清转换。
[0167] 本发明的肽和组合物在治疗NUC治疗的CHB患者中是特别有用的。所述肽也代表 了发展中国家中可能无法负担长期NUC治疗的HBeAg阳性患者能够负担得起治疗。特别是 用本发明的肽组合物对NUC治疗的、HBV-DNA抑制的、HBeAg阴性患者的接种促进和加速了 HBsAg清除。也可治疗HBeAg阳性患者。本发明的组合物也可以用来治疗HBV的无活性携 带者（载体）。
[0168] 乙型肝炎病毒（HBV)感染是肝脏相关发病率和死亡率的主要原因。提供本发明的 组合物，用于肝功能衰竭、终末期肝病和肝细胞癌的治疗。
[0169]本发明的组合物在患有丁型肝炎（HDV)的患者接种中是有用的，HDV是病毒性肝 炎的最严重形式，对他们来说，没有批准的疗法可用，并且在HBsAg阳性个体中只作为共感 染而发生。
[0170]本发明还提供了本发明的药物组合物在制备用于治疗或预防HBV感染，特别是CHB，用于治疗或预防肝功能衰竭、终末期肝病或肝细胞癌，或用于治疗或预防HDV的药物 中的应用。
[0171] 类似地，本发明提供了一种在需要其的受试者中治疗或预防HBV感染的方法，所 述方法包括给予所述受试者预防或治疗量的本发明的组合物。
[0172] 本发明的组合物可以与第二治疗剂或预防剂结合给予。例如，该第二药剂可以包 含另外的免疫原（如球状抗原或者重组或天然存在的抗原），以进一步刺激免疫应答，例如 刺激对HBV的体液免疫应答，其中碳氟化合物连接的肽刺激细胞免疫应答。可以理解的是， 该第二药剂可以是B细胞抗原。合适的B细胞抗原包括HbsAg、HBcAg和HBeAg。
[0173] 在一个优选的实施方式中，所述第二药剂是在现有的HBV治疗性治疗中使用的已 知试剂。现有的HBV治疗剂可以是干扰素（如干扰素-a)或NUC(如恩替卡韦和替诺福 韦）。HBV治疗性治疗可以是阻断抑制性细胞类型的治疗。可用于这样的阻断治疗中的试 剂包括抗PD1阻断抗体、抗TOIL阻断抗体、抗LAG3阻断抗体、抗TM3阻断抗体、抗CTLA4 阻断抗体和环磷酰胺。
[0174] 在第二治疗剂或预防剂与本发明的组合物结合使用的情况下，给药可以是同时的 或按时间分开的。本发明的组合物可以在第二治疗剂之前给药，与其一起给药或在第二治 疗剂之后给药。
[0175] 本发明的组合物可以使用多种已知的途径和技术体内给予人或动物受试者。例 如，该组合物可以作为可注射溶液、悬浮液或乳液提供，并使用常规针头和注射器或使 用液体射流注射系统通过肠胃外、皮下、口服、表皮、皮内、肌内、宫内（interarterial)、 腹膜内、静脉内注射给予。该组合物可以局部给予皮肤或粘膜组织，例如经鼻、经气管 (intratrachealy)、肠内、舌下、直肠或阴道，或作为适合于呼吸道或肺给药的细分喷雾提 供。在一个优选的实施方式中，组合物被肌内给药。
[0176] 该组合物可以以与剂量组合物相容且将是预防和/或治疗有效的量给予受试者。 本发明的组合物的给药可以用于"预防性"或"治疗性"目的。如本文中所使用的，术语"治 疗性"或"治疗"包括下列中的任一种或多种：感染或再感染的预防；症状的减少或消除；以 及病原体的减少或完全消除。治疗可以被预防性（感染前）或治疗性（感染后）影响。
[0177] 载体的选择（如果需要的话）常常具有组合物的递送途径的功能。在本发明内， 组合物可被配制成用于任何合适的给药途径和方式。药学上可接受的载体或稀释剂包括适 于口服、眼部、直肠、鼻、局部（包括口腔和舌下）、阴道或肠胃外（包括皮下、肌内、静脉内、 皮内、经皮）给药的组合物中使用的那些载体或稀释剂。
[0178] 该组合物可以以任何合适的形式给药，例如作为液体、固体或气溶胶。例如，口服 制剂可采取乳剂、糖浆或溶液或片剂或胶囊的形式，胶囊可被肠溶衣以保护活性成分免于 在胃中的降解。鼻腔制剂可以为喷雾或溶液。经皮制剂可以适于其特定的递送系统并且可 以包括贴剂。用于注射的制剂可以是蒸馏水或另一种药学上可接受的溶剂或悬浮剂中的溶 液或悬浮液。
[0179] 待给予患者的预防性或治疗性疫苗的合适剂量将临床确定。但是，作为指导，合适 的人剂量（其可取决于给药的优选途径）可以是1至i〇〇〇yg，例如约i〇〇yg，2〇〇yg或 500yg。可能需要多个剂量，以达到免疫学或临床效果，如果需要，其将通常在2至12周之 间分开给药。当需要较长时期的免疫应答助推时，可以应用1个月到5年相隔的重复剂量。
[0180] 以下实施例描述了本发明。
[0181]实施例1:人PBMC中的HBV衍牛的短肽池的体外免痔原件的评估
[0182] 方法和材料
[0183] AM
[0184] 感染HBV的受试者
[0185] 临床上定义为慢性感染HBV的99个受试者被纳入了帝国医疗保健NHS信托 (ImperialHealthcareNHSTrust)、切尔西和威斯敏斯特医院NHS信托基金会以及巴兹和 在伦敦的伦敦NHS信托的REC-批准协议。在来自所有受试者的书面知情同意之后，采集新 鲜的静脉血，并对PBMC和血浆在采血18小时内进行分离和冻存。这些受试者符合以下标 准：良好的综合健康状况、HBV特异性治疗：临床指征的抗病毒核苷（酸）类似物抑制剂和/ 或干扰素治疗、临床状态（慢性HBV感染、HBeAg阴性、以及ALT正常、持续或间歇性升高）、 HIV阴性、HCV阴性和HDV阴性。
[0186] 健康对照受试者
[0187] 由CTL技术获得来自17个受试者的冻存PBMC。这些受试者符合以下标准：良好的 综合健康状况、未接种于HBV、HBV表面抗原阴性、HBV核心抗体阴性、HIV阴性和HCV阴性。
[0188]PBMC的短期培养
[0189] 来自每个受试者的一个小瓶的PBMC(含IX107个细胞）被解冻，并用Sc印ter? 自动手持细胞计数仪来确定淋巴细胞数量。在2mL的培养基（CM:补充有5%人AB血清的 RPMI-1640Glutamax)中在24孔细胞培养板中以1X106个细胞/mL的浓度培养PBMC共11 天。用含144个重叠的HBV衍生短肽（SEQIDN0s:73至210和SEQIDN0s:214至219) 的肽池以0. 1Ug/肽/mL的最终浓度来刺激细胞，所述衍生短肽的长度范围为15-20个氨 基酸，10至13个氨基酸重叠。在第4天，分别将IL-2和IL-15加入到培养基至最终浓度为 10IU/mL和10ng/mL。在第10天，将细胞在CM中洗涤两次，并用10IU/mL的IL-2额外培养 一天。在第11天，将细胞在CM中洗涤两次，计数，并且在人IFNyELISpot测定法或细胞内 细胞因子染色法中结合。
[0190]人 IFNYELISpot测定法
[0191] 96孔多屏PVDF过滤板（微孔过滤器（Millipore))用100yL(l:80)的抗人IFNy 捕获11^13〇?&0系统）在41：下包覆过夜。然后将板在41：下用补充有1%的854和5%的 蔗糖的PBS阻断2小时。细胞以5X104PBMC/孔被铺在三份孔（三个复孔）中。所使用 的最终抗原浓度为：22HBV衍生的短肽池（参见下文；注：不能制备池22,因为具有SEQID N0s:212和213的肽由于不溶性而不能分散），以及HIV-3 35-mer阴性肽对照：5yg/肽/ mL;PHA阳性对照：1yg/mL。在37°C下，在湿润的环境中在5%的C02下孵育ELISpot板18 小时。然后将板洗涤并用100U1 (1:80)的生物素化的抗人IFNy检测mAb(R&D系统）在 室温下孵育2小时。在洗涤之后，根据制造商的说明（R&D系统），用链霉抗共轭的碱性磷 酸酶（1:80)孵育所述板1小时，随后是底物（30分钟）。使用自动板计数系统（CTL欧洲） 计数显影斑点。
[0192] 表2:池1至23中肽的识别
[0193]
[0194]
[0195] 细朐内细朐闵子染色测宙法
[0196] 将细胞以5X105PBMC/孔铺在96孔圆底板中，用HBV衍生的肽池刺激，最终浓度为 5yg/肽/mL。将板在37°C下在5% 0)2的培养箱中孵育20小时。对于最终3小时的测定， 将PMA/离子霉素加入到各孔中，并将高尔基插头加入到所有孔中。收获细胞，并在4°C下用 PBS+0. 1%BSA(洗涤缓冲液）洗涤并用抗CD3、抗CD4和抗CD8(BDBiosciences公司）染色 30分钟。在再次洗绦之后，将细胞在4°C下用100yL的BDCytofix/Cytoperm溶液固定并 透化20分钟，接着用lxBDPerm/Wash溶液洗涤两次。最后，将细胞在4°C下用抗IL-2-FITC、 抗IFNy-PE和抗TNFaPerCP-Cy5?5(BDBiosciences)染色30分钟。在FACSCantoII流 式细胞仪（BDBiosciences)上获得样品。对于每个受试者，门控是基于媒介刺激的样本。
[0197] 感染HBV基闵塑检测
[0198] 直接核苷酸测序之前的巢式PCR方法最初是用于HBV基因型。然而，由于来自 大多数样品的血浆中的低病毒载量，不能使用这种方法来确定HBV基因型。随后采用 IMMUNIS?HBV基因型酶免疫测定（EIA)试剂盒。这种测定在HBsAg的PreS2区中使 用四种基因型依赖性表位，其中基因型是由对于每个表位都特异性的四个EIA的阳性/阴 性组合在血清学上确定的。
[0199] 结果
[0200] 识别HBV蛋白质组中的感兴趣区域的初始步骤是将来自未感染HBV的未接种疫苗 的健康受试者的PBMC的IFNyELISpot应答与来自慢性感染HBV、HBeAg阴性-在疾病和慢 性感染HBV的持续控制阶段的非活性载体受试者、接受治疗的感染HBeAg阴性受试者的应 答进行比较。在用代表约70%HBV蛋白质组的重叠短肽（由10-13个氨基酸的15-20mers 重叠）的库的短期培养之后，用代表分别在HBV聚合酶、核心、X和表面抗原内的特定感兴 趣区域的这些短肽的池再刺激PBMC过夜。然后利用人IFNyELISpot测定法评估对这些肽 池的IFNy应答。
[0201] 代表多个抗原区域的池被发现，以刺激对于慢性HBV受试者特异性的IFNy应答。 具体地，用代表HBV聚合酶的末端区域（池2和池3)和HBV核心的区域（池14-17)的刺 激导致了感染HBV的受试者中的IFNy应答的最大幅度和人群覆盖率（图1)。在较小程度 上，池4至9和池11至13也倾向于促进HBV特异性T细胞应答。
[0202] 为了建立感染HBV基因型关于对短肽池的HBV特异性应答的性质的作用，为每个 受试者确定感染HBV基因型。这通过血浆样品中的HBV表面抗原的表位评估来确定。随后 根据HBV基因型A、B、C和D，对来自免疫对照（控制）和治疗的感染HBV的受试者的PBMC 的IFNy应答分组。一些受试者由于测定的灵敏度限制和正在评估的可能的稀有血清而没 有被分类为这些基因型。因此这些受试者不包括在该评估中。表明在示出IFNy应答的最 大幅度的区域中的相似性的四个基因型之间的应答分布通常位于HBV蛋白质组的末端聚 合酶和核心区域中（图2)。池2、3、10、12、14、15、16和17示出为提供针对多种基因型的应 答。
[0203] 为了建立主体受试者关于对短肽池的HBV特异性应答的性质的遗传背景作用，该 研宄中的受试者根据他们的种族被分组。PBMC的IFNY对来自免疫对照（控制）和治疗 的感染HBV的受试者的PBMC的IFNY应答在三大族群（即，非洲/阿拉伯人，高加索人和 东方/印度人）中进行比较。通过IFNy应答的最大幅度、与之相关的高人群覆盖率再次 表明相似性的各族群之间的应答分布被发现是针对来自mv蛋白质组的末端聚合酶和核 心区域的池（图3)。白种人群示出与其他两个族群稍微不同之处在于：当与免疫对照下的 那些相比，对多个池的平均应答幅度在治疗的受试者组中被认为是最高的。池2、3、10、14、 15、16、17和21趋向于促进在多个族群中的应答。
[0204] 最后，为了通过PBMC进一步描述对短肽库的IFNY应答的类型，再刺激短期培养 细胞过夜，用于细胞内细胞因子染色。然后通过流式细胞仪评估细胞的CD3、CD4、CD8和 IFNy表达。在来自健康和慢性感染HBV的受试者的PBMC中，对短肽池2和14的IFNy应 答进行比较（图4)。它们是IFNyELISpot测定法中引发最强的HBV特异性应答的两个肽 池。与IFNyELISpot测定法一致，在来自慢性感染HBV的受试者的PBMC中特别发现了增 加的IFNy表达。此外，这被认为是双⑶4和⑶8T细胞应答。
[0205]实施例2 :人PBMC中HBV衍牛的Densigen相关的短肽池的体外免痔原件的评估
[0206] 方法和材料
[0207] 人群
[0208] 感染HBV的受试者
[0209]临床上定义为慢性HBV感染的104个受试者被纳入了在伦敦的帝国保健NHS信 托、切尔西和威斯敏斯特医院NHS信托基金会以及巴兹和伦敦NHS信托中的REC-批准的协 议。在来自所有受试者的书面知情同意后，采集新鲜的静脉血，并且对PBMC和血浆进行分 离并在采血的18小时内冻存。这些受试者符合以下标准：良好的一般健康状况，HBV特异性 治疗：在临床指征情况下抗病毒核苷（酸）类似物抑制剂和/或干扰素治疗，临床状态（慢 性HBV感染，HBeAg阴性，以及ALT正常、持续或间歇性升高），HIV阴性，HCV阴性和HDV阴 性。
[0210] 健康对照受试者
[0211] 由CTL技术获得来自17个受试者的冻存PBMC。这些受试者符合以下条件：良好 的一般健康状况，未接种HBV，HBV表面抗原阴性，HBV核心抗体阴性，HIV阴性和HCV阴性。
[0212] PBMC的短期培养
[0213] 将来自每个受试者的一小瓶的PBMC(含IX107个细胞）解冻，并用Sc印ter?手 持自动细胞计数器测定淋巴细胞数量。PBMC分别在2mL的培养基中（CM:补充有5%人AB 血清的RPMI-1640Glutamax)在24孔细胞培养板中以1X106个细胞/mL的浓度培养共11 天。细胞用含144重叠的HBV衍生短肽的肽池（SEQIDN0:73至210和SEQIDN0:142至 147)，范围为15-20个氨基酸长度且以10至13个氨基酸重叠，以0. 1yg/肽/mL的最终浓 度进行刺激。在第4天，分别将IL-2和IL-15加入到培养物至10IU/mL和10ng/mL的最终 浓度。在第10天，将细胞在CM中洗涤两次并用10IU/mL的IL-2培养额外的一天。在第11 天，将细胞在CM中洗涤两次，计数，并且加入到人IFNyELISpot测定或细胞内细胞因子染 色中。
[0214]人IFNYELISoot测宙
[0215] 96孔多屏PVDF过滤板（Millipore)在4°C下用100yL(l:80)的抗人IFNy捕获 mAb(R&D系统）包被过夜。然后将板在4°C下用补充有1%的BSA和5%的蔗糖的PBS阻断 2小时。细胞以5X104的PBMC/孔被铺板在三份孔中。使用的最终抗原浓度为：23HBV衍生 的Densigen相关的短肽池（见下文）：5yg/肽/mL;CEF肽池阳性对照yg/肽/mL;PHA 阳性对照：1Ug/mL。ELISpot板在37°C下、5%C02湿润的环境中孵育18小时。然后将板 洗涤并用100U1 (1:80)的生物素化的抗人IFNY检测mAb(R&D系统）在室温下孵育2小 时。洗涤后，根据制造商的说明（R&D系统），板用链霉亲和共轭的碱性磷酸酶（1:80)孵育 1小时，随后是底物（30分钟）。显影的（生长的）斑点使用自动板计数系统（CTLEurope) 计数。
[0216] 表3 :池24至46中的肽的识别
[0217]
[0218]
[0219]细朐内细朐闵子染色（ICS)测宙
[0220] 细胞以5X105PBMC/孔铺板在96孔圆底板中且用来自HBV衍生的肽池以5yg/肽 /mL的最终浓度进行刺激。将板在5%C02孵育箱中在37°C下孵育20小时。在该测定的最 终3小时，将PMA/离子霉素加入到各孔中且将高尔基插头加入到所有孔中。收获细胞并用 PBS+0. 1 %BSA(洗涤缓冲液）洗涤并且用抗CD3,抗CD4和抗CD8(BDBiosciences)在4°C 下染色30分钟。在另一次洗绦后，将细胞固定并用100yL的BDCytofix/Cytoperm溶液在 4°C下渗透20分钟，接着用1XBDPerm/Wash溶液洗涤两次。最后，将细胞用抗IL-2-FITC， 抗IFNy-PE和抗TNFaPerCP-Cy5. 5(BDBiosciences)在 4°C下染色 30 分钟。在FACSCanto II流式细胞仪（BDBiosciences)上获得样本。门控是基于用于每个受试者的媒介刺激样 本。
[0221] 感染HBV基闵塑的确宙
[0222] 在直接核苷酸排序之前的巢式PCR方法最初被用于HBV基因分型。然而，由于 来自大多数样本的血浆中的低病毒载量，HBV基因型不能使用这种方法来确定。随后使用 IMMUNIS?HBV基因型酶免疫测定（EIA)试剂盒。这种测定使用了在HBsAg的PreS2区 中的四种基因型依赖性表位，其中通过特定于所述表位中的每一个的四个EIA的阳性/阴 性组合而在血清学上确定基因型。
[0223] 结果
[0224] 在对HBV衍生的短肽池的应答进行筛选之后，对感兴趣的35-40mer区域进行识 另IJ。这些区域被进一步评估，以便在疫苗中使用35-40mer肽。进一步的评估涉及在短期培 养之后的先前用于再刺激的短肽池的重新设计。延伸超过感兴趣35-40mer区域的终端短 肽从池中去除，以便更准确地反映将在疫苗中使用的肽。在利用肽库进行短期培养之后，和 以前一样，这些短肽池随后被用于人IFNyELISpot和ICS测定中的再刺激。
[0225] 利用池24到46的再刺激表明对来自HBV蛋白质组的终端聚合酶（池25和池26) 和核心（池38和39以及池41至43)区域的区域的主导HBV特异性T细胞应答（图5)。 在利用表面区域池45刺激之后也发现HBV特异性应答。对应于池28,池32,池33,池36和 池37的聚合酶区域也给出了显著的T细胞应答。
[0226] 对池24到46的IFNyELISpot应答根据感染HBV基因型进行分组（图6)。池27， 28, 29, 32, 35, 36每一个给出了针对基因型C的占优势的应答。池25和26给出了针对基因 型D的占优势的应答。池30和31给出了针对基因型B的占优势的应答。池38,42,43和 44给出了针对基因型A的占优势的应答。一些池倾向于促进针对多于一个的基因型的应 答：对于池26, 32, 33, 36和43为两种基因型，对于池37, 38,41和42为三种基因型，或者对 于池25为甚至四种基因型。
[0227] 对池24到46的IFNyELISpot应答根据感染HBV基因型进行分组（图7)。池28， 29和30给出了东方/印度种族中占优势的应答。池25, 33, 34, 35和37给出了高加索人中 占优势的应答。池38, 39,41，42和43给出了非洲/阿拉伯种族中占优势的应答。一些池 倾向于促进在多于一个的族群中的应答：对于池26, 39和43中的每一个为两个族群或者对 于池25, 38和42中的每一个为三个族群。
[0228] 结果总结在下面的表4中。
[0229]
[0230] 表4 :来自针对在不同的HBV基因型（A，B，C和D)和不同种族（01 =东方/印度， C=高加索人，AA=非洲/阿拉伯人）的患者中HBV蛋白质组的选定区域的肽的占优势应 答的总结。在区域引发针对多种HBV基因型或多个种族的免疫应答的情况下，占优势的应 答是用粗体表示。
[0231] 八个池被选择用于通过细胞内细胞因子染色来进一步分析T细胞应答。7至14 个受试者之间的PBMC(取决于在IFNyELISpot测定之后可用的细胞数）利用八个池中的 一个刺激过夜并且细胞被染色用于表面⑶3,CD4和⑶8表达，连同细胞内IFNy，TNFa和 IL-2表达（图8)。在⑶8和⑶4T细胞群中均发现IFNY表达，具有对评估的所述肽池的 5/8和8/8的应答的相应广度。类似地，在⑶8和⑶4T细胞群中均发现TNFa表达，分别 具有3/8和6/8的肽池应答的广度。CD8T细胞在肽池刺激之后被发现没有表达IL-2,但 ⑶4T细胞在利用8个池中的7个刺激后表达IL-2。
[0232]实施例3:碳氟化合物连接的HBV肽的组成
[0233] 通过FM0C(芴基甲氧基碳酰氯）固相合成来合成具有在SEQIDNOs:24,25,28， 33, 34, 36, 37和38和222中所示的氨基酸序列的肽。然后，碳氟化合物链（C8F17 (CH2) 2C00H) 被引入到每个肽的附加N-末端赖氨酸的e链上以导出碳氟化合物连接的肽。纯化的碳氟 化合物连接的肽或未经修饰的肽通过在三氟乙酸（TFA)的存在下切割并经由反相高效液 相色谱（RP-HPLC)的最终纯化得到。所有制剂具有90%或更高的纯度。
[0234] FA-P113 ：K(FA)-VGPLTVNEKRRLKLIMPARFYPNVTKYLPLDKGIK-NH2(SEQ ID NO ：24)；
[0235] FA-P151 ：K(FA)-PEHVVNHYFQTRHYLHTLWKAGILYKRETTRSASF-NH2(SEQ ID NO ：25)；
[0236] FA-P376 ：K (FA)-KLHLYSHPIILGFRKIPMGVGLSPFLLAQFTSAISSVVRR-NH2 (SEQ ID NO ： 28)；
[0237] FA-753 (K) ：K (FA)-KKKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYRKKK-NH2 (SEQ ID NO： 36) ；
[0238] FA-P856(K) ：K(FA)-LTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTKKK-NH2(SEQ ID NO： 38)；
[0239] FA-P877 ：K (FA)-PPAYRPPNAPILSTLPETTVVRRRGRSPRRR-NH2 (SEQ ID NO ：33)；
[0240] FA-P277(K) ：K(FA)-RVSWPKFAVPNLQSLTNLLSSNLSWLSLDVSAAFYHKKK-NH2 (SEQ ID NO :34)，
[0241] FA-P797(K) ：K(FA)-SPHHTALRQAILSWGELMTLATWVGSNLEDPASRDKKK-NH2(SEQ ID NO： 37) ；
[0242] FA-P1266(K) ：K(FA)-KKKGPLLVLQAGFFLLTRILTIPQSLDSff WTSLNFLKKK-NH2 (SEQ ID NO ：222)
[0243] NP113 ：VGPLTVNEKRRLKLIMPARFYPNVTKYLPLDKGIK(SEQ ID NO ：24)；
[0244] NP151：PEHVVNHYFQTRHYLHTLWKAGILYKRETTRSASF(SEQ ID NO ：25)；
[0245] NP376 ：KLHLYSHPIILGFRKIPMGVGLSPFLLAQFTSAISSVVRR(SEQ ID NO ：28)；
[0246] NP753(K) ：KKKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYRKKK(SEQ ID NO ：36)；
[0247] NP856(K) ：LTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTKKK(SEQ ID NO ：38)；
[0248] NP877 ：PPAYRPPNAPILSTLPETTVVRRRGRSPRRR(SEQ ID NO ：33)；
[0249] NP277(K) ：RVSWPKFAVPNLQSLTNLLSSNLSWLSLDVSAAFYHKKK(SEQ ID NO ：34),
[0250] NP797(K) ：SPHHTALRQAILSWGELMTLATWVGSNLEDPASRDKKK(SEQ ID NO ：37)；
[0251] NP1266(K) ：KKKGPLLVLQAGFFLLTRILTIPQSLDSWWTSLNFLKKK(SEQ ID N0：222).
[0252]实施例4 :长HBV肽制剂
[0253] 如下所述，配制疫苗候选物，FP02. 1，其由如实施例3中所述制备的九种碳氟化合 物共轭的HBV衍生肽构成。用于肽溶解的条件描述在表5中。简要地说，九种碳氟化合物共 轭的肽中的每一种在5ml的玻璃小瓶中称量。然后，每一种肽用2至12%的在水溶液中的 乙酸溶解，以达到l〇mg的肽浓度。肽溶液（对于每种肽为3. 9mL)在150mL的无菌容器中混 合，之后加入3. 9mL的在水中的10 %乙酸溶液。在用磁力搅拌器搅拌2分钟后，加入39mL 的在水溶液中的9. 0%甘露醇。在用磁力搅拌器搅拌另外的2分钟后，将溶液用0. 22ym的 33mm的Millex过滤器进行过滤。1. 2mL的过滤溶液被分送到高压灭菌的2mL玻璃小瓶中。 通过RP-HPLC测量的过滤回收率>95%。将小瓶在-80°C下冷冻1小时。然后将样本冷冻 干燥36小时。在氮气氛下进行冷冻干燥通风并且在400到600毫巴之间的压力下进行小 瓶加塞。肽的量为每小瓶600yg/肽；在用1. 2mL复原之后，最终浓度为500yg/肽/ml。
[0254]
[0256] 表5 :用于制备FP02. 1的溶解条件
[0257]实施例5 :优诜的HBV肽和混合物在慢性HBV携带者中是免疫原性的，而与病情阶 段、HBV病毒的基因型和受试者的种族无关。
[0258] 方法和材料
[0259]人群
[0260]临床上定义为慢性HBV感染的40个受试者被纳入了在伦敦的帝国保健NHS信托， 切尔西和威斯敏斯特医院NHS信托基金会以及巴兹和伦敦NHS信托中的REC-批准的协议。 在来自所有受试者的书面知情同意后，新鲜的静脉血被采集并且PBMC和血浆被分离并且 在采血的18小时内被冻存。这些受试者符合以下标准：良好的一般健康状况，HBV特异性 治疗：在临床指征情况下抗病毒核苷（酸）类似物抑制剂和/或干扰素治疗，临床状态（慢 性HBV感染，HBeAg阴性，以及ALT正常、持续或间歇性升高），HIV阴性，HCV阴性和HDV阴 性。
[0261]PBMC的短期培养
[0262] 来自每个受试者的一个小瓶的PBMC(含IX107个细胞）被解冻，并用Sc印ter?手 持自动细胞计数器测定淋巴细胞数量。PBMC在2mL的培养基（CM:补充有5%人AB血清的 RPMI-1640Glutamax)中在24孔细胞培养板中以1X106个细胞/mL的浓度培养共11天。 细胞用实施例3中所描述的九种HBV衍生的长肽的混合物刺激。
[0263] 以0. 1yg/肽/mL的最终浓度使用每一种肽。在第4天，分别将IL-2和IL-15加 入到培养物中至10IU/mL和10ng/mL的最终浓度。在第10天，将细胞在CM中洗涤两次并 用10IU/mL的IL-2培养额外的一天。在第11天，将细胞在CM中洗涤两次，计数，并且加入 到人IFNy(干扰素y)ELISpot测定或细胞内细胞因子染色中。
[0264]人IFNyELISoot测宙
[0265] 96孔多屏PVDF过滤板（Millipore)在4°C下用100yL(l:80)的抗人IFNy捕获 mAb(R&D系统）包被过夜。然后将板在4°C用补充有1%的BSA和5%的蔗糖的PBS阻断 2小时。来自短期培养的细胞以5X104PBMC/孔被铺板在三份孔中。使用的最终抗原浓度 为：对于每一单独的肽为5yg/mL;PHA阳性对照：1yg/mL。ELISpot板在37°C、5% 0)2湿 润的环境中孵育18小时。然后将板洗涤并用100y1(1:80)的生物素化的抗人IFNy检测 mAb(R&D系统）在室温选孵育2小时。洗涤后，根据制造商的说明（R&D系统），板用链霉亲 和共轭的碱性磷酸酶（1:80)孵育1小时，随后是底物（30分钟）。显影斑点使用自动板计 数系统（CTLEurope)计数。
[0266] 细朐内细朐闵子染色（ICS)测宙
[0267] 来自短期培养的细胞以5X105PBMC/孔铺板在96孔圆底板中且由9种HBV衍生的 长肽（NP113，NP151，NP277(K)，NP376，NP753(K)，NP797(K)，NP856(K)，NP877 和NP1266(K)) 以5yg/mL的最终浓度进行刺激。将板在5%C02孵育箱中在37°C下孵育20小时。在该测 定的最终3小时，将PMA/离子霉素加入到各孔中且将高尔基插头加入到所有孔中。收获细 胞并用PBS+0. 1 %BSA(洗涤缓冲液）洗涤以及用抗CD3,抗CD4和抗CD8(BDBiosciences) 在4°C下染色30分钟。在另一次洗绦后，将细胞固定并用100yL的BDCytofix/Cytoperm 溶液在4°C下渗透20分钟，接着用1XBDPerm/Wash溶液洗涤两次。最后，将细胞用抗 IL-2-FITC，抗IFNy-PE和抗TNFaPerCP-Cy5. 5(BDBiosciences)在 4°C下染色 30 分钟。 在FACSCantoII流式细胞仪（BDBiosciences)上获得样本。门控是基于用于每个受试者 的媒介刺激样本。
[0268] 感染HBV基闵塑的确宙
[0269] 在直接核苷酸排序之前的巢式PCR方法最初被用于HBV基因分型。然而，由于在 来自大多数样本的血浆中的低病毒载量，HBV基因型不能使用这种方法来确定。随后使用 IMMUNISEHBV基因型酶免疫测定（EIA)试剂盒。这种测定使用了在HBsAg的PreS2区 中的四种基因型依赖性表位，其中通过特异于所述表位中的每一个的四个EIA的阳性/阴 性组合来血清学上确定基因型。
[0270] 结果
[0271] 所有肽促进了HBV携带者（HBeAg阴性无活动携带者或HBeAg阴性治疗受试者） 中的可检测的T细胞应答（参见图9和图10)。在测试的不同肽中，NP113, NP151，NP376， NP753(K)，NP797(K)，NP856(K)和NP877促进两种患者群体和最高比例受试者中应答的最 高水平。令人惊讶的是，与测试的两种肽的任何其它组合相比，对NP113和NP151的累积 应答在两个群体中更高。此外，与测试的三种肽的任何其他组合相比，对NP113, NP151和 NP376的累积应答在两个群体中诱导了最高水平的应答。如图11中所示，所有测试的肽促 进了所有四个HBV基因型的交叉反应性T细胞应答。与肽NP2777(K)和NP1226(K)相比， 肽NP113，NP151，NP376，NP753 (K)，NP797 (K)，NP856 (K)和NP877促进了所有四个基因型A， B，C和D的最高应答。令人惊讶地，与所有其他肽相比，P113促进了所有四个基因型的最高 T细胞应答。
[0272] 图12示出了所有的肽促进了测试的所有种族的T细胞应答。 与NP277(K)和 NP1266(K)相比，肽NP113,NP151，NP376,NP753(K)，NP797(K)，NP856(K)和NP877 促进了 所有三个种族的最高应答。
[0273] 此外，所有九种肽示出了如通过所有HBV基因型的细胞内细胞因子染色测得的促 进Thl型细胞因子产生CD4和/或CD8T细胞应答的能力（图13)。
[0274]实施例6 :与未共轭的肽相比，碳氟化合物共轭的肽的优势在于其促讲体内T细朐 应答的能力
[0275] 方法和材料
[0276] 将在FP02. 1 (含9种碳氟化合物共轭的肽）的小鼠中的免疫原性与NP02. 1 (含9 种等价的未共轭肽）进行比较。雌性BALB/c小鼠（n= 7只/组）利用FP02. 1在50yL的 体积中每种肽50yg的剂量或利用NP02. 1 (含有未共轭的HBV肽（NP113，NP151，NP277 (K)， NP376,NP753 (K)，NP797 (K)，NP856 (K)，NP877 和NP1266 (K))在 50yL的体积中每种肽 43. 8yg(与FP02. 1相比）等摩尔的剂量进行肌内免疫。小鼠在第0天进行免疫并且在第 14天被处死。在ELISpot测定中，脾细胞利用实施例3中所述的九种HBV肽中的每一种的 混合物以5yg/mL/肽体外刺激18小时。
[0277] 可替代地，在ELISpot测定中，脾细胞利用九种单独的肽以5yg/mL/肽体外刺激 18小时。IFNY+斑点形成细胞（SFC)的数量被计数。平板然后用PBS洗涤，用IFNy检测 过氧化物酶标记的抗体孵育，接着是底物（根据制造商的说明）。显影的斑点使用自动板计 数系统（CTLEurope)来计数以量化IFNy+SFC的数量。
[0278] 结果
[0279] 在利用碳氟化合物共轭的肽（FP02. 1)的混合物进行免疫的小鼠中观察到比未 共轭的肽（NP02. 1)的相当的混合物显著更高幅度的T细胞应答（参见图14)。在同基因 BALC/C模型中由于MHC限制，免疫应答由包含在疫苗中的所述九种肽中的四种（肽NP113， NP151，NP376 和NP1266(K);参见图 15)主导。
[0280] 由FP02. 1诱导的应答通过肽NP113,NP151，NP376和NP1266(K)主导。令人惊奇 的是，针对肽P113和P376的免疫应答仅利用含有碳氟化合物共轭的肽的制剂观察到（参 见图15)。
[0281] 总之，与相当的未共轭的肽相比，碳氟化合物载体与HBV衍生的肽序列的共轭促 进更高和更广泛的T细胞应答。
[0282] 实施例7 :碳氟化合物共轭的肽促讲CTL/CD8+T细朐应答
[0283] 方法和材料
[0284] 由FP02. 1(含九种碳氟化合物共轭的肽）诱导的免疫应答的质量在小鼠中进行评 估。雌性BALB/c小鼠（n= 7只/组）利用FP02. 1在50微升的体积中每种肽25yg的剂 量被肌内免疫。小鼠在第〇天被免疫并且第14天被处死。
[0285] 在ELISpot测定中，脾细胞利用从肽NP113(CTL1KYLPLDKGI)衍生的CTL表位或 从NP151 (CTL2HYFQTRHYL)衍生的CTL表位以101至KTVg/ml的浓度范围体外刺激18小 时。对IFNy+SFC的数量进行计数。然后用PBS洗涤平板，用IFNy检测过氧化物酶标记 的抗体孵育，然后是底物（根据制造商的说明）。所显影的斑点使用自动板计数系统（CTL Europe)来计数以量化IFNy+SFC的数量。
[0286] 结果
[0287] 如图16中所示，FP02. 1促进单次免疫后对由MHCI类分子限制的CTL表位的T细 胞应答。
[0288] 实施例8 :包含在同一制剂中的碳氟化合物-肽之间的协同作用
[0289] 方法和材料
[0290] 在小鼠中评估在小鼠中单独给予的或作为与其它碳氟化合物-共轭的肽 (FP02. 1)的共制剂的一部分给予的FA-P113的免疫原性。利用在50微升的体积中25yg/ 肽剂量的FA-P113或25yg/肽剂量的FP02. 1对雌性BALB/c小鼠（n= 7只/组）进行 肌内免疫。小鼠在第〇天被免疫并且在第14天被处死。在ELISpot测定中，脾细胞利用 NP113 (未共轭到碳氟化合物载体）以5yg/mL体外刺激18小时。对IFNy+SFC的数量进行 计数。然后用PBS洗涤平板，用IFNy检测过氧化物酶标记的抗体孵育，接着是底物（根据 制造商的说明）。显影的斑点使用自动板计数系统（CTLEurope)来计数以量化IFNy+SFC 的数量。
[0291] 结果
[0292] 在利用碳氟化合物共轭的肽（FP02. 1)的混合物免疫的小鼠中观察到比单独的 FA-P113更高幅度的NP-113特异性T细胞应答（参见图17)。
[0293]实施例9:优诜的HBV肽和组合含有具有结合至广祅范闱的HLAI类分子的能力 的表位
[0294] 方法和材料
[0295]ProlmmuneREVEAL结合测定被用于确定九种氨基酸的短肽的能力（衍生自HBV 长肽NP113,NP151,NP277 (K)，NP376,NP753 (K)，NP797 (K)，NP856 (K)，NP877 和NP1266 (K))， 以结合一种或多种MHCI类等位基因并稳定MHC-肽复合物。检测是基于MHC肽复合物的 天然构象的存在或不存在。高度频繁的HLA-I类等位基因（HLA-A*0201，A*0301，A*1101， A*2402，B*0702，B*0801和B*3501)被选定。结合到MHC分子与已知的T细胞表位，阳性对 照肽进行比较，其具有非常强的结合性质。对于每种HBV肽的所有潜在九聚物（NP113,NP15 1，NP277 (K)，NP376,NP753 (K)，NP797 (K)，NP856 (K)，NP877 和NP1266 (K))，除了那些含有不 存在于共有HBV序列中的额外赖氨酸，以纯度>90%来合成。试验肽的得分被定量报告为由 阳性对照肽产生的信号的百分比，并且该肽被指示为具有推定的合格或不合格结果。良好 的结合剂被认为是如Prolmmune定义的具有阳性对照的45%分数的那些肽。
[0296] 结果
[0297] 表6中所示的结果表示衍生自对于每种HLA等位基因具有结合得分> =45%的每 种HBV长肽（NP113,NP151，NP277,NP376,NP753,NP797,NP856,NP877 和NP1266)的九聚 体的数目。所有长的HBV肽含有具有结合至少4种等位基因的能力的至少六种表位。六种 长肽的任何组合包含具有结合测试的所有等位基因的能力的九聚物表位。
[0298]
[0300] 表6:衍生自对于每个HLAI类等位基因具有结合得分> =45 %的每种HBV长肽 (NP113,NP151,NP277 (K)，NP376,NP753 (K)，NP797 (K)，NP856 (K)，NP877 和NP1266 (K))的九 聚物的数目。（a)表示对于每种长肽被检测到的结合表位总数，（b)表示对于每种长肽其阳 性结合被检测到的等位基因数
[0301]实施例10 :优诜的HBV肽和组合含有具有结合广祅范闱的HLA类II分子的能力 的表位
[0302]方'法
[0303]ProImmuneREVEAL?MHC-肽结合测定被用来确定每种HBV长肽（NP113,N P151,NP277 (K)，NP376,NP753 (K)，NP797 (K)，NP856 (K)，NP877 和NP1266 (K))结合一种或 多种MHCII类等位基因和稳定MHC-肽复合物的能力。高度频繁的HLAII类等位基因 HLA-DR1(a1*01:01 1*01:01)，HLA_DR15(a1*01:01 1*15:01)，HLA_DR3(a1*01:01 ; 0 1*01:01)，HLA_DR4(a1*01:01 1*04:01)，HLA_DRll(a1*01:01 1*11:01)， HLA_DR13(a1*01:01 ; 0 1*13:01)和HLA_DR7(a1*01:01 ; 0 1*07:01)被选中。每种肽给 出相对于阳性对照肽的分数，其是已知的T细胞表位。试验肽的得分被定量报告为由阳性 对照肽产生的信号的百分比，并且该肽被指示为具有推定的合格或不合格结果。良好的结 合剂被认为是如Prolmmune定义的具有阳性对照的> =15%分数的那些肽。
[0304] 结果
[0305] 表7中所示的结果表示在HLAII类等位基因整个范围中每种HBV长肽（NP113,N P151,NP277 (K)，NP376,NP753 (K)，NP797 (K)，NP856 (K)，NP877 和NP1266 (K))的结合得分。 所述九种HBV肽中的六种以> =15%的得分结合至少一种HLA等位基因。NP113，NP151和 NP376结合到多于3种的不同的HLAII类等位基因。出人意料的是，P113结合至总共6种 等位基因。肽NP113和NP877的组合结合至测试的所有HLAII类等位基因。
[0306]
[0307] 表7 :HBV肽与一定范围的HLAII类分子的结合。阳性结合被定义为得分> = 15%，（a)表示对于每种长肽其阳性结合被检测到的等位基因的数量。
【主权项】
1. 一种药物组合物，包含长度为15至60个氨基酸的至少两种肽，所述至少两种肽选 自包含SEQIDNOs:1到4中所示的序列之一或与SEQIDNOs:1到4中所示的序列之一具 有至少80%同一性的序列的至少15个连续氨基酸的序列的肽，其中，每种肽包含至少一个 CD8+T细胞表位和/或至少一个CD4+T细胞表位，并且其中，每种肽在体外测定中在来自至 少一个慢性感染HBV个体的外周血单核细胞（PBMC)中引发应答。2. 根据权利要求1所述的组合物，其中，所述肽选自包含SEQIDNOs:1到4中所示的 序列之一的至少15个连续氨基酸的肽。3. 根据权利要求1或2所述的组合物，所述组合物包含至少一种包含SEQIDNOs:1 到3中所示的序列之一的至少15个氨基酸的肽以及至少一种包含SEQIDNO:4中所示的 序列的至少15个氨基酸的肽。4. 根据权利要求1至3中任一项所述的组合物，其中，所述肽中的至少一种包含SEQ IDNOs:24至33之一中所示的序列，或与SEQIDNOs:24至33中所示的序列之一具有至少 80 %同一性的序列。5. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中，至少一种肽还包括位于N-末端和 /或C-末端的一个或多个额外的氨基酸，以增加净正电荷和/或减少肽的疏水性。6. 根据权利要求5所述的组合物，所述组合物包含含有SEQIDNOs:34至38之一中 所示的序列的肽。7. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中，所述组合物能够在来自不同种族 的至少两个个体和来自感染不同HBV基因型的两个个体的PBMC中引发免疫应答。8. 根据权利要求7所述的组合物，其中，所述组合物能够在来自感染HBV基因型A的个 体、感染HBV基因型B的个体、感染HBV基因型C的个体和感染HBV基因型D的个体中的两 个、三个或所有的PBMC中引发免疫应答。9. 根据权利要求8所述的组合物，所述组合物包含选自以下组中的至少两个的至少一 种肽： (i) 包含SEQIDNO:14、15、20、21、67、22或23的至少15个连续氨基酸的肽； (ii) 包含SEQIDNO: 14、17、18、21或67的至少15个连续氨基酸的肽； (1^)包含3￡〇10勵：14、16、60、19、20或22的至少15个连续氨基酸的肽；以及 (iv)包含SEQIDNO:14、20、21、67、22或23的至少15个连续氨基酸的肽。10. 根据权利要求7至9中任一项所述的组合物，其中，所述组合物能够在来自感染 HBV的东方或印度个体、感染HBV的高加索人个体和感染HBV的非洲或阿拉伯个体的两个、 三个或所有的PBMC中引发免疫应答。11. 根据权利要求10所述的组合物，所述组合物包含选自以下组的至少两个中的至少 一种肽： (i)包含SEQIDNO:14、16、60、17、18、20、21、67或22的至少15个连续氨基酸的肽； (^)包含3￡〇10勵：14、15、19、20、22或23的至少15个连续氨基酸的肽；以及 (iii) 包含SEQIDNO:14、15、20、21、67、22或23的至少15个连续氨基酸的肽。12. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，包含长度为15至60个氨基酸的一种 或多种肽，所述一种或多种肽包含SEQIDNO:1中所示的序列的至少15个连续氨基酸的片 段。13. 根据权利要求12所述的组合物，包含含有SEQIDNO:5、6、14或15中所示序列的 至少15个连续氨基酸的肽。14. 根据权利要求12或13所述的组合物，包含含有SEQIDN0s:80、81、82、83、86、87、 88或89之一中所示序列的肽。15. 根据权利要求12至14中任一项所述的组合物，包含含有SEQIDNO:24或25中所 示序列的肽。16. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，所述组合物包含2至10种所述肽。17. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，所述组合物包含含有SEQIDNOs:24、 25、27、28、33、34、35、36、37和38中所示的序列的10种肽中的至少两种。18. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，所述组合物还包含长度为15至60个氨 基酸的至少一种肽，所述至少一种肽包含SEQIDNO:55中所示序列的至少15个连续氨基 酸的序列或与SEQIDNO:55中所示序列的至少15个连续氨基酸具有至少80%同一性的 序列，其中，所述肽包含至少一个⑶8+T细胞表位和/或至少一个⑶4+T细胞表位，并且在 体外测定中在来自至少一个慢性感染HBV个体的外周血单核细胞（PBMC)中引发应答。19. 根据权利要求18所述的组合物，其中，所述肽包含SEQIDNO:221或SEQIDNO: 222中所示的序列。20. 根据权利要求19所述的组合物，其中，所述组合物包含含有SEQIDNOs:24、25、 28、33、34、36、37、38和222中所示的序列的肽。21. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中，所述肽连接至碳氟化合物载体。22. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中，所述组合物还包含HBc、HBe、或 JIBs抗原。23. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中，所述组合物还包含佐剂。24. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，用于治疗或预防HBV感染。25. 根据权利要求21所述的组合物，用于治疗HBeAg阴性患者。26. 根据权利要求21所述的组合物，用于治疗HBeAg阳性患者。27. 根据权利要求21至23中任一项所述的组合物，与下列结合供根据权利要求20至 22中任一项使用：（i)a-干扰素和/或核苷/核苷酸类似物（NUC);和/或（ii)抗PDl阻 断抗体、抗F1DlL阻断抗体、抗LAG3阻断抗体、抗TIM3阻断抗体、抗CTLA4阻断抗体和/或 环磷酰胺。28. 根据权利要求21至24中任一项所述的组合物，其中，所述治疗导致HBsAg消失或 HBsAg血清转换。29. 根据权利要求1至20中任一项所述的组合物，用于治疗或预防终末期肝病或肝癌。30. 根据权利要求1至20中任一项所述的组合物，用于治疗或预防丁型肝炎病毒 (HDV)感染。31. -种长度为15到60个氨基酸的肽，包含SEDIDNOs:1到4的任一个中所示的序 列或与SEQIDNOs:1到4中所示的序列之一具有至少80%同一性的序列的至少15个连 续氨基酸，所述肽包含至少一个⑶8+T细胞表位和/或至少一个⑶4+T细胞表位，并且能够 在体外测定中在来自至少一个慢性感染HBV个体的外周血单核细胞（PBMC)中引发应答。32. 根据权利要求28所述的肽，所述肽包含SEDIDNO:5、6、14或15中所示序列的至 少15个连续氨基酸。33. -种肽，包含SEQIDNOs:24至38中所示的序列之一，或与SEQIDNOs:24至38 中所示的序列之一具有至少80%同一性的序列。34. 根据权利要求28至30中任一项所述的肽，所述肽共价连接至碳氟化合物载体。35. -种治疗或预防HBV感染的方法，所述方法包括给予需要其的受试者治疗有效量 的根据权利要求1至20中任一项所述的组合物。36. 根据权利要求1至20中任一项所述的组合物在制备用于治疗或预防HBV的药物中 的应用。
【专利摘要】一种药物组合物，包含长度为15至60个氨基酸的至少两种肽，所述至少两种肽选自包含SEQ ID NOs：1到4中所示的序列之一或与SEQ ID NOs：1到4中所示的序列之一具有至少80％同一性的序列的至少15个连续氨基酸的序列的肽，其中，每种肽包含至少一个CD8+T细胞表位和/或至少一个CD4+T细胞表位，并且其中，每种肽在体外测定中在来自至少一个慢性感染HBV个体的外周血单核细胞(PBMC)中引发应答。
【IPC分类】A61K39/29, C07K14/02, C12N7/00, A61K39/12, A61P35/00
【公开号】CN104903343
【申请号】CN201380067602
【发明人】伯特兰·维克托·吉尔伯特·乔治斯, 卡尔顿·布兰得利·布朗
【申请人】瓦克辛英国有限公司
【公开日】2015年9月9日
【申请日】2013年12月20日
【公告号】CA2895459A1, EP2935313A1, WO2014102540A1
【技术领域】
[0001] 本发明涉及免疫原性HBV肽组合物以及使用该组合物来治疗HBV。
【背景技术】
[0002] 乙型肝炎病毒（HBV)感染是欧洲和全世界的肝脏相关的发病率和死亡率的一个 主因。估计每年有650000个个体死于肝功能衰竭或肝细胞癌。尽管疫苗接种计划已经在 许多国家使得HBV感染开始减少，但是由于来自流行地区的HBV携带者的移民，慢性乙型肝 炎（CHB)在欧洲是一个迅速增长的问题。
[0003] 从概念的观点来看，慢性HBV感染可分为三个阶段（或免疫应答类型）：免疫耐 受、免疫活性和非活性慢性携带者。这些不同的慢性感染的阶段对应于特性血清学图案并 且与患者对HBV的免疫应答相关。通常，患有持续免疫活性慢性HBV感染的患者接受HBV 治疗。
[0004] 有限的治疗方案可用于慢性乙型肝炎（CHB)。利用抗病毒药物（诸如，a-干扰素 和核苷/核苷酸类似物（NUC))来抑制病毒复制是降低慢性HBV感染的发病率和死亡率的 唯一途径，其终极目标是改善生存。然而，血清HBsAg的损失和抗HBs抗体的发展（血清转 化）是对HBV感染的成功免疫应答的标志和临床治愈的最接近结果。仅a-干扰素已经能 够诱导显著的HBsAg损失，但只对于相对较低比例（〈10%)的患者是这样的。干扰素具有 高成本、低耐受性，并且一些HBV基因型仍然很差地应答治疗。
[0005] 因此，NUC仍然是主要的治疗策略，其中在欧洲五个NUC被批准治疗CHB。最有效 的和优选的药物（替诺福韦和恩替卡韦）具有非常有利的副作用分布并且能够在几乎所有 的患者中诱导HBVDNA抑制。然而，在大多数国家和国际准则下，对于大多数患者需要终生 治疗。即使在NUC治疗的几年之后，只有极少数的HBeAg阳性患者，并且没有HBeAg阴性患 者，能够清除HBsAg。NUC治疗的长期安全性目前是未知的。因此，迫切需要能够及时停止 NUC疗法的概念。
[0006] 治疗性疫苗接种是对于乙肝的一种有前途的干预，以此来诱导对于疾病的免疫控 制。T细胞应答已被证明对于急性HBV感染的清除是至关重要的。然而，即使是在有效的抗 病毒治疗下，基于HBsAg的治疗性HBV疫苗尚未能示出出益处，这是因为来自高水平的循环 HBsAg的被诱导的免疫耐受性。
【发明内容】
[0007] 本发明人已经识别出HBV蛋白质组的一些区域，这些区域在不同的HBV基因型之 间具有高度保守性，并且与HBV蛋白的其它类似保守区域相比，具有预料不到的更好的免 疫原性性质。特别地，发明人使用体外测定出乎意料地表明，HBV聚合酶和HBV核心蛋白的 特定结构域内的肽序列能够在来自感染了不同HBV基因型的慢性感染HBV的患者和/或来 自不同种族的慢性感染HBV患者的PBMC中引发应答。特别地，本发明人已经令人惊讶地识 别了HBV聚合酶的末端结构域中的免疫显性区。
[0008] 因此，本发明提供了一种包含长度为15至60个氨基酸的至少两种肽的药物组合 物，所述肽选自包括SEQIDNOs. 1-4中所示的序列之一或与SEQIDNOs. 1-4中所示的序列 之一具有至少80%同一性的序列的至少15个连续氨基酸的序列的肽（或者所述肽选自包 括SEQIDNOs. 1-4中所示的序列之一的至少15个连续氨基酸的序列或与SEQIDNOs. 1-4 中所示的序列之一具有至少80%同一性的序列的肽），其中，每个肽包含至少一个⑶8+T细 胞表位和/或至少一个CD4+T细胞表位，并且其中，每个肽在体外测定中在来自至少一种慢 性感染HBV个体的外周血单核细胞（PBMC)中引发应答。
[0009] 所述组合物可以包括包含SEQIDNOs. 1-3中所示的序列之一的至少15个氨基酸 的至少一个肽以及包含在SEQIDN0 :4中所示序列的至少15个氨基酸的至少一个肽。
[0010] 所述肽中的至少一个可以包括SEQIDNOs. 24-33之一中所示的序列，或与SEQID NOs. 24-33中所示序列之一具有至少80%同一性的序列。所述肽中的一个或多个可以包括 位于N-末端和/或C-末端的一个或多个氨基酸以增加净正电荷和/或减少肽的疏水性。 因此，该组合物可以包括包含SEQIDNOs:34至38之一中所示的序列的肽。
[0011] 该组合物可以进一步包含衍生自表面蛋白的至少一个肽。衍生自HBV表面蛋 白的肽的长度可以是15至60个氨基酸，并且包括SEQIDN0 :55中所示的序列的至少15个 连续氨基酸的序列或与SEQIDN0 :55中所示序列的至少15个连续氨基酸具有至少80%同 一性的序列，其中，所述肽包含至少一个⑶8+T细胞表位和/或至少一个⑶4+T细胞表位， 并且在体外测定中在来自至少一个慢性感染HBV的个体的外周血单核细胞（PBMC)中引起 应答。
[0012] 组合物，其中所述组合物能够在来自不同种族的至少两个个体以及来自感染有不 同HBV基因型的两个个体的PBMC中引发免疫应答。
[0013] 该组合物能够在以下中引发免疫应答：(a)在来自感染HBV基因型A的个体、感染 HBV基因型B的个体、感染HBV基因型C的个体、和感染HBV基因型D的个体中的两个、三 个或全部的PBMC中；和/或在来自感染HBV的东方或印度个体、感染HBV的高加索人（白 人）个体、和感染HBV的非洲或阿拉伯个体中的两个、三个或全部的PBMC中。
[0014] 在本发明的组合物中的肽可以连接至碳氟化合物载体。该组合物可以进一步包括 HBc、HBe或HBs抗原和/或佐剂。
[0015] 本发明提供了本发明的用于HBV感染的治疗或预防的组合物，特别是用于HBeAg 阴性患者或HBeAg阳性患者的治疗。本发明的组合物可与以下组合使用：（i)a干扰素和 /或核苷/核苷酸类似物（NUC);和/或（ii)抗PD1阻断抗体、抗CTLA4阻断抗体、抗TOIL 阻断抗体、抗LAG3阻断抗体、抗TM3阻断抗体和/或环磷酰胺。利用该组合物的治疗可导 致HBsAg损失或HBsAg血清转换。
[0016] 本发明还提供了本发明的用于终末期肝病或肝细胞癌的治疗或预防或用于丁型 肝炎病毒（HDV)感染的治疗或预防的组合物。
[0017] 一种治疗或预防HBV感染的方法，该方法包括给予需要其的受试者治疗有效量的 根据本发明的组合物，并且还提供了根据本发明的组合物在制备用于治疗或预防HBV的药 物中的应用。
[0018] 此外，本发明提供了长度为15到60个氨基酸的肽，包含SEDIDNOs:1-4中任一 个中所示的序列，或与在SEDIDNOs:1-4中所示序列之一具有至少80%同一性的序列的 至少15个连续氨基酸，所述肽包含至少一个⑶8+T细胞表位和/或至少一个⑶4+T细胞表 位，并且能够在体外测定中在来自至少一个慢性感染HBV的个体的外周血单核细胞（PBMC) 中引发应答。该肽可以包含SEDIDNO:5、6、14或15所示的序列的至少15个连续氨基酸。
[0019] 本发明还提供了包含SEQIDNOs:24至38中所示的序列之一或与SEQIDNOs: 24至38所示的序列之一具有至少80%同一性的序列。
[0020] 本发明的肽可以被共价连接至碳氟化合物载体。
【附图说明】
[0021] 图1是处于免疫控制阶段或正在进行积极治疗的慢性HBV感染的受试者的IFNY 应答的比较。在利用HBV衍生的重叠短肽池库（0.1yg/肽/mL)进行10天培养之后，在 18h的IFNyELISpot(酶联免疫斑点）测定法中，对PBMC进行再刺激（5yg/肽/毫升）， 其中重叠肽的池1至23之一代表HBV蛋白质组的特异性区域。
[0022] 图2示出了对于在通过感染HBV基因型分组的HBV感染受试者中的HBV衍生的短 肽池的IFNy应答的特异性。在利用HBV衍生的重叠短肽池库（0. 1yg/肽/mL)的10天 培养之后，在18h的IFNyELISpot测定法中，对PBMC进行再刺激（5yg/肽/毫升），其中 重叠肽的池1至23之一代表HBV蛋白质组的特异性区域。
[0023] 图3示出了对于在通过种族背景分组的慢性HBV感染受试者中的HBV衍生短肽池 的IFNy应答。在利用HBV衍生的重叠短肽池库（0. 1yg/肽/mL)的10天培养之后，在 18h的IFN丫ELISpot测定法中，对PBMC进行再刺激（5yg/肽/毫升），其中重叠肽的池1 至23之一代表HBV蛋白质组的特异性区域。
[0024] 图4示出了在利用HBV聚合酶-和核心衍生的短肽池进行刺激之后，在来自慢性 HBV和健康对照受试者的PBMC中的⑶4和⑶8T细胞的IFNy生产的代表性点图。利用短 肽池库（0. 1Ug/肽/mL)对来自受试者的PBMC刺激10天，随后利用HBV衍生的短肽池2或 14进行过夜刺激（5yg/肽/mL)，分别代表HBV聚合酶和核心的区域。结果表示为IFNY 产生细胞，作为亲本⑶3/⑶4或⑶3/⑶8T细胞群的百分比。培养基或PMA/伊屋诺霉素中 的刺激分别被用作阴性和阳性对照，并且门控策略是基于阴性对照IFNY生产。
[0025] 图5是在来自健康受试者和免疫控制期或经受积极治疗的慢性HBV感染的HBeAg 阴性患者的PBMC中对于HBV衍生的短肽池的IFNy应答的比较，该短肽池代表35-40mer 肽。在利用HBV衍生的重叠短肽池库（0. 1yg/肽/mL)的10天培养之后，在18h的 IFN丫ELISpot测定法中，对PBMC进行再刺激（5yg/肽/毫升），其中重叠肽的池24至46 之一各自代表HBV蛋白质组的35-40mer区域。
[0026] 图6示出了对于在通过感染HBV基因型分组的HBV感染受试者中的表示35-40mer 肽的HBV衍生的短肽池的IFNy应答的特异性。在利用HBV衍生的重叠短肽池库（0. 1yg/ 肽/mL)的10天培养之后，在18h的IFNyELISpot测定法中，对PBMC进行再刺激，其中重 叠肽的池24至46之一各自代表HBV蛋白质组的特定区域。
[0027] 图7示出了对于在通过种族背景分组的慢性HBeAg阴性HBV感染的受试者中的 表示35-40mer肽的HBV衍生的短肽池的IFNy应答。在利用HBV衍生的重叠短肽池库 (〇? 1yg/肽/mL)的10天培养之后，在18h的IFN丫ELISpot测定法中，对PBMC进行再刺激 (5yg/肽/mL)，其中重叠肽的池24至46之一各自代表HBV蛋白质组的35-40mer区域。
[0028] 图8是由来自HBV感染的受试者的PBMC进行的对于代表35-40mer肽的各个短肽 池的的细胞因子应答的总结。在利用HBV衍生的短肽池库进行10天短期培养之后，来自 慢性eAg阴性HBV感染的受试者（n= 7-14)的PBMC被进行培养过夜，其中利用最终浓度 为 5yg/ 肽/mL的HBV肽池 25、38、26、39、42、43、28 和 31 (代表肽P113、P753、P151、P797、 P856、P877、P277和P376)之一。细胞被染色，用于⑶3、⑶4和⑶8的细胞外表达，接着是 IFNy、IL_2和TNFa的细胞内表达。通过流式细胞仪对细胞进行评估。细胞因子的表达 针对每个受试者被标准化为媒介阴性对照。数据表示针对每个被评价因子的平均表达。应 答的广度示出为在每个堆叠柱状图上。
[0029] 图9示出了IFNy斑点形成细胞的数量（平均值），其在来自慢性HBV感染（HBeAg 阴性无活性携带者（无活性载体）或HBeAg阴性治疗患者）的PBMC中测量。在利用九个未 共轭（未轭合）的 肽（NP113、NP151、NP277(K)、NP376、NP753(K)、NP797(K)、NP856(K)、 NP877和NP1266(K)) (0? 1yg/肽/毫升）进行10天培养之后，在18h的IFNyELISpot测 定法中，对PBMC进行再刺激，其中各个肽的浓度为5yg/ml。
[0030] 图10示出了响应于在来自慢性HBV感染（HBeAg阴性无活性携带者或HBeAg阴性 治疗受试者）的PBMC中测量的HBV肽的对于IFNyELISpot测定法的应答的频率。在利 用九个未共轭的 肽（NP113、NP151、NP277 (K)、NP376、NP753 (K)、NP797 (K)、NP856 (K)、 NP877和NP1266(K)) (0? 1yg/肽/毫升）进行10天培养之后，在18h的IFNyELISpot测 定法中，对PBMC进行再刺激，其中各个肽的浓度为5yg/ml。
[0031] 图11示出了IFNY斑点形成细胞的数量（平均值），其是在来自通过感染HBV基 因型分组的慢性HBV感染受试者的PBMC中测量的。在利用九个未共轭的HBV肽（NP113、 NP151、NP277(K)、NP376、NP753(K)、NP797(K)、NP856(K)、NP877 和NP1266(K))(0? 1yg/ 肽 /毫升）进行10天培养之后，在18h的IFN丫ELISpot测定法中，对PBMC进行再刺激，其中 各个肽的浓度为5yg/ml。
[0032] 图12示出了IFNy斑点形成细胞的数量（平均值），其是在来自通过种族背景分 组的慢性HBV感染受试者的PBMC中测量的。在利用九个未共轭的HBV肽（NP113、NP151、 NP277 (K)、NP376、NP753 (K)、NP797 (K)、NP856 (K)、NP877 和NP1266 (K)) (0? 1yg/ 肽 / 毫升） 进行10天培养之后，在18h的IFN丫ELISpot测定法中，对PBMC进行再刺激，其中各个肽的 浓度为5yg/ml。
[0033] 图13示出了在利用HBV衍生的肽进行刺激之后在来自慢性HBV的PBMC中的产 生细胞因子的⑶4+和⑶8+T细胞的频率。图13A、13B、13C、13D和13E对应于针对通过 HBV基因型A、B、C、D和非A/B/C/D感染的个体的群获得的结果。在利用九个未共轭的HBV 肽（NP113、NP151、NP277(K)、NP376、NP753(K)、NP797(K)、NP856(K)、NP877 和NP1266(K)) (0. 1yg/肽/毫升）进行10天培养之后，在18h的IFNyELISpot测定法中，对PBMC进行 再刺激，其中各个肽的浓度为5yg/ml。结果表示为产生细胞因子的细胞，作为亲本CD3/ CD4或CD3/CD8+T细胞群的百分比。在培养基或PMA/伊屋诺霉素中的刺激分别被用作阴性 和阳性对照，并且门控策略是基于阴性对照IFNy生产。
[0034] 图14示出了通过来自利用FP-02. 1或NP02. 1免疫的BALB/c小鼠（n= 7)的脾 细胞进行的IFNy生产。视图表示了每106个脾细胞IFNy斑点形成细胞的数量，其是在 疫苗的9个肽组分的应答中测量的。采用配对t检验（ns=不显著）来进行统计分析。
[0035] 图15示出了通过来自利用FP-02. 1或NP02. 1免疫的BALB/c小鼠（n= 7)的脾 细胞进行的IFNy生产。视图表示了每106个脾细胞IFNy斑点形成细胞的数量，其是在 疫苗的9个肽组分的应答中测量的。柱代表每个单独的肽的累积中位应答。
[0036] 图16示出，FP02. 1在单次免疫后促进了对于由MHCI类分子限制的CTL表位的T 细胞应答。
[0037] 图17示出了通过利用FP-02. 1或NP02. 1免疫的BALB/c小鼠进行的IFNy生产。 在对于九个肽的混合物的应答中产生IFNySFC/106脾细胞的数量，针对每个脾细胞种群。
[0038] 序列表的简要描述
[0039]SEQIDNOs:1至38和40至72是HBV聚合酶的SEQIDN0 :39中所示的参考HBV 序列的区域的氨基酸序列，如下面的表1中所示。
[0040]
[0041]
[0042]
[0043] SEQIDNO:39是通过聚合酶的末端结构域（位置1至181)、聚合酶的逆转录酶结 构域（位置182至549)、聚合酶的RNA酶结构域H(位置550至702)、核心蛋白（位置703 至914)、X蛋白（位置915至1068)和表面蛋白（位置1069至1468)的线性共组装建立的 虚拟HBV蛋白质序列。从由基因型A、B、C和D共有序列生成的共有序列的共有获得蛋白质 组序列。
[0044] SEQIDNOs:73至219是池1至46中的每一个内的短肽的氨基酸序列。SEQID NO: 220是池5的氨基酸序列。
【具体实施方式】
[0045] 肽组合物
[0046] 本发明提供了广泛包含免疫原性肽序列的组合物，该免疫原性肽序列能够引发多 表位⑶4+和⑶8+T细胞免疫应答，在人口覆盖和HBV基因型覆盖方面具有广泛应用。本发 明提供了一种药物组合物，包括：来自长度为15到60个氨基酸的至少一种肽，其中，所述肽 包含HBV聚合酶的末端结构域的至少15个连续氨基酸的片段、HBV聚合酶的逆转录酶结构 域、HBV聚合酶或HBV核心蛋白的RNA酶H结构域序列。所述肽的长度为15至60个氨基 酸，并选自包含在SEQIDNOs:1至4中所示的序列之一的至少15个连续氨基酸的序列的 肽。该肽包含至少一个CD8+T细胞表位和/或至少一个CD4+T细胞表位。该肽在体外测定 方法中在来自至少一个慢性感染的HBV个体的外周血单核细胞（PBMC)中引发应答。
[0047] 该组合物可包含具有上文定义的性质的多个肽。该组合物能够在来自不同种族的 至少两个个体和/或来自感染了不同HBV基因型的至少两个个体的外周血单核细胞（PBMC) 中引发免疫应答。
[0048] 肽序列
[0049] 本发明 的组合物可以包含一种或多种肽，其包含至少15个连续氨基酸，诸如，至 少 20、25、29、30、31、32、33、34或35个来自5￡〇10勵8:1到4之一的氨基酸。5￡〇10勵8: 1、2和3是HBV聚合酶序列。SEQIDN0:4是HBV核心蛋白序列。
[0050] 这些区域可被进一步细分，使得存在于本发明的组合物中的肽可包含来自SEQID NOs:5至13之一的至少15、20、25、30、32、33、34或35个氨基酸。优选地，来自这些子区域 内的肽包含SEQIDNOs: 14至23之一中的序列。
[0051]SEQIDNOs:1至4中的示例性短肽示出在SEQIDNOs:80至117和142至184 中。优选的示例性短肽示出在3￡〇10勵8:80至83、86至89、98至101、105到112、146至 150、163至166、169至181中。本发明的组合物可以包含肽，所述肽含有这些短序列中的一 个或多个。
[0052] 来自这些HBV聚合酶序列的特别优选的肽包括在SEQIDNOs:24至29中所示的序 列中的一个。SEQIDN0:24 是SEQIDN0s:l、5 和 14 的优选区域。SEQIDN0:25 是SEQ IDNOs:1、6 和 15 的优选区域。SEQIDNO:26 是SEQIDNOs:2、7 和 16 的优选区域。SEQ IDNO:27 是SEQIDNOs:2、8 和 17 的优选区域。SEQIDNO:28 是SEQIDNOs:2、9 和 18 的优选区域。SEQIDNO:29是SEQIDNOs:3和19的优选区域。
[0053] 来自上面的HBV核心蛋白序列（SEQIDN0:4)的特别优选的肽包含在SEQID NOs:30-33中所示的序列中的一个。SEQIDNO:30是SEQIDNOs:10和20的优选区域。 SEQIDN0 :31 是SEQIDNOs:11 和 22 的优选区域。SEQIDN0 :32 是SEQIDNOs:12 和 22的优选区域。SEQIDN0 :33是SEQIDNOs:13和23的优选区域。
[0054] 其它优选的肽包括在SEQIDNOs:24至33中所示的序列内，并且包括这样的肽， 该肽包含来自这些序列之一中的至少20个（诸如25、29、30、31、32、33或34个）连续氨基 酸。
[0055] 该组合物可以进一步包括长度为15至60个氨基酸的至少一个肽，其中，所述肽包 含HBV表面蛋白的至少15个连续氨基酸的片段。HBV表面蛋白肽典型地是15到60个氨基 酸的长度，并且选自包含SEQIDN0 :55中所示序列的至少15个连续氨基酸的序列的肽。
[0056]HBV表面蛋白肽可以包含来自SEQIDN0 :55之一，优选来自SEQIDN0 :71的至 少 15、20、25、30、32、33、34 或 35 个氨基酸。
[0057]SEQIDNOs:55和71中的示例性短肽分别示出在SEQIDNOs:204至210以及 205至209中。本发明的组合物可以包含肽，该肽含有这些短序列中的一个或多个。
[0058] 来自这些HBV表面蛋白序列的特别优选的肽包括在SEQIDN0 :221中所示的序列 中的一个。SEQIDN0 :221是SEQIDNOs:55和71的优选区域。
[0059] 可以包括在本发明的组合物中的更进一步的肽是包含这样的序列的肽，该序列含 有一个或多个（诸如两个、三个或四个）氨基酸取代、添加或缺失（优选取代）（在SEQID NOs:1至33、55、71和221之一中所示的序列中的一个中）。连续序列中的一个、两个、三个 或更多个氨基酸可以被取代。指定序列中的取代包括突变以去除半胱氨酸残基。例如，半 胱氨酸残基可被丝氨酸残基取代。
[0060] 典型地，这样的肽将与SEQIDNOs:1至33、55、71和221之一中的至少15或 20,诸如，25、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个连续氨基酸或与5￡01〇勵8: 24至33和221中所示的序列之一的整个长度具有至少80 %，诸如，至少85 %、90 %、95 % 或98%的序列同一性（例如，如使用可在国家生物技术信息中心（NationalCenterfor BiotechnologyInformation) (blast,ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)上获得的BLAST所 确定的）。这样的肽包括匹配HBV聚合酶或核心蛋白的等效区域中的HBV基因型A、B、C、 D、E或F的氨基酸序列的序列。
[0061] 所述肽可以包括另外的序列，条件是它们的总长度不超过60个氨基酸。例如，所 述肽可以包含至少20,诸如，25、29、30、31、32、33、34或35个连续氨基酸，其来自3￡0 1〇NOs:1至33、55、71和221之一所示的序列中的一个，优选SEQIDNOs:24至33和221，并 且可以具有的长度为15、20或25个氨基酸至可达30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、 45、50、55或60个氨基酸。
[0062] 因此，所述肽通常具有的长度为15或20至60个氨基酸，诸如，25至50个氨基酸， 优选30至40个氨基酸，例如31，32, 33, 34, 35, 36, 37, 38或39个氨基酸。
[0063] 所述肽可以包括额外的序列。所述额外的序列可有利于肽的制造或配制或增强肽 的稳定性。例如，所述肽可以包括一个或多个额外的氨基酸，通常在N末端和/或C-末端， 以增强肽的净正电荷和/或减少该肽的疏水性。净正电荷可以被增加，使得该肽具有大于 或等于7的等电点。
[0064] 在本发明的一个方面，将一个或多个（诸如，两个或三个）带正电荷的氨基酸（精 氨酸和/或赖氨酸）加入到组合物中的所述肽中的一个或多个的N末端和/或C末端。例 如，三个赖氨酸残基可被加入到肽中的一个或多个的N末端和/或C末端。阳性氨基酸通 常在肽的一个或多个末端处加入，其具有超过65%的总疏水性、小于零的净电荷和/或包 括疏水性氨基酸簇。
[0065]SEQIDNOs:34至38和222中示出了包括N-和/或C-末端赖氨酸残基的肽的 具体实例。
[0066] 所述肽可以包括一个或多个表位，其不存在于共有HBV序列中。一个这样的实 例是融合肽的使用，其中，混杂的T辅助表位被共价地连接（可选地，通过多肽接头或间 隔物）至共有序列。作为一个实例，混杂的T辅助表位可以是PADRE肽、破伤风类毒素肽 (830-843)、或流感血细胞凝集素，HA(307-319)。
[0067]在所述肽被连接至碳氟化合物的情况下，肽的末端（诸如，未共轭至或通过其它 附接方式附接至碳氟化合物的末端）可以被改变，例如，以通过形成胶束而促进碳氟化合 物肽构建物的溶解度。为了便于大规模合成构建物，所述肽的N-或C-末端氨基酸残基可 以被改性。当期望的肽对于肽酶裂解特别敏感时，正常肽键可被不可切割的肽模拟物所代 替。这样的键以及合成方法在现有技术中是众所周知的。
[0068] 所述肽可以是天然肽。该肽可被修饰以增加寿命，诸如，体内的肽的半衰期或在给 药部位的存留，或将肽引导至抗原呈递细胞。例如，所述免疫原性肽可以包含一个或多个非 天然存在的氨基酸和/或非天然存在的共价键，以便共价地连接相邻的氨基酸。在某些实 施方式中，非标准的、非天然存在的氨基酸也可掺入到免疫原性肽中，条件是它们并不干扰 肽与MHC分子相互作用并保持与识别天然序列的T细胞的交叉反应的能力。非天然氨基酸 可被用于改进针对蛋白酶或化学稳定性的肽抗性。非天然氨基酸的实例包括D-氨基酸和 半胱氨酸修饰。
[0069] 所述肽可以结合至载体，诸如，蛋白质载体或递送载体。合适的递送载体包括脂 肽，例如，脂肪酰基链，诸如单棕榈链、病毒颗粒、脂质体和细胞穿透肽，诸如穿膜和转录的 反式激活物（TAT)。
[0070] 在本发明的组合物中的HBV肽中的一个或多个（优选全部）优选共价连接至碳氟 化合物载体。
[0071]肽的组合
[0072] 本发明的组合物可以包含多种肽。因此，该组合物可包含至少两个，诸如，至少 三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个肽，每一个包含如上所述的SEQID NOs:1至4之一的至少15个连续氨基酸的序列。该组合物可另外包含这样的肽，该肽包括 如上所述的SEQIDN0 :55的至少15个连续氨基酸的序列。
[0073] 在一个方面，所述组合物可以包含至少一种肽，其包含在SEQIDNOs:1至3所示 的序列之一的至少15个氨基酸和在SEQIDN0 :4所示的序列的至少15个氨基酸，以及可 选地包含在SEQIDN0 :55中所示的序列之一的至少15个氨基酸的至少一种肽。例如，该 组合物可以包含至少一种肽，所述至少一种肽包含在SEQIDNOs:24, 25, 26, 27, 28、29和 34中所示的序列之一的至少15个氨基酸以及在SEQIDNOs:30至33和35至38中所示 的序列之一的至少15个氨基酸。
[0074] 在另一个方面，所述组合物可以包括如上所述的包含SEQIDNOs:1和/或2的 至少15个连续氨基酸的序列的至少一种肽以及如上所述的包含SEQIDN0 :3或4的至少 15个连续氨基酸的序列的至少一种肽。例如，所述组合物可以包括如上所述的包含SEQID NO:1或2的至少15个连续氨基酸的序列的肽（或包含SEQIDNOs:5和6两者的序列的 肽）以及如上所述的包含SEQIDNOs: 10-13中的任一个的至少15个连续氨基酸的肽。本 发明可以包括如上所述的包含SEQIDNOs:5、6、7、8和9中的任何两个、三个、四个、五个、 或全部的至少15个连续氨基酸的序列的肽，和/或可以包括如上所述的包含SEQIDNOs: 10至13中的任何两个、三个、或全部的至少15个连续氨基酸的序列的肽。
[0075] 存在于本发明的组合物中的肽可以由或基本上由SEQIDNOs:24至38中所示的 序列之一组成。存在于本发明的组合物中的HBV表面蛋白肽可以由或者基本上由在SEQID NOs:221和222中所示的序列中的一个组成。因此，本发明提供了一种药物组合物，所述药 物组合物包含至少一种肽，诸如，两种或更多种肽，其由或基本上由SEQIDNOs:24至38之 一中所示的氨基酸序列组成，或者包括所述氨基酸序列；以及可选地至少一种肽，其由或基 本上由SEQIDNOs:221或222中所示的氨基酸序列组成，或者包括所述氨基酸序列。所述 组合物可以包含至少两种，诸如，三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种或十种肽，其包含 SEQIDNOs:24至33和221中所示的序列。在一个实施方式中，包含SEQIDNOs:24至33 和221之一的肽中的一种或多种可以包括N-或C-末端赖氨酸残基。更具体地，包含SEQ IDNOs:26、29、30、31、32和221的肽可以分别具有在SEQIDNOs:34到38和222中所示 的序列。
[0076] 例如，组合物可以包括至少两种，诸如三种，四种，五种，六种，七种，八种，九种或 十种肽，其包含SEQIDNOs:24、25、27、28、33、34、35、36、37和38中所示的序列，由所述序 列组成或者基本上由所述序列组成，或者至少两个，诸如三个、四个、五个、六个、七个或八 个肽，其包含SEQID勵8:24、25、28、33、34、36、37和38，由其组成或基本上由其组成。这 些肽的任何可能的组合可以存在于本发明的组合物。优选的组合包括SEQIDNOs:24、25、 28、33和31/37中的一个或多个，诸如，任意两个、任意三个、任何四个或所有，优选地SEQ IDNO: 24和/或25。例如，SEQIDNO: 24和33的组合产生了包含结合至7个I类等位基 因和7个II类等位基因的表位的组合物。该组合物可进一步包括这样的肽，其包含SEQID NO:221或222,由其组成或者基本上由其组成。
[0077] 例如，所述组合物可以包含8个肽，其包含以下序列：SEQIDNOs:24、25、26、28、 30、31、32和33,以及可选的第九个肽，其包含SEQIDN0:222。
[0078] 这些肽中的一个，诸如，包含SEQIDNO:28的肽，可以由包含SEQIDNO:27的肽 所取代；和/或一种肽可以由包含SEQIDNO:29的肽所取代。如上所述，可以用较短的肽 (例如，一种具有取代肽的至少20个连续氨基酸的肽），或者用与取代肽的氨基酸序列在其 整个长度上具有至少80%同一性的肽来取代这些肽中的一个或多个。
[0079] 优选地，如上所述，该组合物包含来自HBV聚合酶，更优选地来自HBV聚合酶的末 端结构域的至少一种肽。在一个特别优选的实施方式中，HBV聚合酶肽包含SEQIDN0 :1内 的至少一个氨基酸序列，诸如，SEQIDN0:5、6、14、15、24或25中的至少一个序列。例如， 这样的肽可以包含在SEQID勵8:80、81、82、83、86、87、88、89、24或25之一中所示的氨基 酸序列。
[0080]HBV基因型
[0081] 组合物中的肽序列的组合提供了表位，优选CD8+和CD4+表位两者，其存在于多种 HBV基因型中。HBV基因型包括基因型A、B、C、D、E和F。例如，长肽可以包含来自至少两个 HBV基因型的表位，该HBV基因型诸如A和D(在欧洲最流行的基因型）或B和C(在亚洲最 流行的基因型）。更优选地，所述组合物包含来自至少三个HBV基因型的表位，诸如，例如， A、B和C，A、B和D，A、C和D或B、C和D。最优选地，该组合物包含来自至少HBV基因型A， B，C和D的表位。除了包括来自基因型A、B、C和D中的一个或多个的任意组合的表位的任 何组合，该组合物还可以包含基因型E、F和/或G的表位。例如，这可以通过任何合适的手 段，通过使用体外PBMC测定法来确定，如本文描述的。
[0082] 因此，本发明提供了一种组合物，其能够在来自感染HBV基因型A的个体、感染HBV 基因型B的个体、感染HBV基因型C的个体、感染HBV基因型D的个体和感染另外的HBV基 因型的个体中的两个、三个、四个或所有的PBMC中引发免疫应答。
[0083] 能够在感染HBV基因型A的个体、感染HBV基因型B的个体、感染HBV基因型C的 个体和感染HBV基因型D的个体中的两个、三个或所有中引发免疫应答的本发明的组合物 可以包括选自下列组中的至少两个，优选三个或所有的至少一种肽：
[0084] (1)包含5￡〇10勵：14、15、20、21、67、22或23的至少15个连续氨基酸的肽；
[0085] (ii)包含SEQIDN0 :14、17、18、21或67的至少15个连续氨基酸的肽；
[0086] (iii)包含SEQIDN0:14、16、60、19、20或22的至少15个连续氨基酸的肽；
[0087] (^)包含5￡〇10勵：14、15、20、21、67、22或23的至少15个连续氨基酸的肽 ；
[0088] 该组合物可进一步包括这样的肽，其包含SEQIDN0 :55或SEQIDN0 :71的至少 15个连续氨基酸。
[0089] 例如，这样的组合物可以包含选自下列组中的至少两个，优选三个或所有的肽：
[0090] ⑴包含SEQIDN0 :20、21、67、22或23的至少15个连续氨基酸的肽；
[0091] (ii)包含SEQIDN0:17或18的至少15个连续氨基酸的肽；
[0092] (iii)包含SEQIDN0 :16、60或19的至少15个连续氨基酸的肽；
[0093] (iv)包含SEQIDN0:14或15的至少15个连续氨基酸的肽；
[0094] 该组合物可以进一步包括包含SEQIDN0 :55或SEQIDN0 :71的至少15个连续 氨基酸的肽。
[0095] 包括指定序列的至少15个氨基酸的合适的肽在本文中更详细地描述，并且特别 是包括表4中提到的SEQIDNOs:24至38的肽以及SEQIDNOs:221和222的肽。
[0096] 在一个方面，本发明的组合物在来自慢性感染HBV基因型的至少一个个体、慢性 感染HBV基因型B的一个个体、慢性感染HBV基因型C的一个个体和慢性感染HBV基因型D 的一个个体的外周血液单核细胞（PBMC)中引起体外应答。这可以通过任何合适的方法来 确定，如在本文实施例中所描述的方法。所述个体可以是相同或不同种族的，优选地来自至 少两个不同的种族。所述个体可以是相同或不同的HLA亚型，优选地至少两个不同的HLA 亚型。
[0097] 种族
[0098] 本发明提供了一种能够引发至少两种，诸如三种或更多种不同种族的个体中的免 疫应答的组合物。这可以使用如在实施例中所描述的体外PBMC测定进行评估。本发明的 组合物能够在来自以下的两种、三种或所有的PBMC中引发免疫应答：感染HBV的东方或印 度人个体、感染HBV的高加索人个体、以及感染HBV的非洲或阿拉伯人个体。
[0099] 能够在感染HBV的东方或印度人个体、感染HBV的高加索人个体以及感染HBV的 非洲或阿拉伯人个体中的两种、三种或所有中引发免疫应答的本发明的组合物可以包含选 自以下组中的至少两个，优选三个或所有中的至少一个肽：
[0100] (i)包括SEQIDN0:14、16、60、17、18、20、21、67 或 22 的至少 15 个连续氨基酸的 肽；
[0101] (ii)包括SEQIDN0:14、15、19、20、22或23的至少15个连续氨基酸的肽；以及
[0102] (iii)包括SEQIDN0:14、15、20、21、67、22 或23的至少15个连续氨基酸的肽。
[0103] 该组合物可以进一步包含包括SEQIDN0:55或SEQIDN0:71的至少15个连续 氨基酸的肽。
[0104] 例如，这样的组合物可以包含选自以下组中的至少两个，优选三个或所有的肽：
[0105] ⑴包括SEQIDNO: 16、60、17、18的至少15个连续氨基酸的肽；
[0106] (ii)包括SEQIDN0:14、15或19的至少15个连续氨基酸的肽；以及
[0107] (iii)包括SEQIDN0:14、15、20、21、22或23的至少15个连续氨基酸的肽。
[0108] 该组合物可以进一步包含包括SEQIDN0:55或SEQIDN0:71的至少15个连续 氨基酸的肽。
[0109] 在本文中更详细地描述了包括指定序列的至少15个氨基酸的合适的肽，并且特 别是包括在表4中提到的SEQIDN0s:24至38的肽和SEQIDN0s:221和222的肽。
[0110] 表位
[0111]HLAI类和II类分子是多态性的且它们的频率在族群之间变化。大多数多态性位 于肽结合区，并且作为结果，每个变异体被认为结合于肽配体的唯一库（r印ertoire)。HLA 多态性为疫苗设计师提出了一大挑战，因为HLA多态性是差异肽结合的基础。此外，特异性 HLA等位基因在不同种族中以显著不同的频率表达。
[0112] 尽管这样的多态性，但是HLA分子结合重叠组的肽，因此，可以相应地分组为超类 型（Lund等人（2004)Immunogenetics55(12) : 797-810,Sette等人（1999)Immunogenetics 50(3-4) :201-212)。超类型被定义为具有相似的肽结合库从而分享重叠组的肽的不同HLA 分子的家族。换句话说，与属于给定超类型的HLA等位基因结合的肽很可能对其他超类型 成员呈现结合活性。
[0113] 对于不同HLAII类等位基因的肽的结合能力可以利用用于每个HLAII类等位基 因的特定生物素化示踪肽使用异源竞争试验来确定，如在Texier等人的（2000)JImmunol 164:3177-3184,Texier等人的（2001)EurJImmunol31:1837-1846 和Castelli等人的 (2002)JImmunol169:6928-6934 中所描述的。
[0114] 以下9个HLA II类等位基因代表主要超类型或基于序列分析和结合基序特异性 的HLA集群，如在Lund等人的（2004) Immunogenetics 55 (12) : 797-810和Greenbaum等人的（2011) Immunogenetics 63(6) : 325-35 中所描述的：HLA-DR1( a 1*01:01 1*01:01)、 HLA-DR3 (a 1*01:01 ; 0 1*01:01)、HLA_DR4( a 1*01:01 ; 0 1*04:01)、HLA_DR7( a 1*01:01 ; 0 1*07:01)、HLA_DRll(a 1*01:01 1*11:01)、HLA_DR13(a 1*01:01 1*13:01)、 HLA - DR15(a 1*01:01 1*15:01)、HLA - DR51(a 1*01:01 ;05*O1:O1)和 HLA_DP4(a 1*01:03 ;M*04:01)。这些等位基因在不同的种族具有较高的发病率（参见Wilson等人的（2001) J Virol. 75 (9): 4195-4207)。
[0115] 存在于本发明的组合物中的肽典型地结合至所述九个主要HLAII类等位基因中 的至少两个，优选至少三个，如结合至在实施例10中所描述的七个HLAII类等位基因中的 至少两个，优选至少三个。存在于该组合物中的一个或多个肽可以结合至所述九个主要HLA II类等位基因中的至少四个、五个、六个、七个、八个或所有或者结合至在实施例10中所描 述的七个HLAII类等位基因中的至少四个、五个、六个或所有。本发明的组合物优选包含 可以结合至上述主要HLAII类等位基因中的至少七个、至少八个或所有九个的肽，如结合 至在实施例10中所描述的七个HLAII类等位基因中的所有。
[0116] 包含在每个肽中的HLAI类结合记录（bindingregister)的数量可以通过 确定肽结合至一系列频繁出现的HLAI类分子的能力来确定。HLAI类结合可以利用 ProlmmuneREVEAL?〗MHC_肽结合试验（英国牛津Prolmmune有限公司）来测定。对于代 表主要HLAI类超类型的HLA-A*0101、HLA-A*0201、HLA-A*0301、HLA-A*2402、HLA-B*0702、HLA-B*0801、HLA-B*3501，REVEAL?MHC肽-结合试验测定每个肽稳定三元MHC-肽复合物 的能力。给出每个测试肽相对于通过/未通过对照肽的分数，并且还与阳性对照肽进行比 较。
[0117]HLAI类分子结合具有从8至11个氨基酸变化的长度的短肽。理论上，102个短 肽（27X8-聚体、26X9-聚体、25X10-聚体和24X11-聚体），可以衍生自35-聚体肽序 列。为了限制待测试肽的数量，可以基于公开的可用算法仅使用具有良好预测分数的九聚 肽（对于HLAI类结合肽的最频繁长度）进行结合试验。
[0118] 以下HLAI类等位基因在人群中被高度表示且（2)它们属于良好定义的HLA超 类型(http: //bioinformatics,nmdp.org/) :HLA_A*0101、HLA_A*0201、HLA_A*0301、 HLA-A*2402、HLA-B*0702、HLA-B*0801、HLA-B*3501 和HLA-A*1101。
[0119] 存在于本发明的组合物中的肽典型地包括与这些HLAI类等位基因中的至少一 个，优选至少两个或至少三个结合的短肽，如与以上所列出的前七个I类等位基因结合，且 优选地与实施例9中提到的7个HLAI类等位基因结合。存在于该组合物中的一个或多个 肽可以包括与7个HLAI类等位基因中的至少四个、五个、六个或所有结合的短肽。本发明 的组合物优选地包含包括可以与上述HLAI类等位基因中的至少五个、至少六个或所有七 个结合的短肽的肽。
[0120] 本发明的药物组合物典型地包含一个或多个肽，所述肽包括与不同的MHC等位基 因结合以得到广泛群体覆盖率的一种或多种T细胞表位。所述组合物可以包含已知或预测 到包含与特定族群中或跨多个族群的高频率MHC等位基因相关的一个或多个MHC结合基 序的肽。该组合物可包含与多于一个的等位基因变异体结合的一种或多种混杂的CD4+和 CD8+T细胞表位。组合物中的肽序列的结合提供了与不同HLA亚型结合的T细胞表位。
[0121] 在一个方面，本发明的组合物在来自具有不同HLA亚型的至少两个个体的外周血 单核细胞（PBMC)中引发体外应答。该组合物可以在各自具有不同HLA基因型的至少三个、 四个、五个、六个或七个个体中引发免疫应答，这些个体可以是不同种族的个体。
[0122] 碳氟化合物
[0123] 碳氟化合物可以包括从全氟烃或混合的碳氟化合物/碳氢化合物基衍生的一个 或多个链，并且可以是饱和的或不饱和的，每个链具有3至30个碳原子。因此，碳氟化合物 连接（结合物，连接物，attachment)中的链通常是饱和的或不饱和的，优选是饱和的。碳氟 化合物连接中的链可以是直链或支链，但优选是直链。每个链通常具有3至30个碳原子， 5至25个碳原子，或8至20个碳原子。为了将碳氟化合物载体共价连接至肽，在载体中包 括反应性基团，或配体（例如-CO-、-NH-、S、0)，或任何其它合适的基团。用于实现共价连 接（连接物，键合，linkage)的这种配体的使用在本领域中是公知的。反应性基团可以位 于碳氟化合物载体上的任何位置。
[0124] 碳氟化合物载体与肽的偶联可以通过天然存在的或引入到肽的任何位点的官能 团（如-0H、-SH、-C00H和-NH2)实现。这种连接的实例包括酰胺、腙、二硫化物、硫醚和肟 键合。
[0125] 可选地，可以包含间隔物元素（间隔物元件，spacerelement)(肽或非肽），以允 许从用于在抗原呈递细胞内进行处理的碳氟化合物元素裂解肽，并优化肽的立体呈现。可 以包含间隔物，以协助分子的合成并改善其稳定性和/或溶解性。间隔物的实例包括聚乙 二醇（PEG)或氨基酸，如可被蛋白水解酶裂解的赖氨酸或精氨酸。
[0126] 在一个实施方式中，碳氟化合物连接的肽可以具有化学结构CmFn-CyHx-(Sp)_R或 其衍生物，其中，m= 3 至 30,n< 2m+l，y= 0 至 15,x< 2y，（m+y) = 3 至 30,并且Sp为 可选的化学间隔物部分，且R是免疫原性肽。通常，m和n满足关系2m-l彡n彡2m+l，且优 选地n= 2m+l。通常，x和y满足关系2y-2 <x< 2y，且优选地x= 2y。优选地，CmFn-CyHx 部分是直链。
[0127] 优选的是，m为5至15,更优选地为8至12。还优选的是，y为0至8,更优选地为 0至6或0至4。优选的是，CmFn-CyHx部分是饱和的（即n= 2m+l且x= 2y)和直链的，且 m= 8至12和y= 0至6或0至4。
[0128] 在一个具体实施例中，碳氟化合物载体衍生自具有下式的2H，2H，3H，3H-全氟 十一烷酸：
[0129]
[0130] 因此，优选的碳氟化合物连接是衍生自C8F17(CH2) 2C00H的直链饱和部分 c8f17(ch2)2_。
[0131] 碳氟化合物连接的其他实例具有下式：分别衍生自c6f13(ch2)2cooh、c7f15(ch2)2cooh,c9f19(ch2)2cooh,c10f21(ch2)2cooh,c5fu(ch2)3cooh,c6f13(ch2)3cooh, c7f15 (ch2) 3cooh,c8f17 (ch2) 3cooh^pc9f19 (ch2)3cooh^c6f13 (ch2) 2->c7f15 (ch2) 2->c9f19 (ch2) 2-, C10F21 (ch2) 2-、C5Fn (ch2) 3-、C6F13 (ch2) 3-、C7F15 (ch2) 3-、C8F17 (CH2) 3和c9F19 (ch2) 3-。
[0132] 对于碳氟化合物载体-抗原构建物的合适结构的优选实例具有下式：
[0133]
[0134] 其中，Sp和R如上所定义。在某些实施方式中，Sp衍生自赖氨酸残基并且具有 式-C0NH- (CH2)4-CH(NH2) -C0-。优选地，R是SEQIDNOs: 1至14中的任一个，优选地R是 SEQIDN0s:l至6中的任一个。每种肽（例如，SEQIDN0:l、2、3、4、5或6)的N末端氨基 酸的氨基形成具有式-conh-(ch2)4-ch(nh2)-co-的间隔物的C-末端羧基的酰胺键。
[0135] 在本发明的上下文中，碳氟化合物连接可以被修饰，使得所得化合物仍然能够将 所述肽递送至抗原呈递细胞。因此，例如，可以用其他卤族原子，如氯、溴或碘来替换多个氟 原子。另外，也可以用甲基代替多个氟原子，并且仍保留本文所描述的分子的性质。
[0136] 所述肽可以经由间隔物部分连接至碳氟化合物载体。间隔物部分优选是赖氨酸残 基。除了如上所述的任何末端赖氨酸残基，还可以存在这种间隔物残基，使得所述肽可以例 如具有总共四个N-末端赖氨酸残基。因此，本发明的优选制剂可以包含碳氟化合物连接的 肽，其中所述肽具有c-末端或N-末端赖氨酸残基，优选N-末端赖氨酸残基。肽中的末端 赖氨酸优选连接至具有式C8F17 (CH2) 2COOH的碳氟化合物。碳氟化合物优选地耦联到N-末 端赖氨酸残基的e链。
[0137] 可以设想，本文所描述的药物组合物包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个或更多 个免疫原性肽，可选地每个肽共价连接至其自身的碳氟化合物载体。
[0138]肽
[0139] 本发明还提供了一种在本发明的组合物中有用的肽。所述肽可以是上述肽中的任 何一个。特别地，本发明提供了一种长度可达40、50或60个氨基酸且包含在SEQIDN0s:24 至33和221中所示序列中的一个或与SEQIDNOs: 24至33和221中所示序列中的一个至 少80 %相同，如至少85 %、90 %、95 %或98 %相同的肽。所述肽可以包括如上所述的附加的 氨基酸。在一个具体的实施方式中，本发明提供了具有在SEQIDNOs: 34至38和222之一 中所示的序列的肽。本发明的特别优选的肽包括在SEQIDN0s:24、25、28、30、31、32、33、 34、36、37和38中所示的序列，基本上由或由以上序列构成。
[0140] 本发明还提供了来自HBV聚合酶的末端结构域的高度保守的免疫原性肽。这些肽 可以是以上参考本发明的组合物所描述的任何HBV聚合酶肽。这种肽的长度通常为15到 60个氨基酸，包括SEQIDNO: 1或2的至少15个连续氨基酸，并且在来自慢性感染HBV的 至少一个个体的PBMC中引发体外免疫应答。
[0141] 所述肽可以耦联到载体，如上所述。在一个优选的方面，本发明的肽共价键连接至 碳氟化合物载体。碳氟化合物载体可以是如上所描述的。
[0142] 其他组分
[0143] 本发明的组合物可以包含附加的免疫原。免疫原可以是B细胞抗原。B细胞抗原 可以用来刺激对HBV的抗体应答。本发明的药物组合物可以例如包括一个或多个碳氟化合 物连接的肽，其可以刺激T细胞应答，和B细胞抗原。
[0144] 充当B细胞抗原的合适的免疫原包括蛋白抗原，诸如B型肝炎表面抗原（HBsAg) 或B型肝炎核心抗原（HBcAg或HBeAg)。
[0145] 在一个方面，本发明提供了一种包含两种或更多种肽（例如碳氟化合物连接的 肽）的组合物，还包含佐剂和/或可选的药学上可接受的载体或赋形剂。所述赋形剂可以 是高效冷冻干燥所必需的稳定剂或填充剂（bulkingagent)。实例包括山梨糖醇、甘露糖 醇、聚乙烯吡咯烷酮和它们的混合物，优选甘露糖醇。可能存在的其他赋形剂包括本领域中 公知的防腐剂（如抗氧化剂）、润滑剂、冷冻保护剂（cryopreservatives)和粘合剂。
[0146] 佐剂是一种能够调节针对共同给药的抗原的免疫应答同时在单独给药时几乎没 有直接影响的药剂。这样的佐剂能够增强在大小和/或细胞因子分布方面的免疫应答。佐 剂的实例包括：细菌的天然组分的天然或合成的衍生精炼剂（改良剂，refinement)，诸如 弗氏佐剂及其衍生物、胞壁酰二肽（MDP)衍生物、CpG、单磷酰脂质A;其他已知的佐剂或增 强剂，诸如皂苷、铝盐和细胞因子；水包油佐剂、油包水佐剂、免疫刺激复合物（ISC0M)、月旨 质体、配制的纳米和微米颗粒；细菌毒素和类毒素；菊粉，尤其是y菊粉；以及TLR激动剂。
[0147] 优选地，所述佐剂可以选自由以下组成的组：肽聚糖（诸如TDM、MDP、胞壁酰二肽、 莫拉丁酯）；明矾溶液（诸如氢氧化铝、ADJUMER?(聚磷腈）或磷酸铝凝胶）；葡聚糖；阿尔 加穆林（algammulin);表面活性剂（诸如角鲨烷、吐温80、普朗尼克或角鲨烯）；磷酸钙凝 胶；细菌毒素或类毒素（诸如霍乱全毒素、霍乱-毒素-A1-蛋白-A-D片段融合蛋白、霍乱 毒素的亚单位B或嵌段共聚物）；含细胞因子的脂质体；油包水佐剂（诸如弗氏完全佐剂、 弗氏不完全佐剂或Montanide(如ISA51或ISA720));水包油佐剂（诸如MF-59);菊粉类 佐剂；细胞因子（诸如干扰素-y;白细胞介素-10 ;白细胞介素-2;白细胞介素_7或白细 胞介素-12) ;ISC0M(诸如，细胞和体液免疫应答的有效诱导剂ISCOMATRIX);任何组合物的 微球体和微粒；以及Toll样受体激动剂（诸如CpG、人TLR1-10的配体、小鼠TLR1-13的 配体、ISS-1018、IC31、咪唑喹啉、聚（1:〇、单磷酰脂质A、Ribi529、霍乱毒素、不耐热毒素、 Pam3Cys或鞭毛蛋白）。
[0148] 药物组合物的制备
[0149] 本发明的药物组合物可以通过在乙酸或其它溶剂中溶解至少一种肽（诸如碳氟 化合物连接的肽）作为配制药物产品中的第一步骤来制备。可以用来将一种或多种碳氟化 合物连接的肽分散在共混物中的其他溶剂的实例包括磷酸盐缓冲盐水（PBS)、丙-2-醇、叔 丁醇、丙酮和其他有机溶剂。在W02012/090002中描述了用于溶解碳氟化合物载体-肽偶 联物（结合物，conjugate)的方法。
[0150]用作起始材料的肽或碳氟化合物连接的肽通常被脱水。肽和包含短于20个氨基 酸和/或具有少于50%的疏水性残基的肽的碳氟化合物连接的肽可溶解在除乙酸以外的 溶剂中。通常使用乙酸，其中所述肽具有多于20个氨基酸和/或具有大于50%的疏水性残 基。
[0151] 碳氟化合物连接的肽在溶液中的浓度通常为约0.ImM至约10mM，例如约0. 5mM， ImM，2mM，2. 5mM或5mM。合适的浓度的实例为约10mg/mL。
[0152] 输入组分（引入组分）可以与任何聚集体一起均匀混合成所希望的比例，分散，使 其无菌，并以用于给药的合适的形式呈现。这样的实例可以包括引入涡旋和/或超声后混 合或后稀释阶段，以促进溶解。制造工艺流的其他排列可以包括在工艺的早期阶段进行的 无菌过滤或省去冻干，以允许液体最终呈现。
[0153] 在不同的肽或碳氟化合物连接的肽分别溶解在例如不同的溶剂或不同浓度的乙 酸中的情况下，使溶解 的肽或碳氟化合物连接的肽混合，以形成肽或碳氟化合物连接肽的 混合物。
[0154] 可选的佐剂和/或一种或多种药学上可接受的赋形剂也可以被添加到溶解的肽/ 碳氟化合物连接的肽或肽/碳氟化合物连接的肽的混合物中。通常，使溶解的碳氟化合物 连接的肽与赋形剂和/或佐剂混合。
[0155] 在溶解和混合之后，一种或多种碳氟化合物连接的肽的溶液可以被稀释。例如，混 合物可稀释于水中。
[0156] 含有肽或碳氟化合物连接的肽的溶液优选是灭菌的。当制剂用于全身使用时，灭 菌是特别优选的。可以使用灭菌的任何合适的方式（装置），诸如UV灭菌或过滤灭菌。优 选地，使用过滤灭菌。无菌过滤可以包括0. 45ym的过滤器，接着是0. 22ym的除菌级过滤 车。
[0157] 可以在加入任何赋形剂和/或佐剂之前或之后进行灭菌。
[0158] 本发明的组合物可以是干燥形式的，如冷冻干燥。本发明的组合物可以是水性溶 液，例如通过在水性介质中溶解冻干产物或其它干燥制剂而形成的水性溶液。该水性溶液 通常是pH中性的。
[0159] 干燥所述制剂有助于长期储存。可以使用任何合适的干燥方法。冻干是优选的，但 也可使用其它合适的干燥方法，诸如真空干燥、喷雾干燥、喷雾冷冻干燥或流化床干燥。干 燥过程可导致其内结合有肽或碳氟化合物连接的肽的非晶形块状物的形成。
[0160] 对于长期储存，无菌组合物可被冻干。冻干可以通过冷冻干燥来实现。冷冻干燥 通常包括冷冻，然后干燥。例如，碳氟化合物连接的肽混合物可以在_80°C下冷冻2小时，并 在冷冻干燥机中冷冻干燥24小时。
[0161] 本发明的药学上可接受的组合物可以是固体组合物。碳氟化合物连接的肽组合物 可以以干粉形式获得。从冻干产生的块状物可被碾磨成粉末形式。根据本发明的固体组合 物因此可以采取自由流动颗粒的形式。固体组合物通常在密封的小瓶、安瓿或注射器中以 粉末提供。如果是吸入剂，则可以在干燥粉末吸入器中提供粉末。固体基质可替换地可以 作为贴剂（小块，patch)提供。粉末可被压缩成片剂形式。
[0162] 干燥（例如，冻干）的肽或碳氟化合物连接的肽组合物可以在给药之前重组。如 本文中所使用的，术语"重组"被理解为是指干燥疫苗产品在使用前的溶解。在干燥（如冻 干）后，免疫原性肽（例如，碳氟化合物连接的肽产品）优选地被重组以形成等渗、pH值中 性的均匀悬浮液。该制剂通常例如通过添加注射用水、组氨酸缓冲溶液（如28mM的L-组 氨酸缓冲液）、碳酸氢钠、Tris-HCl或磷酸缓冲盐水（PBS)而以水相重组。重组的制剂通常 被分散到无菌容器中，例如小瓶、注射器或用于储存或给药的任何其他合适的形式。
[0163] 该组合物在使用前可以储存在容器（诸如无菌小瓶或注射器）中。
[0164] 医疗用途
[0165] 本发明提供了本发明的组合物用于人或动物体疗法的治疗中。具体地，本发明的 组合物被提供在治疗或预防HBV感染的方法中使用。本发明的组合物引发免疫应答，这在 HBV的预防中也可能是有用的。本发明的组合物优选地用作治疗性疫苗，以治疗感染HBV的 个体。本发明的组合物在治疗患有持续性慢性HBV感染的患者中是特别有用的，但也可用 于治疗免疫耐受患者或无活性的慢性携带者。
[0166] 本发明提供了一种治疗性疫苗，作为一种用于慢性HBV(CHB)的治疗的颠覆性技 术。本发明的组合物增强了抗病毒T细胞应答，导致HBV感染的自发免疫控制。这使得抗 病毒NUC治疗的停止，并且有可能还导致HBV感染的血清学治愈。HBsAg的下降被用作长期 改善临床结果的预测。HBsAg水平可以与HBV感染的肝细胞的数量关联，并且通过由各种细 胞因子控制的肝内cccDNA的转录活性来确定。使用本发明的组合物的治疗会导致HBsAg 消失或HBsAg血清转换。
[0167] 本发明的肽和组合物在治疗NUC治疗的CHB患者中是特别有用的。所述肽也代表 了发展中国家中可能无法负担长期NUC治疗的HBeAg阳性患者能够负担得起治疗。特别是 用本发明的肽组合物对NUC治疗的、HBV-DNA抑制的、HBeAg阴性患者的接种促进和加速了 HBsAg清除。也可治疗HBeAg阳性患者。本发明的组合物也可以用来治疗HBV的无活性携 带者（载体）。
[0168] 乙型肝炎病毒（HBV)感染是肝脏相关发病率和死亡率的主要原因。提供本发明的 组合物，用于肝功能衰竭、终末期肝病和肝细胞癌的治疗。
[0169]本发明的组合物在患有丁型肝炎（HDV)的患者接种中是有用的，HDV是病毒性肝 炎的最严重形式，对他们来说，没有批准的疗法可用，并且在HBsAg阳性个体中只作为共感 染而发生。
[0170]本发明还提供了本发明的药物组合物在制备用于治疗或预防HBV感染，特别是CHB，用于治疗或预防肝功能衰竭、终末期肝病或肝细胞癌，或用于治疗或预防HDV的药物 中的应用。
[0171] 类似地，本发明提供了一种在需要其的受试者中治疗或预防HBV感染的方法，所 述方法包括给予所述受试者预防或治疗量的本发明的组合物。
[0172] 本发明的组合物可以与第二治疗剂或预防剂结合给予。例如，该第二药剂可以包 含另外的免疫原（如球状抗原或者重组或天然存在的抗原），以进一步刺激免疫应答，例如 刺激对HBV的体液免疫应答，其中碳氟化合物连接的肽刺激细胞免疫应答。可以理解的是， 该第二药剂可以是B细胞抗原。合适的B细胞抗原包括HbsAg、HBcAg和HBeAg。
[0173] 在一个优选的实施方式中，所述第二药剂是在现有的HBV治疗性治疗中使用的已 知试剂。现有的HBV治疗剂可以是干扰素（如干扰素-a)或NUC(如恩替卡韦和替诺福 韦）。HBV治疗性治疗可以是阻断抑制性细胞类型的治疗。可用于这样的阻断治疗中的试 剂包括抗PD1阻断抗体、抗TOIL阻断抗体、抗LAG3阻断抗体、抗TM3阻断抗体、抗CTLA4 阻断抗体和环磷酰胺。
[0174] 在第二治疗剂或预防剂与本发明的组合物结合使用的情况下，给药可以是同时的 或按时间分开的。本发明的组合物可以在第二治疗剂之前给药，与其一起给药或在第二治 疗剂之后给药。
[0175] 本发明的组合物可以使用多种已知的途径和技术体内给予人或动物受试者。例 如，该组合物可以作为可注射溶液、悬浮液或乳液提供，并使用常规针头和注射器或使 用液体射流注射系统通过肠胃外、皮下、口服、表皮、皮内、肌内、宫内（interarterial)、 腹膜内、静脉内注射给予。该组合物可以局部给予皮肤或粘膜组织，例如经鼻、经气管 (intratrachealy)、肠内、舌下、直肠或阴道，或作为适合于呼吸道或肺给药的细分喷雾提 供。在一个优选的实施方式中，组合物被肌内给药。
[0176] 该组合物可以以与剂量组合物相容且将是预防和/或治疗有效的量给予受试者。 本发明的组合物的给药可以用于"预防性"或"治疗性"目的。如本文中所使用的，术语"治 疗性"或"治疗"包括下列中的任一种或多种：感染或再感染的预防；症状的减少或消除；以 及病原体的减少或完全消除。治疗可以被预防性（感染前）或治疗性（感染后）影响。
[0177] 载体的选择（如果需要的话）常常具有组合物的递送途径的功能。在本发明内， 组合物可被配制成用于任何合适的给药途径和方式。药学上可接受的载体或稀释剂包括适 于口服、眼部、直肠、鼻、局部（包括口腔和舌下）、阴道或肠胃外（包括皮下、肌内、静脉内、 皮内、经皮）给药的组合物中使用的那些载体或稀释剂。
[0178] 该组合物可以以任何合适的形式给药，例如作为液体、固体或气溶胶。例如，口服 制剂可采取乳剂、糖浆或溶液或片剂或胶囊的形式，胶囊可被肠溶衣以保护活性成分免于 在胃中的降解。鼻腔制剂可以为喷雾或溶液。经皮制剂可以适于其特定的递送系统并且可 以包括贴剂。用于注射的制剂可以是蒸馏水或另一种药学上可接受的溶剂或悬浮剂中的溶 液或悬浮液。
[0179] 待给予患者的预防性或治疗性疫苗的合适剂量将临床确定。但是，作为指导，合适 的人剂量（其可取决于给药的优选途径）可以是1至i〇〇〇yg，例如约i〇〇yg，2〇〇yg或 500yg。可能需要多个剂量，以达到免疫学或临床效果，如果需要，其将通常在2至12周之 间分开给药。当需要较长时期的免疫应答助推时，可以应用1个月到5年相隔的重复剂量。
[0180] 以下实施例描述了本发明。
[0181]实施例1:人PBMC中的HBV衍牛的短肽池的体外免痔原件的评估
[0182] 方法和材料
[0183] AM
[0184] 感染HBV的受试者
[0185] 临床上定义为慢性感染HBV的99个受试者被纳入了帝国医疗保健NHS信托 (ImperialHealthcareNHSTrust)、切尔西和威斯敏斯特医院NHS信托基金会以及巴兹和 在伦敦的伦敦NHS信托的REC-批准协议。在来自所有受试者的书面知情同意之后，采集新 鲜的静脉血，并对PBMC和血浆在采血18小时内进行分离和冻存。这些受试者符合以下标 准：良好的综合健康状况、HBV特异性治疗：临床指征的抗病毒核苷（酸）类似物抑制剂和/ 或干扰素治疗、临床状态（慢性HBV感染、HBeAg阴性、以及ALT正常、持续或间歇性升高）、 HIV阴性、HCV阴性和HDV阴性。
[0186] 健康对照受试者
[0187] 由CTL技术获得来自17个受试者的冻存PBMC。这些受试者符合以下标准：良好的 综合健康状况、未接种于HBV、HBV表面抗原阴性、HBV核心抗体阴性、HIV阴性和HCV阴性。
[0188]PBMC的短期培养
[0189] 来自每个受试者的一个小瓶的PBMC(含IX107个细胞）被解冻，并用Sc印ter? 自动手持细胞计数仪来确定淋巴细胞数量。在2mL的培养基（CM:补充有5%人AB血清的 RPMI-1640Glutamax)中在24孔细胞培养板中以1X106个细胞/mL的浓度培养PBMC共11 天。用含144个重叠的HBV衍生短肽（SEQIDN0s:73至210和SEQIDN0s:214至219) 的肽池以0. 1Ug/肽/mL的最终浓度来刺激细胞，所述衍生短肽的长度范围为15-20个氨 基酸，10至13个氨基酸重叠。在第4天，分别将IL-2和IL-15加入到培养基至最终浓度为 10IU/mL和10ng/mL。在第10天，将细胞在CM中洗涤两次，并用10IU/mL的IL-2额外培养 一天。在第11天，将细胞在CM中洗涤两次，计数，并且在人IFNyELISpot测定法或细胞内 细胞因子染色法中结合。
[0190]人 IFNYELISpot测定法
[0191] 96孔多屏PVDF过滤板（微孔过滤器（Millipore))用100yL(l:80)的抗人IFNy 捕获11^13〇?&0系统）在41：下包覆过夜。然后将板在41：下用补充有1%的854和5%的 蔗糖的PBS阻断2小时。细胞以5X104PBMC/孔被铺在三份孔（三个复孔）中。所使用 的最终抗原浓度为：22HBV衍生的短肽池（参见下文；注：不能制备池22,因为具有SEQID N0s:212和213的肽由于不溶性而不能分散），以及HIV-3 35-mer阴性肽对照：5yg/肽/ mL;PHA阳性对照：1yg/mL。在37°C下，在湿润的环境中在5%的C02下孵育ELISpot板18 小时。然后将板洗涤并用100U1 (1:80)的生物素化的抗人IFNy检测mAb(R&D系统）在 室温下孵育2小时。在洗涤之后，根据制造商的说明（R&D系统），用链霉抗共轭的碱性磷 酸酶（1:80)孵育所述板1小时，随后是底物（30分钟）。使用自动板计数系统（CTL欧洲） 计数显影斑点。
[0192] 表2:池1至23中肽的识别
[0193]
[0194]
[0195] 细朐内细朐闵子染色测宙法
[0196] 将细胞以5X105PBMC/孔铺在96孔圆底板中，用HBV衍生的肽池刺激，最终浓度为 5yg/肽/mL。将板在37°C下在5% 0)2的培养箱中孵育20小时。对于最终3小时的测定， 将PMA/离子霉素加入到各孔中，并将高尔基插头加入到所有孔中。收获细胞，并在4°C下用 PBS+0. 1%BSA(洗涤缓冲液）洗涤并用抗CD3、抗CD4和抗CD8(BDBiosciences公司）染色 30分钟。在再次洗绦之后，将细胞在4°C下用100yL的BDCytofix/Cytoperm溶液固定并 透化20分钟，接着用lxBDPerm/Wash溶液洗涤两次。最后，将细胞在4°C下用抗IL-2-FITC、 抗IFNy-PE和抗TNFaPerCP-Cy5?5(BDBiosciences)染色30分钟。在FACSCantoII流 式细胞仪（BDBiosciences)上获得样品。对于每个受试者，门控是基于媒介刺激的样本。
[0197] 感染HBV基闵塑检测
[0198] 直接核苷酸测序之前的巢式PCR方法最初是用于HBV基因型。然而，由于来自 大多数样品的血浆中的低病毒载量，不能使用这种方法来确定HBV基因型。随后采用 IMMUNIS?HBV基因型酶免疫测定（EIA)试剂盒。这种测定在HBsAg的PreS2区中使 用四种基因型依赖性表位，其中基因型是由对于每个表位都特异性的四个EIA的阳性/阴 性组合在血清学上确定的。
[0199] 结果
[0200] 识别HBV蛋白质组中的感兴趣区域的初始步骤是将来自未感染HBV的未接种疫苗 的健康受试者的PBMC的IFNyELISpot应答与来自慢性感染HBV、HBeAg阴性-在疾病和慢 性感染HBV的持续控制阶段的非活性载体受试者、接受治疗的感染HBeAg阴性受试者的应 答进行比较。在用代表约70%HBV蛋白质组的重叠短肽（由10-13个氨基酸的15-20mers 重叠）的库的短期培养之后，用代表分别在HBV聚合酶、核心、X和表面抗原内的特定感兴 趣区域的这些短肽的池再刺激PBMC过夜。然后利用人IFNyELISpot测定法评估对这些肽 池的IFNy应答。
[0201] 代表多个抗原区域的池被发现，以刺激对于慢性HBV受试者特异性的IFNy应答。 具体地，用代表HBV聚合酶的末端区域（池2和池3)和HBV核心的区域（池14-17)的刺 激导致了感染HBV的受试者中的IFNy应答的最大幅度和人群覆盖率（图1)。在较小程度 上，池4至9和池11至13也倾向于促进HBV特异性T细胞应答。
[0202] 为了建立感染HBV基因型关于对短肽池的HBV特异性应答的性质的作用，为每个 受试者确定感染HBV基因型。这通过血浆样品中的HBV表面抗原的表位评估来确定。随后 根据HBV基因型A、B、C和D，对来自免疫对照（控制）和治疗的感染HBV的受试者的PBMC 的IFNy应答分组。一些受试者由于测定的灵敏度限制和正在评估的可能的稀有血清而没 有被分类为这些基因型。因此这些受试者不包括在该评估中。表明在示出IFNy应答的最 大幅度的区域中的相似性的四个基因型之间的应答分布通常位于HBV蛋白质组的末端聚 合酶和核心区域中（图2)。池2、3、10、12、14、15、16和17示出为提供针对多种基因型的应 答。
[0203] 为了建立主体受试者关于对短肽池的HBV特异性应答的性质的遗传背景作用，该 研宄中的受试者根据他们的种族被分组。PBMC的IFNY对来自免疫对照（控制）和治疗 的感染HBV的受试者的PBMC的IFNY应答在三大族群（即，非洲/阿拉伯人，高加索人和 东方/印度人）中进行比较。通过IFNy应答的最大幅度、与之相关的高人群覆盖率再次 表明相似性的各族群之间的应答分布被发现是针对来自mv蛋白质组的末端聚合酶和核 心区域的池（图3)。白种人群示出与其他两个族群稍微不同之处在于：当与免疫对照下的 那些相比，对多个池的平均应答幅度在治疗的受试者组中被认为是最高的。池2、3、10、14、 15、16、17和21趋向于促进在多个族群中的应答。
[0204] 最后，为了通过PBMC进一步描述对短肽库的IFNY应答的类型，再刺激短期培养 细胞过夜，用于细胞内细胞因子染色。然后通过流式细胞仪评估细胞的CD3、CD4、CD8和 IFNy表达。在来自健康和慢性感染HBV的受试者的PBMC中，对短肽池2和14的IFNy应 答进行比较（图4)。它们是IFNyELISpot测定法中引发最强的HBV特异性应答的两个肽 池。与IFNyELISpot测定法一致，在来自慢性感染HBV的受试者的PBMC中特别发现了增 加的IFNy表达。此外，这被认为是双⑶4和⑶8T细胞应答。
[0205]实施例2 :人PBMC中HBV衍牛的Densigen相关的短肽池的体外免痔原件的评估
[0206] 方法和材料
[0207] 人群
[0208] 感染HBV的受试者
[0209]临床上定义为慢性HBV感染的104个受试者被纳入了在伦敦的帝国保健NHS信 托、切尔西和威斯敏斯特医院NHS信托基金会以及巴兹和伦敦NHS信托中的REC-批准的协 议。在来自所有受试者的书面知情同意后，采集新鲜的静脉血，并且对PBMC和血浆进行分 离并在采血的18小时内冻存。这些受试者符合以下标准：良好的一般健康状况，HBV特异性 治疗：在临床指征情况下抗病毒核苷（酸）类似物抑制剂和/或干扰素治疗，临床状态（慢 性HBV感染，HBeAg阴性，以及ALT正常、持续或间歇性升高），HIV阴性，HCV阴性和HDV阴 性。
[0210] 健康对照受试者
[0211] 由CTL技术获得来自17个受试者的冻存PBMC。这些受试者符合以下条件：良好 的一般健康状况，未接种HBV，HBV表面抗原阴性，HBV核心抗体阴性，HIV阴性和HCV阴性。
[0212] PBMC的短期培养
[0213] 将来自每个受试者的一小瓶的PBMC(含IX107个细胞）解冻，并用Sc印ter?手 持自动细胞计数器测定淋巴细胞数量。PBMC分别在2mL的培养基中（CM:补充有5%人AB 血清的RPMI-1640Glutamax)在24孔细胞培养板中以1X106个细胞/mL的浓度培养共11 天。细胞用含144重叠的HBV衍生短肽的肽池（SEQIDN0:73至210和SEQIDN0:142至 147)，范围为15-20个氨基酸长度且以10至13个氨基酸重叠，以0. 1yg/肽/mL的最终浓 度进行刺激。在第4天，分别将IL-2和IL-15加入到培养物至10IU/mL和10ng/mL的最终 浓度。在第10天，将细胞在CM中洗涤两次并用10IU/mL的IL-2培养额外的一天。在第11 天，将细胞在CM中洗涤两次，计数，并且加入到人IFNyELISpot测定或细胞内细胞因子染 色中。
[0214]人IFNYELISoot测宙
[0215] 96孔多屏PVDF过滤板（Millipore)在4°C下用100yL(l:80)的抗人IFNy捕获 mAb(R&D系统）包被过夜。然后将板在4°C下用补充有1%的BSA和5%的蔗糖的PBS阻断 2小时。细胞以5X104的PBMC/孔被铺板在三份孔中。使用的最终抗原浓度为：23HBV衍生 的Densigen相关的短肽池（见下文）：5yg/肽/mL;CEF肽池阳性对照yg/肽/mL;PHA 阳性对照：1Ug/mL。ELISpot板在37°C下、5%C02湿润的环境中孵育18小时。然后将板 洗涤并用100U1 (1:80)的生物素化的抗人IFNY检测mAb(R&D系统）在室温下孵育2小 时。洗涤后，根据制造商的说明（R&D系统），板用链霉亲和共轭的碱性磷酸酶（1:80)孵育 1小时，随后是底物（30分钟）。显影的（生长的）斑点使用自动板计数系统（CTLEurope) 计数。
[0216] 表3 :池24至46中的肽的识别
[0217]
[0218]
[0219]细朐内细朐闵子染色（ICS)测宙
[0220] 细胞以5X105PBMC/孔铺板在96孔圆底板中且用来自HBV衍生的肽池以5yg/肽 /mL的最终浓度进行刺激。将板在5%C02孵育箱中在37°C下孵育20小时。在该测定的最 终3小时，将PMA/离子霉素加入到各孔中且将高尔基插头加入到所有孔中。收获细胞并用 PBS+0. 1 %BSA(洗涤缓冲液）洗涤并且用抗CD3,抗CD4和抗CD8(BDBiosciences)在4°C 下染色30分钟。在另一次洗绦后，将细胞固定并用100yL的BDCytofix/Cytoperm溶液在 4°C下渗透20分钟，接着用1XBDPerm/Wash溶液洗涤两次。最后，将细胞用抗IL-2-FITC， 抗IFNy-PE和抗TNFaPerCP-Cy5. 5(BDBiosciences)在 4°C下染色 30 分钟。在FACSCanto II流式细胞仪（BDBiosciences)上获得样本。门控是基于用于每个受试者的媒介刺激样 本。
[0221] 感染HBV基闵塑的确宙
[0222] 在直接核苷酸排序之前的巢式PCR方法最初被用于HBV基因分型。然而，由于 来自大多数样本的血浆中的低病毒载量，HBV基因型不能使用这种方法来确定。随后使用 IMMUNIS?HBV基因型酶免疫测定（EIA)试剂盒。这种测定使用了在HBsAg的PreS2区 中的四种基因型依赖性表位，其中通过特定于所述表位中的每一个的四个EIA的阳性/阴 性组合而在血清学上确定基因型。
[0223] 结果
[0224] 在对HBV衍生的短肽池的应答进行筛选之后，对感兴趣的35-40mer区域进行识 另IJ。这些区域被进一步评估，以便在疫苗中使用35-40mer肽。进一步的评估涉及在短期培 养之后的先前用于再刺激的短肽池的重新设计。延伸超过感兴趣35-40mer区域的终端短 肽从池中去除，以便更准确地反映将在疫苗中使用的肽。在利用肽库进行短期培养之后，和 以前一样，这些短肽池随后被用于人IFNyELISpot和ICS测定中的再刺激。
[0225] 利用池24到46的再刺激表明对来自HBV蛋白质组的终端聚合酶（池25和池26) 和核心（池38和39以及池41至43)区域的区域的主导HBV特异性T细胞应答（图5)。 在利用表面区域池45刺激之后也发现HBV特异性应答。对应于池28,池32,池33,池36和 池37的聚合酶区域也给出了显著的T细胞应答。
[0226] 对池24到46的IFNyELISpot应答根据感染HBV基因型进行分组（图6)。池27， 28, 29, 32, 35, 36每一个给出了针对基因型C的占优势的应答。池25和26给出了针对基因 型D的占优势的应答。池30和31给出了针对基因型B的占优势的应答。池38,42,43和 44给出了针对基因型A的占优势的应答。一些池倾向于促进针对多于一个的基因型的应 答：对于池26, 32, 33, 36和43为两种基因型，对于池37, 38,41和42为三种基因型，或者对 于池25为甚至四种基因型。
[0227] 对池24到46的IFNyELISpot应答根据感染HBV基因型进行分组（图7)。池28， 29和30给出了东方/印度种族中占优势的应答。池25, 33, 34, 35和37给出了高加索人中 占优势的应答。池38, 39,41，42和43给出了非洲/阿拉伯种族中占优势的应答。一些池 倾向于促进在多于一个的族群中的应答：对于池26, 39和43中的每一个为两个族群或者对 于池25, 38和42中的每一个为三个族群。
[0228] 结果总结在下面的表4中。
[0229]
[0230] 表4 :来自针对在不同的HBV基因型（A，B，C和D)和不同种族（01 =东方/印度， C=高加索人，AA=非洲/阿拉伯人）的患者中HBV蛋白质组的选定区域的肽的占优势应 答的总结。在区域引发针对多种HBV基因型或多个种族的免疫应答的情况下，占优势的应 答是用粗体表示。
[0231] 八个池被选择用于通过细胞内细胞因子染色来进一步分析T细胞应答。7至14 个受试者之间的PBMC(取决于在IFNyELISpot测定之后可用的细胞数）利用八个池中的 一个刺激过夜并且细胞被染色用于表面⑶3,CD4和⑶8表达，连同细胞内IFNy，TNFa和 IL-2表达（图8)。在⑶8和⑶4T细胞群中均发现IFNY表达，具有对评估的所述肽池的 5/8和8/8的应答的相应广度。类似地，在⑶8和⑶4T细胞群中均发现TNFa表达，分别 具有3/8和6/8的肽池应答的广度。CD8T细胞在肽池刺激之后被发现没有表达IL-2,但 ⑶4T细胞在利用8个池中的7个刺激后表达IL-2。
[0232]实施例3:碳氟化合物连接的HBV肽的组成
[0233] 通过FM0C(芴基甲氧基碳酰氯）固相合成来合成具有在SEQIDNOs:24,25,28， 33, 34, 36, 37和38和222中所示的氨基酸序列的肽。然后，碳氟化合物链（C8F17 (CH2) 2C00H) 被引入到每个肽的附加N-末端赖氨酸的e链上以导出碳氟化合物连接的肽。纯化的碳氟 化合物连接的肽或未经修饰的肽通过在三氟乙酸（TFA)的存在下切割并经由反相高效液 相色谱（RP-HPLC)的最终纯化得到。所有制剂具有90%或更高的纯度。
[0234] FA-P113 ：K(FA)-VGPLTVNEKRRLKLIMPARFYPNVTKYLPLDKGIK-NH2(SEQ ID NO ：24)；
[0235] FA-P151 ：K(FA)-PEHVVNHYFQTRHYLHTLWKAGILYKRETTRSASF-NH2(SEQ ID NO ：25)；
[0236] FA-P376 ：K (FA)-KLHLYSHPIILGFRKIPMGVGLSPFLLAQFTSAISSVVRR-NH2 (SEQ ID NO ： 28)；
[0237] FA-753 (K) ：K (FA)-KKKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYRKKK-NH2 (SEQ ID NO： 36) ；
[0238] FA-P856(K) ：K(FA)-LTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTKKK-NH2(SEQ ID NO： 38)；
[0239] FA-P877 ：K (FA)-PPAYRPPNAPILSTLPETTVVRRRGRSPRRR-NH2 (SEQ ID NO ：33)；
[0240] FA-P277(K) ：K(FA)-RVSWPKFAVPNLQSLTNLLSSNLSWLSLDVSAAFYHKKK-NH2 (SEQ ID NO :34)，
[0241] FA-P797(K) ：K(FA)-SPHHTALRQAILSWGELMTLATWVGSNLEDPASRDKKK-NH2(SEQ ID NO： 37) ；
[0242] FA-P1266(K) ：K(FA)-KKKGPLLVLQAGFFLLTRILTIPQSLDSff WTSLNFLKKK-NH2 (SEQ ID NO ：222)
[0243] NP113 ：VGPLTVNEKRRLKLIMPARFYPNVTKYLPLDKGIK(SEQ ID NO ：24)；
[0244] NP151：PEHVVNHYFQTRHYLHTLWKAGILYKRETTRSASF(SEQ ID NO ：25)；
[0245] NP376 ：KLHLYSHPIILGFRKIPMGVGLSPFLLAQFTSAISSVVRR(SEQ ID NO ：28)；
[0246] NP753(K) ：KKKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYRKKK(SEQ ID NO ：36)；
[0247] NP856(K) ：LTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTKKK(SEQ ID NO ：38)；
[0248] NP877 ：PPAYRPPNAPILSTLPETTVVRRRGRSPRRR(SEQ ID NO ：33)；
[0249] NP277(K) ：RVSWPKFAVPNLQSLTNLLSSNLSWLSLDVSAAFYHKKK(SEQ ID NO ：34),
[0250] NP797(K) ：SPHHTALRQAILSWGELMTLATWVGSNLEDPASRDKKK(SEQ ID NO ：37)；
[0251] NP1266(K) ：KKKGPLLVLQAGFFLLTRILTIPQSLDSWWTSLNFLKKK(SEQ ID N0：222).
[0252]实施例4 :长HBV肽制剂
[0253] 如下所述，配制疫苗候选物，FP02. 1，其由如实施例3中所述制备的九种碳氟化合 物共轭的HBV衍生肽构成。用于肽溶解的条件描述在表5中。简要地说，九种碳氟化合物共 轭的肽中的每一种在5ml的玻璃小瓶中称量。然后，每一种肽用2至12%的在水溶液中的 乙酸溶解，以达到l〇mg的肽浓度。肽溶液（对于每种肽为3. 9mL)在150mL的无菌容器中混 合，之后加入3. 9mL的在水中的10 %乙酸溶液。在用磁力搅拌器搅拌2分钟后，加入39mL 的在水溶液中的9. 0%甘露醇。在用磁力搅拌器搅拌另外的2分钟后，将溶液用0. 22ym的 33mm的Millex过滤器进行过滤。1. 2mL的过滤溶液被分送到高压灭菌的2mL玻璃小瓶中。 通过RP-HPLC测量的过滤回收率>95%。将小瓶在-80°C下冷冻1小时。然后将样本冷冻 干燥36小时。在氮气氛下进行冷冻干燥通风并且在400到600毫巴之间的压力下进行小 瓶加塞。肽的量为每小瓶600yg/肽；在用1. 2mL复原之后，最终浓度为500yg/肽/ml。
[0254]
[0256] 表5 :用于制备FP02. 1的溶解条件
[0257]实施例5 :优诜的HBV肽和混合物在慢性HBV携带者中是免疫原性的，而与病情阶 段、HBV病毒的基因型和受试者的种族无关。
[0258] 方法和材料
[0259]人群
[0260]临床上定义为慢性HBV感染的40个受试者被纳入了在伦敦的帝国保健NHS信托， 切尔西和威斯敏斯特医院NHS信托基金会以及巴兹和伦敦NHS信托中的REC-批准的协议。 在来自所有受试者的书面知情同意后，新鲜的静脉血被采集并且PBMC和血浆被分离并且 在采血的18小时内被冻存。这些受试者符合以下标准：良好的一般健康状况，HBV特异性 治疗：在临床指征情况下抗病毒核苷（酸）类似物抑制剂和/或干扰素治疗，临床状态（慢 性HBV感染，HBeAg阴性，以及ALT正常、持续或间歇性升高），HIV阴性，HCV阴性和HDV阴 性。
[0261]PBMC的短期培养
[0262] 来自每个受试者的一个小瓶的PBMC(含IX107个细胞）被解冻，并用Sc印ter?手 持自动细胞计数器测定淋巴细胞数量。PBMC在2mL的培养基（CM:补充有5%人AB血清的 RPMI-1640Glutamax)中在24孔细胞培养板中以1X106个细胞/mL的浓度培养共11天。 细胞用实施例3中所描述的九种HBV衍生的长肽的混合物刺激。
[0263] 以0. 1yg/肽/mL的最终浓度使用每一种肽。在第4天，分别将IL-2和IL-15加 入到培养物中至10IU/mL和10ng/mL的最终浓度。在第10天，将细胞在CM中洗涤两次并 用10IU/mL的IL-2培养额外的一天。在第11天，将细胞在CM中洗涤两次，计数，并且加入 到人IFNy(干扰素y)ELISpot测定或细胞内细胞因子染色中。
[0264]人IFNyELISoot测宙
[0265] 96孔多屏PVDF过滤板（Millipore)在4°C下用100yL(l:80)的抗人IFNy捕获 mAb(R&D系统）包被过夜。然后将板在4°C用补充有1%的BSA和5%的蔗糖的PBS阻断 2小时。来自短期培养的细胞以5X104PBMC/孔被铺板在三份孔中。使用的最终抗原浓度 为：对于每一单独的肽为5yg/mL;PHA阳性对照：1yg/mL。ELISpot板在37°C、5% 0)2湿 润的环境中孵育18小时。然后将板洗涤并用100y1(1:80)的生物素化的抗人IFNy检测 mAb(R&D系统）在室温选孵育2小时。洗涤后，根据制造商的说明（R&D系统），板用链霉亲 和共轭的碱性磷酸酶（1:80)孵育1小时，随后是底物（30分钟）。显影斑点使用自动板计 数系统（CTLEurope)计数。
[0266] 细朐内细朐闵子染色（ICS)测宙
[0267] 来自短期培养的细胞以5X105PBMC/孔铺板在96孔圆底板中且由9种HBV衍生的 长肽（NP113，NP151，NP277(K)，NP376，NP753(K)，NP797(K)，NP856(K)，NP877 和NP1266(K)) 以5yg/mL的最终浓度进行刺激。将板在5%C02孵育箱中在37°C下孵育20小时。在该测 定的最终3小时，将PMA/离子霉素加入到各孔中且将高尔基插头加入到所有孔中。收获细 胞并用PBS+0. 1 %BSA(洗涤缓冲液）洗涤以及用抗CD3,抗CD4和抗CD8(BDBiosciences) 在4°C下染色30分钟。在另一次洗绦后，将细胞固定并用100yL的BDCytofix/Cytoperm 溶液在4°C下渗透20分钟，接着用1XBDPerm/Wash溶液洗涤两次。最后，将细胞用抗 IL-2-FITC，抗IFNy-PE和抗TNFaPerCP-Cy5. 5(BDBiosciences)在 4°C下染色 30 分钟。 在FACSCantoII流式细胞仪（BDBiosciences)上获得样本。门控是基于用于每个受试者 的媒介刺激样本。
[0268] 感染HBV基闵塑的确宙
[0269] 在直接核苷酸排序之前的巢式PCR方法最初被用于HBV基因分型。然而，由于在 来自大多数样本的血浆中的低病毒载量，HBV基因型不能使用这种方法来确定。随后使用 IMMUNISEHBV基因型酶免疫测定（EIA)试剂盒。这种测定使用了在HBsAg的PreS2区 中的四种基因型依赖性表位，其中通过特异于所述表位中的每一个的四个EIA的阳性/阴 性组合来血清学上确定基因型。
[0270] 结果
[0271] 所有肽促进了HBV携带者（HBeAg阴性无活动携带者或HBeAg阴性治疗受试者） 中的可检测的T细胞应答（参见图9和图10)。在测试的不同肽中，NP113, NP151，NP376， NP753(K)，NP797(K)，NP856(K)和NP877促进两种患者群体和最高比例受试者中应答的最 高水平。令人惊讶的是，与测试的两种肽的任何其它组合相比，对NP113和NP151的累积 应答在两个群体中更高。此外，与测试的三种肽的任何其他组合相比，对NP113, NP151和 NP376的累积应答在两个群体中诱导了最高水平的应答。如图11中所示，所有测试的肽促 进了所有四个HBV基因型的交叉反应性T细胞应答。与肽NP2777(K)和NP1226(K)相比， 肽NP113，NP151，NP376，NP753 (K)，NP797 (K)，NP856 (K)和NP877促进了所有四个基因型A， B，C和D的最高应答。令人惊讶地，与所有其他肽相比，P113促进了所有四个基因型的最高 T细胞应答。
[0272] 图12示出了所有的肽促进了测试的所有种族的T细胞应答。 与NP277(K)和 NP1266(K)相比，肽NP113,NP151，NP376,NP753(K)，NP797(K)，NP856(K)和NP877 促进了 所有三个种族的最高应答。
[0273] 此外，所有九种肽示出了如通过所有HBV基因型的细胞内细胞因子染色测得的促 进Thl型细胞因子产生CD4和/或CD8T细胞应答的能力（图13)。
[0274]实施例6 :与未共轭的肽相比，碳氟化合物共轭的肽的优势在于其促讲体内T细朐 应答的能力
[0275] 方法和材料
[0276] 将在FP02. 1 (含9种碳氟化合物共轭的肽）的小鼠中的免疫原性与NP02. 1 (含9 种等价的未共轭肽）进行比较。雌性BALB/c小鼠（n= 7只/组）利用FP02. 1在50yL的 体积中每种肽50yg的剂量或利用NP02. 1 (含有未共轭的HBV肽（NP113，NP151，NP277 (K)， NP376,NP753 (K)，NP797 (K)，NP856 (K)，NP877 和NP1266 (K))在 50yL的体积中每种肽 43. 8yg(与FP02. 1相比）等摩尔的剂量进行肌内免疫。小鼠在第0天进行免疫并且在第 14天被处死。在ELISpot测定中，脾细胞利用实施例3中所述的九种HBV肽中的每一种的 混合物以5yg/mL/肽体外刺激18小时。
[0277] 可替代地，在ELISpot测定中，脾细胞利用九种单独的肽以5yg/mL/肽体外刺激 18小时。IFNY+斑点形成细胞（SFC)的数量被计数。平板然后用PBS洗涤，用IFNy检测 过氧化物酶标记的抗体孵育，接着是底物（根据制造商的说明）。显影的斑点使用自动板计 数系统（CTLEurope)来计数以量化IFNy+SFC的数量。
[0278] 结果
[0279] 在利用碳氟化合物共轭的肽（FP02. 1)的混合物进行免疫的小鼠中观察到比未 共轭的肽（NP02. 1)的相当的混合物显著更高幅度的T细胞应答（参见图14)。在同基因 BALC/C模型中由于MHC限制，免疫应答由包含在疫苗中的所述九种肽中的四种（肽NP113， NP151，NP376 和NP1266(K);参见图 15)主导。
[0280] 由FP02. 1诱导的应答通过肽NP113,NP151，NP376和NP1266(K)主导。令人惊奇 的是，针对肽P113和P376的免疫应答仅利用含有碳氟化合物共轭的肽的制剂观察到（参 见图15)。
[0281] 总之，与相当的未共轭的肽相比，碳氟化合物载体与HBV衍生的肽序列的共轭促 进更高和更广泛的T细胞应答。
[0282] 实施例7 :碳氟化合物共轭的肽促讲CTL/CD8+T细朐应答
[0283] 方法和材料
[0284] 由FP02. 1(含九种碳氟化合物共轭的肽）诱导的免疫应答的质量在小鼠中进行评 估。雌性BALB/c小鼠（n= 7只/组）利用FP02. 1在50微升的体积中每种肽25yg的剂 量被肌内免疫。小鼠在第〇天被免疫并且第14天被处死。
[0285] 在ELISpot测定中，脾细胞利用从肽NP113(CTL1KYLPLDKGI)衍生的CTL表位或 从NP151 (CTL2HYFQTRHYL)衍生的CTL表位以101至KTVg/ml的浓度范围体外刺激18小 时。对IFNy+SFC的数量进行计数。然后用PBS洗涤平板，用IFNy检测过氧化物酶标记 的抗体孵育，然后是底物（根据制造商的说明）。所显影的斑点使用自动板计数系统（CTL Europe)来计数以量化IFNy+SFC的数量。
[0286] 结果
[0287] 如图16中所示，FP02. 1促进单次免疫后对由MHCI类分子限制的CTL表位的T细 胞应答。
[0288] 实施例8 :包含在同一制剂中的碳氟化合物-肽之间的协同作用
[0289] 方法和材料
[0290] 在小鼠中评估在小鼠中单独给予的或作为与其它碳氟化合物-共轭的肽 (FP02. 1)的共制剂的一部分给予的FA-P113的免疫原性。利用在50微升的体积中25yg/ 肽剂量的FA-P113或25yg/肽剂量的FP02. 1对雌性BALB/c小鼠（n= 7只/组）进行 肌内免疫。小鼠在第〇天被免疫并且在第14天被处死。在ELISpot测定中，脾细胞利用 NP113 (未共轭到碳氟化合物载体）以5yg/mL体外刺激18小时。对IFNy+SFC的数量进行 计数。然后用PBS洗涤平板，用IFNy检测过氧化物酶标记的抗体孵育，接着是底物（根据 制造商的说明）。显影的斑点使用自动板计数系统（CTLEurope)来计数以量化IFNy+SFC 的数量。
[0291] 结果
[0292] 在利用碳氟化合物共轭的肽（FP02. 1)的混合物免疫的小鼠中观察到比单独的 FA-P113更高幅度的NP-113特异性T细胞应答（参见图17)。
[0293]实施例9:优诜的HBV肽和组合含有具有结合至广祅范闱的HLAI类分子的能力 的表位
[0294] 方法和材料
[0295]ProlmmuneREVEAL结合测定被用于确定九种氨基酸的短肽的能力（衍生自HBV 长肽NP113,NP151,NP277 (K)，NP376,NP753 (K)，NP797 (K)，NP856 (K)，NP877 和NP1266 (K))， 以结合一种或多种MHCI类等位基因并稳定MHC-肽复合物。检测是基于MHC肽复合物的 天然构象的存在或不存在。高度频繁的HLA-I类等位基因（HLA-A*0201，A*0301，A*1101， A*2402，B*0702，B*0801和B*3501)被选定。结合到MHC分子与已知的T细胞表位，阳性对 照肽进行比较，其具有非常强的结合性质。对于每种HBV肽的所有潜在九聚物（NP113,NP15 1，NP277 (K)，NP376,NP753 (K)，NP797 (K)，NP856 (K)，NP877 和NP1266 (K))，除了那些含有不 存在于共有HBV序列中的额外赖氨酸，以纯度>90%来合成。试验肽的得分被定量报告为由 阳性对照肽产生的信号的百分比，并且该肽被指示为具有推定的合格或不合格结果。良好 的结合剂被认为是如Prolmmune定义的具有阳性对照的45%分数的那些肽。
[0296] 结果
[0297] 表6中所示的结果表示衍生自对于每种HLA等位基因具有结合得分> =45%的每 种HBV长肽（NP113,NP151，NP277,NP376,NP753,NP797,NP856,NP877 和NP1266)的九聚 体的数目。所有长的HBV肽含有具有结合至少4种等位基因的能力的至少六种表位。六种 长肽的任何组合包含具有结合测试的所有等位基因的能力的九聚物表位。
[0298]
[0300] 表6:衍生自对于每个HLAI类等位基因具有结合得分> =45 %的每种HBV长肽 (NP113,NP151,NP277 (K)，NP376,NP753 (K)，NP797 (K)，NP856 (K)，NP877 和NP1266 (K))的九 聚物的数目。（a)表示对于每种长肽被检测到的结合表位总数，（b)表示对于每种长肽其阳 性结合被检测到的等位基因数
[0301]实施例10 :优诜的HBV肽和组合含有具有结合广祅范闱的HLA类II分子的能力 的表位
[0302]方'法
[0303]ProImmuneREVEAL?MHC-肽结合测定被用来确定每种HBV长肽（NP113,N P151,NP277 (K)，NP376,NP753 (K)，NP797 (K)，NP856 (K)，NP877 和NP1266 (K))结合一种或 多种MHCII类等位基因和稳定MHC-肽复合物的能力。高度频繁的HLAII类等位基因 HLA-DR1(a1*01:01 1*01:01)，HLA_DR15(a1*01:01 1*15:01)，HLA_DR3(a1*01:01 ; 0 1*01:01)，HLA_DR4(a1*01:01 1*04:01)，HLA_DRll(a1*01:01 1*11:01)， HLA_DR13(a1*01:01 ; 0 1*13:01)和HLA_DR7(a1*01:01 ; 0 1*07:01)被选中。每种肽给 出相对于阳性对照肽的分数，其是已知的T细胞表位。试验肽的得分被定量报告为由阳性 对照肽产生的信号的百分比，并且该肽被指示为具有推定的合格或不合格结果。良好的结 合剂被认为是如Prolmmune定义的具有阳性对照的> =15%分数的那些肽。
[0304] 结果
[0305] 表7中所示的结果表示在HLAII类等位基因整个范围中每种HBV长肽（NP113,N P151,NP277 (K)，NP376,NP753 (K)，NP797 (K)，NP856 (K)，NP877 和NP1266 (K))的结合得分。 所述九种HBV肽中的六种以> =15%的得分结合至少一种HLA等位基因。NP113，NP151和 NP376结合到多于3种的不同的HLAII类等位基因。出人意料的是，P113结合至总共6种 等位基因。肽NP113和NP877的组合结合至测试的所有HLAII类等位基因。
[0306]
[0307] 表7 :HBV肽与一定范围的HLAII类分子的结合。阳性结合被定义为得分> = 15%，（a)表示对于每种长肽其阳性结合被检测到的等位基因的数量。
【主权项】
1. 一种药物组合物，包含长度为15至60个氨基酸的至少两种肽，所述至少两种肽选 自包含SEQIDNOs:1到4中所示的序列之一或与SEQIDNOs:1到4中所示的序列之一具 有至少80%同一性的序列的至少15个连续氨基酸的序列的肽，其中，每种肽包含至少一个 CD8+T细胞表位和/或至少一个CD4+T细胞表位，并且其中，每种肽在体外测定中在来自至 少一个慢性感染HBV个体的外周血单核细胞（PBMC)中引发应答。2. 根据权利要求1所述的组合物，其中，所述肽选自包含SEQIDNOs:1到4中所示的 序列之一的至少15个连续氨基酸的肽。3. 根据权利要求1或2所述的组合物，所述组合物包含至少一种包含SEQIDNOs:1 到3中所示的序列之一的至少15个氨基酸的肽以及至少一种包含SEQIDNO:4中所示的 序列的至少15个氨基酸的肽。4. 根据权利要求1至3中任一项所述的组合物，其中，所述肽中的至少一种包含SEQ IDNOs:24至33之一中所示的序列，或与SEQIDNOs:24至33中所示的序列之一具有至少 80 %同一性的序列。5. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中，至少一种肽还包括位于N-末端和 /或C-末端的一个或多个额外的氨基酸，以增加净正电荷和/或减少肽的疏水性。6. 根据权利要求5所述的组合物，所述组合物包含含有SEQIDNOs:34至38之一中 所示的序列的肽。7. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中，所述组合物能够在来自不同种族 的至少两个个体和来自感染不同HBV基因型的两个个体的PBMC中引发免疫应答。8. 根据权利要求7所述的组合物，其中，所述组合物能够在来自感染HBV基因型A的个 体、感染HBV基因型B的个体、感染HBV基因型C的个体和感染HBV基因型D的个体中的两 个、三个或所有的PBMC中引发免疫应答。9. 根据权利要求8所述的组合物，所述组合物包含选自以下组中的至少两个的至少一 种肽： (i) 包含SEQIDNO:14、15、20、21、67、22或23的至少15个连续氨基酸的肽； (ii) 包含SEQIDNO: 14、17、18、21或67的至少15个连续氨基酸的肽； (1^)包含3￡〇10勵：14、16、60、19、20或22的至少15个连续氨基酸的肽；以及 (iv)包含SEQIDNO:14、20、21、67、22或23的至少15个连续氨基酸的肽。10. 根据权利要求7至9中任一项所述的组合物，其中，所述组合物能够在来自感染 HBV的东方或印度个体、感染HBV的高加索人个体和感染HBV的非洲或阿拉伯个体的两个、 三个或所有的PBMC中引发免疫应答。11. 根据权利要求10所述的组合物，所述组合物包含选自以下组的至少两个中的至少 一种肽： (i)包含SEQIDNO:14、16、60、17、18、20、21、67或22的至少15个连续氨基酸的肽； (^)包含3￡〇10勵：14、15、19、20、22或23的至少15个连续氨基酸的肽；以及 (iii) 包含SEQIDNO:14、15、20、21、67、22或23的至少15个连续氨基酸的肽。12. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，包含长度为15至60个氨基酸的一种 或多种肽，所述一种或多种肽包含SEQIDNO:1中所示的序列的至少15个连续氨基酸的片 段。13. 根据权利要求12所述的组合物，包含含有SEQIDNO:5、6、14或15中所示序列的 至少15个连续氨基酸的肽。14. 根据权利要求12或13所述的组合物，包含含有SEQIDN0s:80、81、82、83、86、87、 88或89之一中所示序列的肽。15. 根据权利要求12至14中任一项所述的组合物，包含含有SEQIDNO:24或25中所 示序列的肽。16. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，所述组合物包含2至10种所述肽。17. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，所述组合物包含含有SEQIDNOs:24、 25、27、28、33、34、35、36、37和38中所示的序列的10种肽中的至少两种。18. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，所述组合物还包含长度为15至60个氨 基酸的至少一种肽，所述至少一种肽包含SEQIDNO:55中所示序列的至少15个连续氨基 酸的序列或与SEQIDNO:55中所示序列的至少15个连续氨基酸具有至少80%同一性的 序列，其中，所述肽包含至少一个⑶8+T细胞表位和/或至少一个⑶4+T细胞表位，并且在 体外测定中在来自至少一个慢性感染HBV个体的外周血单核细胞（PBMC)中引发应答。19. 根据权利要求18所述的组合物，其中，所述肽包含SEQIDNO:221或SEQIDNO: 222中所示的序列。20. 根据权利要求19所述的组合物，其中，所述组合物包含含有SEQIDNOs:24、25、 28、33、34、36、37、38和222中所示的序列的肽。21. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中，所述肽连接至碳氟化合物载体。22. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中，所述组合物还包含HBc、HBe、或 JIBs抗原。23. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，其中，所述组合物还包含佐剂。24. 根据前述权利要求中任一项所述的组合物，用于治疗或预防HBV感染。25. 根据权利要求21所述的组合物，用于治疗HBeAg阴性患者。26. 根据权利要求21所述的组合物，用于治疗HBeAg阳性患者。27. 根据权利要求21至23中任一项所述的组合物，与下列结合供根据权利要求20至 22中任一项使用：（i)a-干扰素和/或核苷/核苷酸类似物（NUC);和/或（ii)抗PDl阻 断抗体、抗F1DlL阻断抗体、抗LAG3阻断抗体、抗TIM3阻断抗体、抗CTLA4阻断抗体和/或 环磷酰胺。28. 根据权利要求21至24中任一项所述的组合物，其中，所述治疗导致HBsAg消失或 HBsAg血清转换。29. 根据权利要求1至20中任一项所述的组合物，用于治疗或预防终末期肝病或肝癌。30. 根据权利要求1至20中任一项所述的组合物，用于治疗或预防丁型肝炎病毒 (HDV)感染。31. -种长度为15到60个氨基酸的肽，包含SEDIDNOs:1到4的任一个中所示的序 列或与SEQIDNOs:1到4中所示的序列之一具有至少80%同一性的序列的至少15个连 续氨基酸，所述肽包含至少一个⑶8+T细胞表位和/或至少一个⑶4+T细胞表位，并且能够 在体外测定中在来自至少一个慢性感染HBV个体的外周血单核细胞（PBMC)中引发应答。32. 根据权利要求28所述的肽，所述肽包含SEDIDNO:5、6、14或15中所示序列的至 少15个连续氨基酸。33. -种肽，包含SEQIDNOs:24至38中所示的序列之一，或与SEQIDNOs:24至38 中所示的序列之一具有至少80%同一性的序列。34. 根据权利要求28至30中任一项所述的肽，所述肽共价连接至碳氟化合物载体。35. -种治疗或预防HBV感染的方法，所述方法包括给予需要其的受试者治疗有效量 的根据权利要求1至20中任一项所述的组合物。36. 根据权利要求1至20中任一项所述的组合物在制备用于治疗或预防HBV的药物中 的应用。
【专利摘要】一种药物组合物，包含长度为15至60个氨基酸的至少两种肽，所述至少两种肽选自包含SEQ ID NOs：1到4中所示的序列之一或与SEQ ID NOs：1到4中所示的序列之一具有至少80％同一性的序列的至少15个连续氨基酸的序列的肽，其中，每种肽包含至少一个CD8+T细胞表位和/或至少一个CD4+T细胞表位，并且其中，每种肽在体外测定中在来自至少一个慢性感染HBV个体的外周血单核细胞(PBMC)中引发应答。
【IPC分类】A61K39/29, C07K14/02, C12N7/00, A61K39/12, A61P35/00
【公开号】CN104903343
【申请号】CN201380067602
【发明人】伯特兰·维克托·吉尔伯特·乔治斯, 卡尔顿·布兰得利·布朗
【申请人】瓦克辛英国有限公司
【公开日】2015年9月9日
【申请日】2013年12月20日
【公告号】CA2895459A1, EP2935313A1, WO2014102540A1
最新回复(0)